新疆最原始的称呼是柱州，古称西域，意为中国的西部疆域。清统一其地，其北部称准部、南部称回部，合称回疆，设伊犁将军。光绪十年（1884年），清政府正式在新疆设省，并取“故土新归”之意，改称西域为“新疆”。

参见：史前时期的新疆

新疆地理位置是处于亚欧大陆中心，它具有特殊性。所以自古以来东西方人种、文化、民族在这儿交汇，是它的基本特点。新疆自古就有人类活动的迹象，为中亚诸多民族活动的场所。新疆最早的居民是属塞种，后受汉人、突厥人及回鹘人压力，只分布于中亚，其代表性民族是斯基泰人。他们发展出发达的游牧文化。

新疆地区基本上没有什么文献记载，实应属史前时期，所以，新疆地区的史前文化应指汉代以前直至远古的文化。就考古学而言，它应包括旧石器时代文化、中石器时代文化、新石器时代文化、铜石业用时代文化、青铜时代文化和早期铁器时代文化。

在古代历史上，曾有许多部落、民族在新疆聚居。新疆居民的族属，从汉代（公元前206年—公元220年）开始才有明确的记载，当时主要有：塞、月氏（音：肉支）、乌孙、羌、匈奴和汉人。

塞人，原游牧于东起伊犁河、楚河流域，西抵锡尔河地区。因被月氏排挤而西迁，一部分退至锡尔河北岸，另一些南下帕米尔，散居各地。

在大约距今二三千年以前的新石器时代，天山南北各地，诸如哈密的三道岭、七角井、吐鲁番盆地的阿斯塔那、乌鲁木齐县的柴窝堡，以及木垒、奇台、伊犁、库车、巴楚、且末、于阗、皮山等地都已出现人类祖先活动的遗迹，其石器形制、打刻技术以及共存的陶器色彩、花纹与中国甘肃、内蒙、宁夏等地相近。

新疆各地同中原地区交往联系的历史源远流长。中国先秦（前221以前）古籍，诸如《尚书》、《竹书纪年》、《山海经》、《楚辞》中都有关于古代新疆地理、山川、河流的记载，它从一个侧面反映了当时中原人对于新疆的认识和了解。中国先秦时期的古籍《穆天子传》里记载，周朝（约前11世纪—前256）统治者周穆王（今新疆境内）西巡，这不仅反映了远古时代中原地区同新疆经济文化交流的关系，还证明了联系东西方的“丝绸之路”这时已开辟通行。

参见：月氏人、乌孙、羌人

月氏人，战国（公元前475年—公元前221年）时期活动于河西走廊到塔里木盆地的广大地区，秦（公元前221年—公元前206年）汉之际最为强盛。公元前176年前后，受匈奴的攻击，被迫向伊犁河流域迁徙，驱走那里的塞人而居其地。

乌孙，最初活动于河西走廊。秦末汉初，受月氏人的攻击而依附于匈奴，后在匈奴的支持下，袭击月氏人，并将其逐出伊犁河流域。

羌人，最初活动于黄河中上游地区。春秋（公元前770年—公元前476年）战国时期，一部分羌人经河西走廊，沿祁连山、昆仑山向西迁徙，从而在新疆留下了足迹。匈奴人，主要是在公元前176年前后进入新疆的。

参见：西域三十六国、汉匈百年战争、汉朝治疆历史、西域都护府、西域长史

汉人，是较早进入新疆地区的民族之一。西汉王朝征服西域是从讨伐匈奴开始的。匈奴是秦汉之际在中国北方草原地区活动的一个实力强盛的游牧民族，初弱，后强盛。汉朝对北方地区，包括西域的统一管辖，结束了该地区长期以来诸游牧部落不相统属的分割局面，为后来全国性的统一局面形成创造了条件。

汉武帝刘彻为了打败匈奴，巩固其统治，决定“通西域，以断匈奴右臂，隔绝南羌，月氏”。为此他先派张骞两度出使西域，以加强同西域诸地的联系，共同对付匈奴。张骞西使加深了中国对西域的了解，密切了两地之间政治、经济联系，扩大了汉朝在西域诸地的政治影响，为汉朝征服西域创造了条件。

公元前121年，汉军大败驻牧在河西走廊一带的匈奴军队，汉朝在此先后置武威、张掖、酒泉、敦煌四郡。

汉武帝又命李广利于太初元年（前104年）、三年两伐大宛（在今中亚费尔干纳盆地），使西域的许多城国相继臣服于汉。前102年，汉军攻破大宛城（今费尔干纳），汉朝在西域各国中的威望大增。前101年，汉朝在在天山南部的轮台、渠犁等地驻兵数百人进行屯田，并设“使者校尉”地方官员统领之，后“使者校尉”改称“护鄯善以西使者”。

