真菌的主要繁殖器官。分为有性孢子和无性孢子两大类，前者通过两个细胞融合和基因组交换后形成，后者无此阶段而经菌丝分裂等形成。孢子在适宜条件下发芽，形成菌丝而进行分裂繁殖； 当外界环境不适宜时可以呈休眠状态而生存很长时间。

真菌是广泛存在于自然界的一类真核细胞生物,具有真正的细胞核和细胞器,不含叶绿素,以寄生和腐生方式吸取营养,估计全世界已记载的真菌有10万种以上,其中绝多数对人类无害,只有少数真菌（约200余种）与人类疾病有关。真菌最适宜的生长条件为温度25℃～28℃（丝状真菌）或37℃（酵母型和类酵母型真菌）湿度95%～100%,pH 4.0～6.0。真菌不耐热,100℃时大部分真菌在短时间内死亡,但低温条件下可长期存活;紫外线不可以杀死真菌,甲醛,石炭酸,碘酊和过氧乙酸等化学消毒剂需要一定达到一定浓度后均能迅速杀灭真菌。

按照菌落形态,真菌可分为酵母菌和霉菌两大类,前者菌落呈乳酪样,由孢子和芽生孢子组成,后者菌落呈毛样,由菌丝组成,故又称为丝状真菌。有的致病真菌在自然界或25℃培养时呈菌丝形态,而在组织中或在37℃培养时则呈酵母形态,称为双相真菌。

节孢子（arthrospore）又称粉孢子（oidium），其形成过程是菌丝生长到一定阶段，菌丝上生出许多横隔，然后从分隔出断裂，产生许多形状如短柱状、筒状或两端呈钝圆形的节孢子。

游动孢子（zoospore）产生在由菌丝膨大而成的游动孢子囊内。孢子通常为圆形、洋梨形或肾形，具一根或两根鞭毛，能够游动。产生游动孢子的真菌多为鞭毛菌门的水生真菌。

厚垣孢子（chlamydospore）又称厚壁孢子。它是由菌丝中间的个别细胞膨大，原生质浓缩和细胞壁变厚而形成的变态菌丝，既不是无性孢子，也不是有性孢子。厚垣孢子呈圆形、纺锤形或长方形，它是霉菌度过不良环境的一种休眠细胞，寿命较长，菌丝体死亡后，上面厚垣孢子还活着，一旦环境条件好转，又能萌发成菌丝体。

生在孢子囊内的孢子称胞囊孢子（sporangiospore）。这是一种内生孢子，在孢子形成时，气生菌丝或孢囊梗（sporangiophore）顶端膨大，并在下方生出横隔与菌丝分开而形成的孢子囊（sporangium）。孢子囊逐渐长大。，然后在囊肿形成许多核，每一个核包以原生质并产生孢子壁，即形成包囊孢子。原来膨大的细胞壁就成为孢囊壁。伸入到孢子囊中的包囊梗部分称为囊轴。孢子囊成熟后破裂，孢子囊孢子跨散出来，与适宜条件即可萌发成新的个体。

分生孢子（conidiospore）是霉菌中常见的一类无性孢子，是生于细胞外的孢子，所以称为外生孢子。分生孢子着生与已分化的分生孢子梗（conidiophore）或具有一定形状的小梗上，也有些真菌的分生孢子就着生在菌丝的顶端。

卵孢子（oospore）是由两个大小不同的配子囊结合发育而成的。小型配子囊称为雄器（antherdium）。大型的配子囊称为藏卵器（oogonium）。藏卵器中的原生质与雄器配合以前，收缩成一个或数个原生质团，称卵球。当雄器与藏卵器配合时，雄器中的细胞质与细胞核通过受精管而进入藏卵器与卵球结合，此后卵球生出外壁即成为卵孢子。卵孢子的数量取决于卵球的数量。

子囊孢子 （ascospore） 指产生在子囊菌子囊内的孢子。在即将形成孢子之前，子囊内进行核融合和减数分裂，一般一个子囊内产生8个孢子，普通为椭圆形，有的是针状态体或带有隔壁。在表面上可以看到纹、刺、网眼等。不同的特征，其颜色也各种各样：有的无色，有的淡黄色、淡红色、橙色、褐色及黑色等。普通在子囊内并列成一排，其一半与另一半性别各 。（例如脉孢菌属、麻孢壳属、Pleurage）。孢子一般在子囊内排成一列，其中半数与其他半数各为不同的性属（例如Neurospora，Gelasinospora，Pleurage）。

接合孢子是由菌丝生出的结构基本相似,形态相同或略有不同的两个配子囊接合而成。首先，两个化学诱发，各自向对方伸出极短的特殊菌丝，称为接合子梗 (zyophore)。性质协调的两个接合子梗成对地相互吸引，并在它们的顶部融合形成融合膜。两个接合子梗的顶端膨大，形成原配子囊。而后，在靠近每个配子囊的顶端形成一个隔膜--配子囊隔膜，使二者都分隔成两个细胞，即一个顶生的配子囊柄细胞，随后融合膜消解，两个配子囊发生质配，最后核配。由两个配子囊融合而成的细胞，起初叫原接合配子囊。原接合配子囊再膨大发育成厚而多层的壁，变成颜色很深、体积较大的接合孢子囊，在它的内部产生一个接合孢子。应该强调的是，接合孢子囊和接合孢子在结构上是不相同的。接合孢子经过一定的休眠期，在适宜的环境条件下，萌发成新的菌丝。

真菌界,担子菌门的有性孢子。由担子经核配、减数分裂形成的单倍体细胞。生长在担子的前端，有小梗与担子相连。成熟的担孢子由小梗弹射散出，萌发后形成初级菌丝。

在蕈菌的发育过程中，其菌丝的分化可明显地分成5个阶段：①形成一级菌丝：担孢子萌发，形成由许多单核细胞构成的菌丝，称一级菌丝；②形成二级菌丝：不同性别的一级菌丝发生接合后，通过质配形成了由双核细胞构成的二级菌丝，它通过独特的“锁状联合”(lamp connection)，即成喙状突起而连合两个细胞的方式不断使双核细胞分裂，从而使菌丝尖端不断向前延伸；③形成三级菌丝：到条件合适时，大量的二级菌丝分化为多种菌丝束，即为三级菌丝；④形成子实体：菌丝束在适宜条件下会形成菌蕾，然后再分化、膨大成大型子实体；⑤产生担孢子：子实体成熟后，双核菌丝的顶端膨大，其中的两个核融合成一个新核，此过程称为核配，新核经两次分裂（其中有一次为减数分裂），产生四个单倍体子核，最后在担子细胞的顶端形成4个独特的有性孢子，即为担孢子。