配子囊是一种生物结构，主要是藻类和真菌产生配子的细胞或结构。

（1）藻类和真菌产生配子的细胞或结构。其中，产生精子的称精子器或精子囊，产生卵子的称卵囊或藏卵器。（2）某些真菌有性生殖过程中，菌丝体上的一些不分化为配子、但能彼此融合形成接合孢子的多核细胞。如根霉有性生殖过程中，（+）、（-）菌丝体相遇时，各自形成一些膨大的短枝，在短枝顶端的细胞即配子囊。当（+）、（-）配子囊顶端接触时，端壁融解消失，细胞内容物（细胞质和多个细胞核）彼此融合，形成一个具有许多二倍体核的接合孢子。