公元前60年，西汉中央政权在乌垒城（今轮台县境内）设立了“西域都护府”，新疆正式成为中国领土的一部分。以后，或为官、或从军、或经商，进入新疆的汉人连续不断。

因匈奴内争，其主管西域的日逐王先贤掸率万余众降汉，汉使护鄯善以西使者郑吉迎之，匈奴在西域的统治力量随之瓦解。于是汉廷使护鄯善以西南道诸地的郑吉“并护（车师以西）北道，故号曰都护”。西域都护是西汉政府在西域设置的最高军政机构，治乌垒城（今新疆轮台东北），“镇抚诸国，诛伐怀集之”，并“督察乌孙（在今新疆伊犁河流域）、康居（在今哈萨克斯坦境内巴尔喀什湖与咸海之间）诸外国动静，有变以闻，可安辑安辑之，可击击之”。

西汉时期，随着东西方经济文化的交流传播，极大地带动促进了西域社会经济的进一步发展。西域的农作物胡麻、蚕豆、石榴、大蒜、葡萄、苜蓿等相继传入内地，被誉作“天马”的大宛马、乌孙马、各种毛皮也通过“丝绸之路”源源不断地进入到中原地区。同时，中原地区的丝绸和丝织品也传入西域并经此西传欧洲。此外，伴随着屯田士兵而传入西域的还有先进的生产工具和农业经验，如铁铧、铁锄等铁制农具及代田法，还有掘井技术和冶铁技术等。

西汉末，外戚作乱，王莽篡权，内地政局不稳天山南北各地复陷入分裂割据状态。

东汉初年，匈奴南下，重新统治了西域各地。公元73年，东汉王朝派遣大军攻伐北匈奴，其中汉将窦固、耿忠等率部出酒泉，于天山一带击败匈奴呼衍王部，占据伊吾（今哈密市）。同时，窦固部将、时任假司马的班超受命顺天山南麓西行收复失地，班超在西域各地人民帮助下，南征北战，有力地稳定了西域的政治局势，后受封为西域都护“定远侯”。班超在任期间，还派甘英等人于公元97年出使大秦（东罗马帝国），其使团足迹曾抵达波斯湾，使东西方之间的交往联系得到进一步发展。

参见：高昌、后凉

魏晋南北朝（公元220年—公元589年）时期，是中国民族大融合时期，各民族迁徙往来频繁，又有许多古代民族进入新疆，如柔然、高车、哒、吐谷（音：玉）浑等。

魏黄初三年（222年），魏继承汉制领护西域，在伊吾（哈密）置宜禾都尉，在高昌（吐鲁番）设“戊己校尉”，在车师后部赐其王守（署理）侍中官职，号大都尉，后又置西域长史管理西域各民族。

265年，司马炎代曹魏建立西晋，在西域设立了戊己校尉和西域长史等管理机构。东晋咸和二年（327年），割据河西的前凉张骏攻取伊吾，划属敦煌郡，以参军索孚为伊吾都尉。咸和四年设立高昌郡，隶属沙洲（今敦煌），此为高昌按内地行政设官之始。永和元年（345年）征服焉耆，张骏还派军队伐龟兹、鄯善、于阗，中央集权在西域地区进一步巩固。

东晋太元八年（383年）前秦将军吕光受命率7万余众讨平西域。苻坚淝水之战兵败后前秦瓦解，吕光据有姑臧（今甘肃武威）于太元十一年（386年）称大将军、凉州牧。太元十四年（389年）吕光称三河王，后改称天王，史称后凉。统治范围包括甘肃西部和宁夏、青海、新疆一部分。

另外十六国时期维吾尔人祖先丁零人翟辽在今天河南黄河南岸建立的政权国号魏，史称翟魏，392年为后燕慕容垂所灭。这些政权都试图保持对新疆诸藩的控制。最终鲜卑的北魏重新统一中国北方，控制了今天新疆东南的一部分。疏勒、于阗、龟兹和且末等政权控制了西部，而中央吐鲁番附近则被北凉的延续者高昌所统治。

东晋隆安四年（400年），河西李皓占据敦煌。西凉建立不久，驻军玉门、阳关以西诸城，控制西域。

参见：柔然、高车

柔然，是北方草原古老民族东胡人（中国古族名）后裔，五世纪初兴起于蒙古草原，公元402年建立了强大政权，同北魏争夺西域。太平真君三年（442年），北魏灭北凉，西域诸国降附北魏，高昌王麴嘉及其子孙多次受北魏册封。太延元年至末年（435—439年），西域各国遣使向中原朝贡，使臣连年不断。随着北魏势力进一步扩大，太和十二年（488年），北魏置伊吾郡。

