子囊孢子 （ascospore） 指产生在子囊菌子囊内的孢子。

在即将形成孢子之前，子囊内进行核融合和减数分裂，子囊中产生1-8个孢子，或为2的n次方，典型的子囊中有8个孢子。此8个孢子是在减数分裂后再通过一次有丝分裂产生，减数分裂使双倍体的细胞核分裂为四个单倍体的细胞核，这四个细胞核再各自有丝分裂形成八核，并为子囊中的分泌物所包覆，因此一个子囊通常有八个子囊孢子，但数目仍有例外，如冬虫夏草的子囊可有多达20-60枚子囊孢子，酵母菌的子囊通常只有1-4枚子囊孢子，块菌的子囊也通常只有四枚子囊孢子。形态一般为椭圆形，有的是针状态体或带有隔壁。在表面上可以看到纹、刺、网眼等。不同的特征，其颜色也各种各样：有的无色，有的淡黄色、淡红色、橙色、褐色及黑色等。（例如脉孢菌属、麻孢壳属、Pleurage）。孢子一般在子囊内排成一列，其中半数与其他半数各为不同的性属（例如Neurospora，Gelasinospora，Pleurage）。

子囊菌形成子囊的方式不一，最简单的是由两个营养细胞结合后直接形成子囊。例如啤酒酵母，两个单核而且是单倍体的营养细胞结合后，经质配、核配而成为一个二倍体的细胞。此细胞可进行普通的出芽生殖而产生许多细胞，然而它们都是二倍体细胞。这种二倍体细胞在一定条件下，其细胞核进行两次分裂，其中一次为减数分裂。因而变成含四个子核的细胞，此时的细胞即成为子囊，四个子核与周围的原生质各形成一个孢子，即子囊孢子。所以此菌的子囊中含四个子囊孢子。子囊破后孢子散出，又可进行出芽生殖而产生许多细胞，此时的细胞又成为单倍体细胞。高等子囊菌形成子囊的两性细胞，多半已有分化，因而形态上也有区别。雌性者称产囊器，多呈圆柱形或圆形，而且较大者，由一个或一个以上的细胞构成。其顶端有受精丝，受精丝或为长形细胞，或为丝状。雄性者称为雄器，一般都较雌性者小，或为圆柱形或为棒状。产囊器中各含有单核或多核，两性器官接触后，雄器中的细胞质和核通过受精丝进入产囊器。此时只进行质配。质配后产囊器生出许多短菌丝，称为产囊丝，成对的核进入产囊丝，而且经过几次同时分裂而形成多核。此后产囊丝中生出横隔，隔成多细胞，每个细胞含一核或二核，但顶端的细胞为双核。核配在顶端细胞内进行。核配后的细胞即为子囊细胞。子囊细胞中的二倍体核，经三次分裂，其中一次为减数分裂形成8个子核，每一子核又变成单倍体，并与周围原生质形成孢子，即子囊孢子。子囊母细胞则成为子囊。在子囊和子囊孢子发育过程中，原来的雄器与雄器下面的细胞生出许多菌丝，它们有规律的将产囊丝包围，于是形成子囊果。子囊果有三种类型：完全封闭式、多少有点封闭和开口成盘状，即子囊盘。