西域都护府是汉朝时期在西域（今新疆）设置的管辖机构。西域都护是汉代西域官阶最高的官职。

匈奴是古代北边的一个游牧民族，秦末汉初发展成为强大的奴隶制国家。它到处向外扩张。在西面，它击走了月氏，取得河西走廊，并出兵西域，残酷统治西域各族人民。

汉武帝即位时，汉的社会经济已得到恢复发展，国力空前强盛。于是改变防守态势，决计主动出击，根除边患。汉武帝一方面派张骞两次出使西域，寻找同盟力量，以“断匈奴右臂”，另一方面派卫青等率骑出雁门、代郡、云中等地，打败了匈奴，夺回河套地区。

元狩二年（公元前121），骠骑将军霍去病两次进军河西，击败匈奴，汉得河西走廊，置河西四郡。

元狩四年（前119年），卫青、霍去病又率大军深入匈奴腹地，与单于接战获胜，“匈奴远遁，而漠南无王庭。”（《史记·匈奴传》）匈奴势力便日趋衰落。同年，张骞奉命再次出使西域。他顺利地到达了乌孙（巴尔喀什湖、伊塞克湖一带），又分遣副使去大宛、康居、大月氏、大夏、安息等国。

张骞前后二次去西域，扩大了汉朝的影响。西域诸国早就知道汉是个非常富饶的国家，很想建立关系，苦于匈奴的阻挠，“欲通不得”（《史记·大宛传》）。当下匈奴已遭受汉朝的打击，当然更乐意与汉接近了。于是汉朝频频派人到西域，一年中出使的多则十余次，少的五六次；每次去的人有百余、数百不等，出现了“使者相望于道”的空前盛况。但这时匈奴在西域的统治还没有根本动摇，一些国家慑于匈奴的压力，故意刁难汉使，“禁其食物”。汉使“非出币帛不得食，不市畜不得骑用”（《史记·大宛传》）。几个位于交通孔道口的国家，还常常“攻劫汉使”，以兵阻道。在这种情况下，元封三年（前108年），汉发兵击姑师（今新疆吐鲁番、鄯善、奇台一带）、降楼兰（今新疆若羌一带）。

太初三年（前102年）汉远征大宛取胜，自此“西域震恐，都遣使来贡献”（《汉书·西域传》）。汉遂在敦煌到盐泽（今罗布泊）之间设立了交通亭站，还在轮台（今新疆轮台东南）和渠犁（今新疆库尔勒）等处屯田，置使者校尉，以保护汉与西域诸国间的交通孔道，天山以南地区便在汉的控制下。匈奴虽然仍盘据在天山以北，但已不能“自安”。

神爵二年（前60年），匈奴西边日逐王率众到汉西域地方长官郑吉处投降，天山以此也归属于汉。汉“并护北道”，始设“都护”，匈奴在西域的统治至此全面结束。

汉武帝对匈奴发动了一系列战争后，匈奴右部王的活动中心已迁至天山东部一带。

前138年和前119年张骞的两次通使西域，其主要目的是联系西域的一些势力抗击匈奴。虽然其目的没有达到，但却一方面使汉朝对西域的了解更为深入，另一方面扩大了汉朝在西域各地的影响，从而为汉朝击败匈奴在西域的势力，并最终统一西域奠定了基础。

汉朝政府有着较为成熟的统治理念。在统治方式上，注重政权机构的建设，将内地的政治、经济、军事、文化制度等，变通地实施于边疆地区，打破了西域地区“无所统一”政治格局，从而把西域诸国有机地纳入汉王朝的政治统治体系之内。同时，汉朝发达的经济，也对西域产生了重要影响，内地与西域经济的互补与交流，最终导致西域的经济与内地的经济形成了密不可分的有机整体，因此，汉朝在西域的统治一旦确立，就相对比匈奴在西域的统治更为稳固。

张骞通西域之后，汉王朝派往西域各地的使者和西域各国派往汉朝的使者络绎不绝，各族商人也频繁地往来于内地和西域之间。在当时人烟稀少、道路艰险的情况下，为了保障这条沟通东西方的丝绸之路的安全畅通，汉朝政府于公元前101年设置使者校尉，率士卒数百人在轮台、渠犁一带屯田积谷，以供应出使西域的使者。使者校尉是汉朝政府派驻西域的第一个官员。

公元前68年，汉朝政府派侍郎郑吉率兵在车师（今吐鲁番盆地）屯田。并命郑吉护鄯善（今罗布泊一带）以西南道，即统管天山以南各地。不久以后，匈奴发生内乱，匈奴虚闾权渠单于死，右贤王屠耆堂在颛渠阏氏的帮助下继承单于位，理应继承单于位的左贤王之子、日逐王先贤掸被人篡权后又遭排挤，于神爵二年（前60年）秋率其众数万骑归附汉王朝，西汉派护鄯善以西南道使者郑吉迎接日逐王，并封其为归德侯。匈奴势力退出西域，匈奴的“僮仆都尉”自此而罢，自楼兰经车师前部的西域北道得以畅通。