永熙三年（534年），北魏分裂为东魏、西魏，后被北齐、北周取代。中央王朝不再控制西域。

高车，亦称敕勒、铁勒，最初游牧于贝加尔湖及鄂尔浑河、土拉河流域。公元487年，高车副伏罗部首领阿伏至罗与其弟穷奇率所属十余万部落（户）西迁， 在车师前部（今吐鲁番交河故城）西北建立高车国。嚈哒，起于塞北（古指长城以北地区），五世纪末东进塔里木盆地，南攻月氏，建立政权，并越过帕米尔高原，曾一度控制南疆部分地区。吐谷浑源于鲜卑（中国古族名），四世纪初自辽东（泛指辽河以东地区）西迁，逐渐控制了今甘南（甘肃南部地区）、四川和青海地区的氐（中国古族名）、羌等民族，建立政权。

南北朝末期，西域出现了社会大动荡和民族大融合的局面。5世纪末，吐谷浑和柔然开始分别侵入新疆南部和北部，中原政权（北朝）逐渐丧失对此地的控制。

参见：突厥、西突厥、吐蕃

隋唐时期（公元581年—公元906年），中央政府加强对新疆的统治。突厥、吐蕃等古代民族对新疆历史进程产生了重要影响。突厥是公元六世纪到八世纪活跃于中国西北和北方草原的古代游牧民族。公元552年突厥首领土门打败柔然，以漠北（蒙古高原大沙漠以北地区）为中心建立了西至咸海、东抵大兴安岭、横亘中亚的突厥汗国，统一了西域。583年突厥分裂为东西二部，为争夺汗权争斗不休，新疆属西突厥。

隋朝统一中原，隋炀帝即位之初，就派遣吏部侍郎裴矩到张掖、武威主管与西域的互市，了解西域民情。隋朝从突厥人手中夺取了西域东部，又灭吐谷浑，公元608年，隋军进驻伊吾，建筑城郭，设鄯善（今若羌）、且末（今且末西南）、伊吾（今哈密境内）三郡。把行政区扩大到今若羌、且末和青海湖西、兴海县东一带。大业五年，炀帝巡幸河西，高昌王麴伯雅等27国首领使者，到张掖觐见，盛况空前。大业六年，设立鄯善（今若羌）、且末、伊吾三郡，在伊吾城之东北设柔远镇。开始之后中原王朝经营西域。

参见：唐朝治疆历史、安西都护府、北庭都护府、喀喇汗王朝、高昌回鹘、回鹘

公元七世纪初，唐朝代隋而兴。公元630年，原属西突厥的伊吾城（今哈密）主率所属七城归顺唐朝，唐朝设西伊州（后改称伊州）。

公元640年，唐朝发兵攻下了高昌城，于该地置西州，又于可汗浮图城（今吉木萨尔）设庭州；同年在高昌设安西都护府，后迁至库车，改置为安西大都护府。统安西四镇：龟兹、疏勒、于阗、碎叶（今吉尔吉斯斯坦的托克马克市），辖境相当今新疆及哈萨克东部、吉尔吉斯北部楚河流域。自显庆元年（656年）至麟德元年（664年），这期间，是武则天为皇后辅佐高宗到垂帘听政阶段。在之后的二十年间，唐军发动了对西突厥的一系列远征，唐高宗发大军分南北两道进攻西突厥，一举灭掉了西突厥，在657年西突厥彻底投降，西突厥领土全部为唐所有。显庆、龙朔年间（661-663年），唐军平定西突厥，辖区扩大至今阿尔泰山西至咸海及葱岭的东西各部直至阿姆河两岸城的诸城邦国包括今新疆大部分。670年安西四镇被吐蕃攻占，693年武周再次占领。唐朝咸亨元年（670年），安西都护府治所移至碎叶城。

唐朝打败西突厥后，统一了西域各地，公元702年，唐朝又在北庭（现吉木萨尔）设立了北庭都护府，管辖天山以北地区。后又升为北庭大都护府，管理天山北麓及新疆东部地区的军政事务，而安西大都护府管理天山南部和葱岭以西的广大地区。

吐蕃是藏族的祖先，六世纪末兴起于青藏高原，占领青海后，开始与唐朝争夺西域。唐朝中后期，吐蕃政权加紧了对西域的进攻，一度占领了新疆大部分地区，由于回鹘汗国的西迁，866年吐蕃最终退出了西域。840年，回鹘由蒙古高原西迁而来，建立了以吐鲁番为中心的西州回鹘政权和以喀什噶尔为中心的喀喇汗王朝，这两个王朝与当时的于阗王国共同组成了西域地区三个并立的政权。

唐玄宗年间（公元712年—公元756年在位），唐朝又在两大都护府之上设“碛西节度使”，是当时全国八大节度使之一。

公元755年，中原地区爆发“安史之乱”（唐代安禄山、史思明发动的叛乱），大批驻守西域的唐军调往内地，吐蕃乘机占领南疆及北疆部分地区。八世纪中叶，东、西突厥汗国相继灭亡，其后裔融入了其他民族之中。

