菌丝（hypha），即单条管状细丝，为大多数真菌的结构单位。它是由孢子萌发成芽管，再由芽管不断生长成丝状或管状的菌体，可以不断地延伸和分枝，有隔膜或无隔膜两种。有隔膜的菌丝称为有隔菌丝，无隔膜的菌丝称为无隔菌丝。一些原核生物也有菌丝，如放线菌。

以蕈菌为例。

蕈菌的菌丝有横隔膜，将其隔成单核、双核或多核的多细胞构造。细胞横隔膜上有小孔，直径约0.1～0.2μm。细胞的结构是由细胞壁、细胞质膜、细胞核、线粒体、内质网、液泡、油滴、糖原等组成的菌丝细胞。

菌丝细胞是真菌的基本组成单位，圆筒状，一般直径2～4μm，长3～10μm。凡菌丝细胞只有一个核的称单核菌丝细胞，两个核的称双核菌丝细胞，含多核的称多核菌丝细胞。绝大多数蕈菌的菌丝，一般为双核菌丝细胞。蕈菌菌丝细胞壁一般是由几丁质的纤维组成，因其组别不同，几丁质的成分也不同。如子囊菌门的羊肚菌马鞍菌细胞壁几丁质的主要成分是D-半乳糖。担子菌门的蘑菇，香菇等几丁质的成分主要是岩藻糖。此外，还有氨基糖、蛋白质、甘露糖和葡萄糖等。

不论是子囊菌还是担子菌，它们菌丝的横膈膜，在电镜下观察均有小孔，相邻细胞发生细胞质的流通，进行物质、能量及信息的交换。

菌丝生长点位于菌丝的顶端，呈钝圆锥形，每个分支的顶端都具有生长点。生长点内主要含有浓度很高的原生质和囊泡，有隔真菌生长时，靠近菌丝顶部还有一个易被染色的小体，称为顶体。

菌丝为顶端生长，但其各部分均有潜在的生长能力，任何一段微小的碎片段都能产生一个新的生长点并发展成新的个体。它在基质上或基质内向各方分枝延伸吸取养料，所以在培养基上往往形成圆形的菌落。

菌丝生长的长度是无限的，但粗细(直径)是有限的，一般粗细为5~6μm，直径最小的不到0.5μm，比较大的是10~20μm，最大的可以超过100μm。一种菌的菌丝粗细一般是一致的，也有一端粗一端细，或者粗细极不均匀的。一般菌丝的原生质是无色透明的，所以食用菌的菌丝是无色的;有的菌丝幼龄时是无色的，老龄后常呈现各种颜色，如黄色、灰色、紫色、红色、褐色等。

菌丝生长点中的囊泡在菌丝生长中起着重要的作用。囊泡含有丰富的多糖、几丁质合成酶、细胞壁溶解酶、酸性磷酸酯酶、碱性磷酸酯酶，还含有几丁质前体，这些都是菌丝细胞膜与细胞壁分解与合成所需要的酶和组成物质。菌丝的顶端生长就是伴随着这些囊泡中的物质一水解酶，使顶端细胞膜和细胞壁不断分解，在前体等物质参与下和酶的作用下又不断合成的过程。

有实验证明，顶体可能以某种方式调节菌丝的生长。将正在生长的菌丝顶端暴露在强光下，在很短的时间内，可发现顶体从顶部向基部运动，如继续光照，顶体则完全消失，即使还存在囊泡，但菌丝生长已停止。避光后，顶体则再次出现，菌丝生长也重新开始。另外还发现，顶体位置的改变，往往发生在菌丝生长方向的改变之前，提示顶体可能对菌丝的生长方向起一定的调节作用。

真菌的菌丝一般分为两类：一种是无隔菌丝，另一种是有隔菌丝。

无隔菌丝

即管状细丝无横隔膜，内含多个细胞生核，低等真菌的菌丝都是无隔菌丝。无隔菌丝可视为一个单细胞，具有多个细胞核，如低等真菌中的根霉、毛霉、水霉等的菌丝。

有隔菌丝

即菌丝具很多横隔壁，将其分隔成多个细胞，每个细胞中有1个、2个或多个细胞核。如青霉、曲霉、蘑菇等的菌丝。但是有隔菌丝的横隔膜在结构上还存在很多差异，如有的横隔膜为全封闭式的，有的横隔膜在中央有1个小孔，有的具多个小孔，还有的为隔膜中央的小孔边缘增厚，形成桶状，称做桶孔隔膜等。

大多数放线菌有发达的分枝菌丝。菌丝纤细，直径与细菌相似，小于1μm，主要功能是吸收营养物质，分为营养菌丝和气生菌丝。

基内菌丝

基内菌丝匍匐生长于营养基质表面或伸向基质内部，它们象植物的根一样，具有吸收水分和养分的功能。有些还能产生各种色素，把培养基染成各种美丽的颜色。

放线菌中多数种类的基内菌丝无隔膜，不断裂，如链霉菌属和小单孢菌属等；但有一类放线菌，如诺卡氏菌型放线菌的基内菌丝生长一定时间后形成横隔膜，继而断裂成球状或杆状小体。

气生菌丝

气生菌丝是基内菌丝长出培养基外并伸向空间的菌丝。在显微镜下观察时，一般气生菌丝颜色较深，比基内菌丝粗；而基内菌丝色浅、发亮。有些放线菌气生菌丝发达，有些则稀疏，还有的种类无气生菌丝。

菌丝是食用菌的营养体。