汉宣帝神爵二年（公元前60年），为了管理统一后的西域，西汉在乌垒城（今轮台县境内）建立西域都护府，正式在西域设官、驻军、推行政令，开始行使国家主权，这就是《汉书·郑吉传》中所称的“汉之号令班西域矣！”西域从此成为我国领土不可分割的一部分。

汉宣帝任命郑吉为第一任西域都护。西域都护是汉王朝中央政府派遣管理西域的最高军政长官。其级别相当于郡太守，每年的俸禄是二千石粮食。其属官有副校尉、丞各一人；司马、侯、千人各二人。都护的职责是统辖西域诸国，管理屯田，颁行朝廷号令，诸国有乱，得发兵征讨。自郑吉为西域都护至西汉末，前后任西域都护者18人，姓名见于史册的有10人，除郑吉外，还有韩宣、甘延寿、段会宗、廉褒、韩立、郭舜、孙建、但钦、李崇等。

公元前48年西汉政府在车师置戊己校尉，其基本职责是屯田积谷。戊己校尉受西域都护节制。西域都护所辖西域各国的国王及主要官员，由汉王朝赐予印绶。

据《汉书·西域传》载，西域都护统辖西域诸国有48国，“自译长、城长、君、监、吏、大禄、百工、千长、都尉、且渠、当户、将、相至侯、王，皆佩汉印绶”共376人。考古工作者曾在今阿克苏地区的古城中发掘出一枚西汉时期曾任西域都护的李崇的印，还发现一枚“汉归义羌长”铜印，即汉朝颁授西域首领的官印。这些都反映了西汉在西域设官置守、任命各级官员的情况。

中国汉代西域最高军政长官，始设置于公元前1世纪。西汉时都护为加于其他官号上职称，多以骑都尉领其职、秩比二千石；东汉时期为单任官职。时期西汉时，都护治乌垒城（今新疆轮台东北年），和渠犁田官相近，屯田都尉属都护，都护开幕府。都护职在统领大宛（今中亚费尔干纳盆地）及以东城郭诸国兼督察乌孙（伊犁河流域）、康居（今锡尔河中游地带）等国，颁行朝廷号令；诸国有乱、得发兵征讨。

到新莽末年（公元23年左右年），西域乱、都护李崇没于龟兹。

东汉光武帝建武21年（公元45年）、西域18国请复置都护、光武帝不许。

明帝永平17年（公元74年），始以陈睦当都护。次年，焉耆、龟兹叛，共攻杀陈睦，遂罢都护。

和帝永元三年（公元91年），将兵长史班超平定西域，遂以班超为都护，驻龟兹境它乾城（今新疆库车附近，其址未详）。14年，班超还洛阳，继任者有任尚和段禧。

安帝永初元年(107)，西域乱、征禧还。至延光2年(123)、以班勇为西域长史、复平西域、遂以长史行都护之职。

匈奴的势力伸展到西域，征服了这些国家。汉武帝派遣张骞出使西域，天山南北地区第一次与内地联为一体，中原和西域以至更远地区之间，经济、文化联系日益密切。

汉宣帝时，始设西域都护，为西域最高军政长官。

王莽时期，西域分割为55个小国，其中北道诸国，复受制于匈奴。

东汉时期，西域诸国纷纷要求东汉王朝恢复“都护”管辖。南道上的莎车组织力量抗拒匈奴，保护着居留在西域的“故都护吏士妻子千余口”。不久，汉立莎车王为汉“西域大都尉”，五十余国都属于莎车统领。尔后莎车、鄯善、车师、焉耆等国又派人到洛阳“请立都护”，东汉光武帝刘秀因“天下初定”，“匈奴未服”而没有允诺。

东汉明帝时，东汉开始发动对匈奴的战争。又遣班超出使西域，西域遂平。后以西域长史行都护职。

永平十六年（73年）汉明帝命窦固北征匈奴，取伊吾卢（今新疆哈密东）地，置宜禾都尉，于阗诸国派人到洛阳，翌年设都护，与内地断绝了五十年的西域复通。

永元元年（89年），大将军窦宪破北匈奴，第二年夺回伊吾地，班超定西域。汉遂以班超为西域都护，驻龟兹，并在车师前部的高昌壁再度设置戊己校尉，于车师后部增设戊部侯，完全恢复了汉在西域的管辖。这时，远至条支诸国，都来与东汉建立关系。班超还派甘英出使大秦（罗马帝国），行抵条支，为风浪所阻，“临西海而还”，没有达到预期的目的。

班超在任十一年，因老病离开西域。继任都护的不甚称职，引起“西域背畔”。

延光二年（123年），敦煌太守张珰、尚书陈忠建议重开西域，以“震怖匈奴”。朝廷接纳了他们的意见，派班超子班勇为“西域长史”，屯驻“柳中”（高昌壁东南）。龟兹、疏勒、于阗、莎车诸国随即来归附，东汉与西域中断了的统辖关系得以恢复，从此，西域一直是东汉的一部分，但乌孙和葱岭以西的大宛便不再属于汉了。