公元840年，大批回鹘人进入新疆。回鹘，原称回纥，是铁勒（中国古族名）诸部之一。最初活动于色楞格河和鄂尔浑河流域，后迁居土拉河北。公元744年，发展壮大了的回鹘于漠北建立政权，并两次出兵帮助唐朝中央政权平息“安史之乱”。公元840年，回鹘汗国因自然灾害侵袭、统治集团内讧及黠戛斯（中国古族名）的进攻等原因而崩溃，其部众大部分向西迁徙。其中一支迁往今吉木萨尔和吐鲁番地区，后建立高昌回鹘王国；还有一支迁往中亚草原，分布在中亚至喀什一带，与葛逻禄、样磨等民族一起建立了喀喇汗王朝。自此，塔里木盆地周围地区受高昌回鹘王国和喀喇汗王朝统治，当地的居民和西迁后的回鹘互相融合，这就为后来维吾尔族的形成奠定了基础。

唐朝中央政府对西域各地实行的是藩汉分别管理制度，即在汉民集中居住的伊州、西州和庭州等地，行政上采用与内地一样的府、州、县、乡、里管理制度；经济上推行“均田制”（唐朝田制）与“租庸调制”（唐朝赋税制度）；军事上实行“府兵制”（唐朝军事制度）。非汉民聚居区，则设置“羁縻府州”，即继续维护当地本民族首领的行政管理制度，冠以唐朝都护、都督、州刺史的名号，允其以旧俗治理其部众。

参见：高昌、黑汗王朝、喀喇汗王朝、于阗

9世纪中叶后，吐蕃和回鹘都衰落下来，这一地区进入混战时期。9世纪之后的中原王朝无暇顾及西域，西域出现了几个国家并列存在的局面。其中主要有高昌、黑汗王朝和于阗等地方政权。840年漠北回鹘汗国覆灭高昌与喀喇汗王朝后，由西迁西域的回鹘人汇同其他操突厥语诸族建立地方政权。于阗是古老的塞人居地。唐亡后，于阗尉迟王族执政，与中原地区往来密切，因曾受过唐朝册封而自称李姓。

九世纪末十世纪初，伊斯兰教经中亚传入新疆南部地区。十世纪中叶，信仰伊斯兰教的喀喇汗王朝发动了对于阗佛教王国历时四十余年的宗教战争，于十一世纪初灭亡于阗，把伊斯兰教推行到和阗地区。十四世纪中叶起，在察合台汗国（蒙古成吉思汗二子察合台在西域建立的藩属国）的强制推行下，伊斯兰教逐渐成为察合台汗国的蒙古人、维吾尔人、哈萨克人、柯尔克孜人、塔吉克人等信仰的主要宗教。十六世纪初，伊斯兰教最终取代佛教成为新疆的主要宗教。

参见：西辽、察合台汗国、叶尔羌汗国、窝阔台汗国、察合台汗国、准噶尔汗国

黑汗王朝在10世纪和11世纪控制今新疆西部，同一时期回鹘的一支在新疆中部定居。

回鹘人落居西域及其建立的这些地方政权与中原王朝关系十分密切，喀喇汗王朝的统治者就自称“桃花石汗”，意即“中国之汗”，表示自己是属于中国的。1009年，占领于阗地区的喀喇汗王朝派出使臣向北宋进献方物。1063年，北宋册封喀喇汗王朝可汗为“归忠保顺（本字无法显示：“石+后”）鳞黑韩王”。北宋建立后第三年，高昌回鹘就派遣使者42人前往北宋进贡方物。

于阗系塞人居地。唐朝以后，于阗尉迟王族执政，与中原地区往来密切，因曾受过唐朝册封而自称李姓。公元938年，后晋高祖遣张匡邺、高居诲出使于阗，封李圣天为“大宝于阗国王”。北宋初，于阗使臣、僧人向宋朝进贡不断。

参见：西辽

1124年，辽朝皇族耶律大石率众西迁，征服新疆地区，在占据西州回鹘和黑汗国旧地后，向西扩展到阿姆河流域。1132年先后征服了西州回鹘政权、喀喇汗王朝、阗王国三个地方政权，统一了西域建立建立西辽政权，一批契丹人（中国古族名）由此进入新疆。西辽政权，一称“喀喇契丹”，“喀喇”意为“黑”，故汉文又称“黑契丹”。西辽成为中亚霸主后，当地众多部族成为其附庸。耶律大石仍沿用辽朝政治制度管理政事，倡行汉儒文化，笃信佛教，但是不排斥其他宗教，赋税较轻。因而，这一时期，中原汉文化在中亚一度获得光大，“契丹”这一名称时至今日仍是中亚、西亚及欧洲部分语言称呼中国的代名词。

元朝时期成吉思汗完成对天山南北的政治统一。十三世纪初，成吉思汗率军进入新疆后，击败了西辽，统一了西域地区。把他征服的地方分封给其子孙。西域大部分地区为成吉思汗次子察合台的封地即察合台汗国。另外元朝在今伊犁河流域曾设置阿里麻里（阿力麻里）行省，但不久就并入察合台汗国。又在阿姆河南岸曾设立行省，后并入伊利汗国。今乌鲁木齐一带曾设置别失八里行省，后一度被察合台汗国占据，后期重新成为元朝的辖地。

回鹘人进一步同化、融合了部分契丹人、蒙古人。1271年忽必烈建立了元朝，西域统归元朝政府管理。

蒙古汗最初设立“达鲁花赤”（蒙古官名，意为镇守官）、“别失八里等处行尚书省”等军政管理机构，对西域进行军政管辖。元朝建立后，在发展西域各地社会经济的同时，在吐鲁番地区设立提刑按察司，以后，又在吐鲁番等地建立交钞提举司（印钞机构）和交钞库等机构，设置“别失八里元帅府”以总管派往该地的“新附兵”（元朝以俘降的南宋士卒组成的军队）屯垦事务，派兵到和阗、且末等地屯田，在别失八里设立冶场“鼓铸农具”。在畏兀儿（元朝称回鹘为“畏兀儿”）地区实行“计亩输税”。

参见：瓦剌、俄力思军民元帅府、哈密卫

14世纪下半叶，明朝建立时在西域处于退缩状态，在今克什米尔东北和藏西设置俄力思军民元帅府；1406年， 又设立哈密卫，任用当地世族首领为各级官吏统辖当地军政事宜，维持商贸通道安全，对西域地区实施羁縻控制。

而此时的西域地区并存东察合台国、吐鲁番王国、叶尔羌汗国、哈密王国、瓦剌汗国等政权，均为蒙古贵族后裔，其中以东察合台国最为强大。明朝政府为了统辖西域管理，特在哈密设卫，哈密卫作为明朝政府管理西域地区的最高行政和军事机构起着一定的作用。

洪武三年（1370年）察合台汗国灭亡后其后裔建别失八里，都城在别失八里（今吉木萨尔北破城子），永乐十六年（1418年）迁都亦力把里（今伊宁）。15世纪中叶，吐鲁番部强大，1472年，哈密等卫所一度被吐鲁番攻破，诸卫内迁，后复，1514年再度被并，15世纪后半期后，西北诸卫全部丧失，明朝最后放弃新疆，退守嘉峪关。明朝中叶，东察合台汗国演变为叶尔羌汗国。

瓦剌，是明代对漠西蒙古的总称，初分布于叶尼塞河上游地区，后不断向额尔齐斯河中游、伊犁河流域扩展。十七世纪初，逐渐形成了准噶尔、杜尔伯特、和硕特、土尔扈特四部。十七世纪七十年代，准噶尔占据伊犁河流域，成为四部之主，并统治南疆。

参见：和卓、清朝治疆历史、回疆、准噶尔、大小和卓叛乱

清朝初年，西域为蒙古准葛尔部所统治，其首领为噶尔丹，他利用武力兼并了蒙古和硕部和厄鲁特部，并把土尔扈特部排挤到了俄国的伏尔加河流域。

18世纪初，准葛尔贵族乘机作乱，乾隆皇帝于1755年派出平叛大军，最后彻底消灭了准葛尔汗国，统一了西域。乾隆帝把这片土地命名为“新疆”，取自“故土新归”之意。

准葛尔平定后，穆斯林教派的头面人物伊敏和依沙克，史称“大小和卓”于1757年又在库车成立了“巴图尔汗国”公开与清政府抗衡，分裂中国。1759年，清朝平定大小和卓叛乱，统一新疆。从此完全确立了清朝对新疆的稳固统治，回部之前在准噶尔暴力统治之下。而准噶尔部被灭族也直接导致新疆及中亚部分完全伊斯兰化。

1762年设立的“伊犁将军”统一行使对天山南北各地的军政管辖，官府驻地在“惠远城”（今霍城县境），分设都统、参赞、办事、领队大臣管理各地军政事务。清朝政府依据“因地制宜”、“因俗施治”的原则，对天山北部汉、回族居住区实行郡县制管理；在伊犁地区和天山南部各地维吾尔族中维持当地的“伯克制”，但是伯克（突厥语音译，地方官吏称号）的任免权归于中央，并严格实行政教分离；对蒙古族和哈密、吐鲁番地区的维吾尔族则实行“扎萨克（蒙古语音译，意为支配者）制”，即册封王、贝子、公等世袭爵位。清朝政府在官员的任用方面还采取了以满族为主、各族官员并用的政策；经济方面，推行以农业为主，农牧并举的经济措施，采取减轻赋税，确定财政定额补贴制度等。清朝统治时期，新疆的社会经济得到了稳步的发展。