西域都护府位置有轮台县境内的奎玉克协海尔、阔纳协海尔及卓尔库特三种说法。

2017年，“汉唐丝绸之路的开拓—西域都护府”研讨会在新疆轮台县召开，与会学者认为，奎玉克协海尔古城内圆外方极有可能是西域都护府遗址。

近年来，在新疆巴音郭楞蒙古自治州轮台县境内发现有十余处距今约两千年的古城遗迹，经考证，汉代西域都护府就隐匿于其间，但要想确定其准确位置，还需要更多力证。

西汉初年，西域共有36国，绝大多数分布在天山以南塔里木盆地南北边缘的绿洲上。这些国家多以城郭为中心，兼营农牧，有的还能自铸兵器，只有少数国家逐水草而居，粮食仰赖邻国供给。西域诸国语言不一，互不统属，由于自然条件的限制和其他原因，每国的人口一般只有几千人到两三万人，最少的仅有几百人。从广义上讲，与今新疆相邻的中亚诸国，以及西亚、南亚、地中海沿岸等地，有时也被称为西域。

西域都护府的设立，标志着西域正式纳入汉朝的版图，中央政权在这里开始行使主权。西汉政府在西域设立行政管理机构、任命官员，派兵驻守并屯田，统计当地户口，推行汉朝的政令等等，都是国家行使主权的重要内容，它由此奠定此后历代中央政权管理西域的基础。

西域都护府的设立，打破了西域各地小国林立、互不往来的隔离状态，造就了在中央政府的统一管理之下，西域各地相互交流的日益增多，增进了西域诸城邦国、各民族间的相互了解与信任，同时也增进了西域与内地的密切联系，增强了西域各地对中央政权的认同。西汉末年至东汉初年，西域局势发生动荡，但西域一些小国仍派人至中原，请求中央政府派遣西域都护，反映了西域诸国对中央政权的信赖与对中央政权的忠诚。甚至在东汉灭亡以后，魏晋南北朝时期，西域许多城邦国仍保留着汉朝颁发的印信。

由于汉朝拥有发达的农业、手工业和商业，因而在统一西域后，这对西域经济与社会的发展产生了重要影响。中原地区先进的生产技术、生产经验及熟练的劳动人手，都给西域地区带来了新的因素，从而促进了西域本地经济的发展。西域与中原地区的经济也有着很强的互补性，西域都护府的设立，更是保证了丝绸之路的畅通无阻，它使西域与中原的经济之间产生了持久而良性的互动，从而使西域地区的区域经济纳入到整个汉朝的经济体系之中。

随着西域都护府的建立，西域与中原地区的文化交流也日益增多，中原地区的文化制度对西域产生了很大影响，如龟兹王绛宾从中原返回龟兹后，将中原的礼仪制度带回龟兹并加以实施。而西域地区的音乐、舞蹈也传入内地，从而丰富了中华文化的内涵。

首先是使西域诸国摆脱了匈奴的残酷统治，转向生产技术先进，经济比较发达的汉王朝，从而加强了与内地经济、政治与文化的联系。

这种联系无疑是有利于当地社会发展的，对于中国统一的多民族国家的形成和巩固，有着深远的影响。匈奴是个奴隶制国家，在西域设置“僮仆都尉”，目的是向各国勒索奴婢和财物，“备其逋租，高其价值，严以期会”（《后汉书·班勇传》），以最大限度的剥削强加在各族人民头上。

汉开西域后情况迥然不同，诸国不需向汉贡赋纳税，汉派驻在西域的戍卒和官员，其给养供奉完全取之于屯田和内地朝廷，不要各国负担。同时，内地的农业灌溉技术和冶炼工业等由此而传播到西域，促进了当地生产力的提高。汉朝的统一有效的治理，使西域有了一个比较安定的生活环境，这也符合于各族人民的愿望。因此，西域各国“不乐匈奴”而“慕汉”。每当汉不在西域设置都护，匈奴势力卷土重来的时候，西域诸国无不“区区东望扣关者数矣”（《后汉书·西域传》），热切地向往着内地，希望能重开玉门关、阳关，恢复汉的管辖。

西域都护府使被匈奴切断了的“丝绸之路”得以恢复发展，畅通无阻，各国人民在这条中西交通要道上撒下了友谊的种子。西域的胡麻（芝麻）、胡豆（蚕豆、豌豆等）、、胡萝卜等植物和骆驼、马的优良品种传入中原，内地的丝绸织品和铁器等工艺品、生产品源源不断地输往西域，东西方的交流达到了前所未有的程度，大大地丰富了各国人民的生活。

汉西域都护府这种管辖方式，也为中国后世王朝开创了先例，十六国后凉吕光在统一西域后，曾仿效汉代，设置西域大都护，行使主权。唐代，在边区各族先后统辖在一个政府下之后，也分别设置了都护府。唐东北有“安东都护府”；北边有“安北”、“单于”等都护府；西北有“安西”、“北庭”等都护府；西南有“保宁”、“支南”都护府。这都借鉴于汉代，适应了中国统一的多民族国家进一步形成和巩固的需要，有着积极的历史作用。

西域都护府的设立，保障了东西商路的畅通，加强了中原地区和西域广大地区的交流，以及对西域地区的管理。