1771年流放在伏尔加河流域的蒙古土尔扈特部落在其首领渥巴锡的带领下，历经八个月的磨难回到了中国，结束了长达近一个半世纪的流亡生活。

1755—1757年，清朝统一西北地区，解除了哈萨克汗国来自准噶尔贵族的威胁。大、中、小三个玉兹，曾先后表示归顺清朝，部分牧民迁回阿勒泰、塔城、伊犁地区放牧。清朝平定准噶尔后，要求归附的不仅仅是哈萨克和布鲁特，葱岭以西的各部落，如浩罕、今新疆西部的巴达克山、帕米尔、布哈尔、山克、塔什干、爱乌罕（阿富汗）等纷纷表示归附。

十八世纪六十年代以后，清朝政府为进一步加强新疆边防，从东北陆续抽调满、锡伯、索伦（达斡尔）等族官兵驻防新疆，他们成为新疆少数民族中的新成员。以后，又有俄罗斯、塔塔尔等民族移居新疆。至十九世纪末，新疆已有维吾尔、汉、哈萨克、蒙古、回、柯尔克孜、满、锡伯、塔吉克、达斡尔、乌孜别克、塔塔尔、俄罗斯共13个民族，以维吾尔族为主体，形成了新的多民族聚居分布格局。

1820年到1828年，大和卓之孙张格尔在浩罕封建统治者与英国殖民者怂恿支持下，3次潜入南疆发动叛乱。

沙俄是最早觊觎新疆的西方势力之一。16世纪沙皇俄罗斯侵入西伯利亚。完成对西伯利亚的扩张之后，开始蚕食侵占中国领土。19世纪中叶，俄罗斯帝国威胁清朝的整个北部边境。鸦片战争后，由于清政府无暇西顾，沙俄乘机对中国国新疆地区进行了大肆的蚕食，1860年到1851年前，沙俄迫使清政府签订丧权辱国的《中俄北京条约》《中俄勘分西北界约订》《中俄伊犁塔尔巴哈台通商章程》。他们通过武装移民，建立军事据点和科学考察以及签定不平等的条约等手段，非法侵占了中国西部领土44万多平方公里。这时以阿古柏为首的中亚浩罕国在英、俄帝国主义的支持下，于1865年入侵新疆，他们首先进入喀什噶尔，并迅速占领了叶尔羌、和田、阿克苏、库车等七个城市，成立了“哲德沙尔政权”。统治新疆绝大部分地区达6年。1871年，沙皇俄国也乘机侵占包括固勒扎城（伊宁市）在内的伊犁河谷，当时清朝在新疆只剩下塔城等少数据点。

参见：清军收复新疆之战

为了维护中国统一，清政府以左宗棠为首的塞防派，力主收复新疆，1875年，清朝陕甘总督左宗棠就任钦差大臣，督办新疆事务，并于同年率八万大军进军新疆。到1877年底，清军陆续收复了中亚浩罕汗国阿古柏侵占的天山南北诸地，史称“清军收复新疆之战”。其后沙俄又借口伊犁农民起义和阿古柏势力威胁到俄国安全，打着保护和代守的旗号，公然出兵占领伊犁。新疆面临为外国瓜分侵占的危险。

1878年终于收复了除伊犁地区以外的全部新疆领土。中俄《伊犁改订条约》签定后，清政府收回了被沙俄占领长达11年之久的伊犁地区和大部分领土，但霍尔果斯以西的一万多平方公里的土地仍归俄国所有，并且留下了一个的“帕米尔问题”。

为了使新疆达到长治久安的目的，在左宗堂的积极倡导下，新疆于光绪十年（1884年），清政府发布新疆建省上谕，正式建省，刘锦棠被任命为首任新疆巡抚。实行与中国本部18省一样的行政制度，由巡抚统管全疆各项军政事务，省会也由伊犁迁至乌鲁木齐迪化城，全疆分为四道（镇迪道、阿克苏道、喀什噶尔道、伊塔道）道以下设6府、10厅、3州、21个县，2个分县。伊犁将军不再总统全疆军政事务之责，驻军制度与内地各省基本一致。新疆行政建置与内地完全一致。新疆建省，是清朝政府对历朝各代治理新疆的一次重大改革。

光绪七年二月，清政府使臣曾纪泽（曾国藩之子）经过与沙俄艰苦的外交斗争，几经周折，终于达成《中俄伊犁条约》，条约议定次年沙俄军队撤出伊犁，中国以赔款和允许俄商在新疆贸易不纳税，俄国在嘉峪关和吐鲁番设领事作为代价。1882年，中国收回伊犁。

1885年，沙俄吞并中亚大部分地区，盗走乾隆御界限碑。随后，俄国人又炮制了“帕米尔乃浩罕遗产”的说法，妄图强占该地。1892年，俄国不顾清军在此已增设哨所而大举南侵，强占了中国清朝新疆西南萨雷阔勒岭以西两万多平方公里的领土。其实中国与中亚国家的边界问题，其最根本的源由就是清后期与沙俄签定的一系列割地赔款的不平等条约中遗留下的。1880年代左宗棠抬棺率兵收复整个新疆，清朝和沙俄签定边界协议，按协议是山口往南的垂直直线划线，后来沙俄在原有割地基础上又侵占2.8万多，一直不还。

十月革命后，列宁曾称要归还不平等条约中侵占的一切中国领土，但是1921年苏联红军进入中国唐努乌梁海地区，8月13日，唐努乌梁海宣布“独立”。1944年10月13日，正式改名为“图瓦苏维埃社会主义自治共和国”。17万平方公里土地成为苏联领土。

而不包含在条约中的被占领土也就一直悬而未决。根据《中俄伊犁条约》而签订的《中俄续勘喀什噶尔界约》，将帕米尔西部割让给沙俄（见沙俄侵占帕米尔事件）。二十一年沙俄又在英国默许下，违约侵占萨雷阔勒岭以西中国领土。清政府对此提出了多次抗议，沙俄从此也就不再理会，一直霸占该地。但以后历届中国中央政府都不承认。

参见：苏联入侵新疆、东突厥斯坦伊斯兰共和国

1911年10月武昌起义不久，新疆革命党人刘先俊等人计划于迪化城策动起义。因叛徒出卖而失败。第二年，以杨缵绪、冯特民、李辅黄为首的革命党人在伊犁起义成功。宣告了清朝在伊犁地区政治统治的结束。之后因清朝宣统皇帝退位，袁世凯命杨增新为新疆都督，杨增新采用软硬兼施的手段，迫使革命党人妥协，资产阶级领导的伊犁起义失败。

杨增新窃取伊犁起义成果担任新疆都督后，实行专制独裁统治，制造民族不合，镇压不同意见，遭到社会各界的反对。在统治新疆17年后，终于死于统治集团内讧。

二十世纪初以后，极少数新疆分裂分子和宗教极端分子，受国际上宗教极端主义和民族沙文主义思潮的影响，根据老殖民主义者炮制的说法，将不规范的地理名词“东突厥斯坦”政治化，编造了一套所谓的“东突厥斯坦独立”的“思想理论体系”。“东突”理论形成后，分裂分子都打着“东突”的旗号进行活动，企图实现其建立“东突厥斯坦国”。

1928年，金树仁继新疆都督，社会动乱进一步加深。1933年末，金树仁被迫出逃，盛世才接任都督，开始其长达10年之久的统治。盛世才积极发展同苏联的联系，妄图利用苏联人的支持保持自己“新疆王”的独裁地位。在一些进步青年的影响和苏联的帮助下，盛世才于1936年形成“反帝、亲苏、民平、清廉、和平、建设”的“六大政策”。1937年，卢沟桥事变后，中国共产党为了团结一切力量共同抗日，同盛世才结成抗日民族统一战线。1937年10月，盛世才同意我党在迪化成立八路军办事处，滕代远任主任。随后，党中央派遣了一百多位党员来疆工作。

中国共产党人在新疆工作取得的成就使盛世才不安，1939年有意制造摩擦，冷淡关系。1941年德国法西斯发动侵苏战争，盛世才错误估计形势，公开与苏联、中共对抗。制造所谓“四一二阴谋暴动案”捕杀中共党员，残酷杀害陈潭秋、毛泽民、林基路等中共党员，抛弃六大政策，投向国民党蒋介石。

30年代初，苏联出兵帮助盛世才击败了有日本背景的马仲英，并铲除了英国支持的喀什回教共和国。而此时的“东突”势力在外国敌对势力的怂恿、支持下，多次制造动乱。1933年11月，沙比提大毛拉等在喀什建立了“东突厥斯坦伊斯兰共和国”，不到三个月便垮台了。

参见：新疆和平解放、新疆维吾尔自治区

1949年，国共内战末期，邓力群奉命携带电台至伊犁和迪化（现乌鲁木齐）分别与三区革命领导人阿合买提江、伊斯哈克伯克、阿巴索夫等人以及陶峙岳、包尔汉见面。中央决定新疆派五名代表出席新政治协商会议，并希望维吾尔族、哈萨克族都有代表出席。五位代表因飞机失事不幸遇难，重新派出赛福鼎、阿里木江、涂治三人参加了全国政协会议。

1949年同年，彭德怀的人民解放军第一野战军8月26日占领兰州继而占领甘肃全境之后，经过张治中斡旋，新疆的国民革命军军政长官陶峙岳、包尔汉等宣布脱离广州的临时国民政府起义。9月25日第一野战军第一兵团在王震将军率领下攻占乌鲁木齐。

1955年10月1日成立新疆维吾尔自治区。截至2009年末，新疆共有14个地级行政区划单位（其中：2个地级市、7个地区、5个自治州），98个县级行政区划单位（其中：11个市辖区、19个县级市、62个县、6个自治县），1005个乡级行政区划单位（其中：1个区公所、150个街道、234个镇、577个乡、43个民族乡）。首府乌鲁木齐市。

中华人民共和国成立以来，中国政府为实现国内各民族的平等、团结和共同发展，从中国民族和宗教的实际状况出发，制定了一系列民族政策和宗教政策，并在实践中不断使之丰富和完善。新疆作为中国实行民族区域自治地方之一，全面贯彻了中央政府的民族政策和宗教政策，维护了各族人民的根本利益，形成、发展和巩固了平等、团结、互助的新型民族关系。

参见：新疆生产建设兵团

屯垦戍边是中国几千年开发和保卫边疆的历史遗产。据史料记载，中国历朝历代都把屯垦戍边作为开发边疆、巩固边防的一项重要国策。中央政府在新疆地区大规模屯垦戍边始于西汉，以后历代相袭。这对统一国家、巩固边防，促进新疆社会和经济发展都发挥了重要的历史作用。

1949年，新疆和平解放后，驻新疆人民解放军部队为巩固边防，加快新疆发展，减轻新疆当地政府和各族人民的经济负担，将主要力量投入到生产建设中，开展了大规模的生产建设。

1954年10月，中央人民政府命令驻新疆人民解放军的大部集体就地转业，脱离国防部队序列，组建生产建设兵团，其使命是劳武结合，屯垦戍边。到1954年年底，解放军驻新疆部队经过艰苦创业，共建成农场34个，牧场8个，拥有耕地77.2千公顷，收获的农牧产品解决了驻新疆部队的后勤供给，而且还兴建了一批现代工矿商贸企业，兴办了学校、医院等一批事业单位。

1956年5月起，兵团受国家农垦部和新疆维吾尔自治区双重领导。

二十世纪五十年代和六十年代初，兵团按照“不与民争利”的原则，在天山南北的塔克拉玛干、古尔班通古特两大沙漠边缘和自然环境恶劣的边境沿线，兴建水利，开垦荒地，在茫茫戈壁荒漠上建成一个个田陌连片、渠系纵横、林带成网、道路畅通的绿洲生态经济网络。兵团从农副产品加工业起步，发展现代工业，逐步形成以轻工、纺织为主，钢铁、煤炭、建材、电力、化工、机械等门类较多的工业体系。随着兵团国民经济体系的确立，兵团的教育、科技、文化等各项事业也得到长足发展。到1966年底，兵团的各项事业发展到较高的水平。

参见：中苏边界冲突

1962年苏联陆续对中国西北、华北、东北进行武装摩擦，4月阿勒泰、塔城、博尔塔拉到伊犁四个地区二十几个县，共有边民六万七千余人逃到了苏联，有两个县跑得还剩几百人。事件发生之后，新疆军区副参谋长祖农·太耶夫少将和马尔果夫·伊斯哈科夫少将率领40多名校、尉级军官叛逃苏联。史称“伊塔事件”（或“伊犁暴乱”）。

参见：第一批认定的“东突”恐怖组织、恐怖分子名单、东突厥斯坦伊斯兰运动、乌鲁木齐“7·5”暴力犯罪事件

新疆和平解放后，“东突”势力并不甘心失败。极少数逃到国外的新疆分裂分子和在境内的分裂分子里应外合，在国际反华势力的支持下伺机从事分裂破坏活动。尤其是进入二十世纪九十年代，在宗教极端主义、分裂主义和国际恐怖主义的影响下，境内外部分“东突”势力转向以恐怖暴力为主要手段的分裂破坏活动。

2001年“9·11事件”发生后，国际反恐怖斗争与合作的呼声日趋强烈，“东突”势力被列为恐怖组织。

2009年7月5日晚在热比娅和其领导的世界维吾尔大会操控下，在新疆乌鲁木齐发生的严重暴力犯罪事件。多处街道起火。此次打砸抢烧严重暴力犯罪事件已造成140人死亡，800多人受伤；被毁车辆达260部；受损门面房203间，民房14间，总过火面积达到56850平方米，全市共有220多处纵火点，有两栋楼房被烧毁。暴力事件发生后，新疆公安厅迅速调集武警、特警赶赴现场维护秩序，驱散人群，并对施暴者进行抓捕，消防武警、医院救护车也赶往现场救治受伤市民。截至6日凌晨，事态基本平息。

改革开放以后经济和社会各项事业快速发展，新疆各族人民的生活水平逐年提高。2001年农民人均纯收入达到1710.44元，实现温饱有余；城镇在岗职工年平均工资10278元，城镇居民已经整体上实现小康。

新疆人口平均期望寿命延长到71.12岁。人口增长模式呈现低出生、低死亡、低增长的特点。1985年新疆被国际自然医学会列为世界上四个长寿地区之一，每百万人口百岁老人数居中国之冠。