藻状菌无性繁殖产生的孢子生在孢子囊内，所以称包囊孢子。孢子囊一般生在营养菌丝的顶端，或生在孢囊梗的顶端。许多真菌的孢囊梗具有分枝，而分枝的顶端也产生孢子囊。在形成孢子囊前，首先有多核的原生质密集与此处，使其膨大，并在下方生出横隔，然后其中原生质体割裂成许多小块，每块发育成一个孢囊孢子。因而数目一般相当多。

孢子囊的形状不一，因钟而异。或为长筒形，或为圆球形，或为梨形。藻状菌中许多种的孢子囊和孢子梗之间的横隔是突起的，此突起多膨大为球形、半球形或锥形，这种突起称为囊轴。

毛霉，根霉，犁头霉等，其孢子囊中都有囊轴。某些种类孢子囊中无囊轴，而且仅含有少数孢囊孢子，这种没有囊轴的孢子称为小型孢子囊。

就囊孢子而言，一般有两种类型。一种具有一个或二个鞭毛，又称游动孢子。另一种类型，其孢子无鞭毛，又名静止孢子，毛霉目中各种菌的孢囊孢子即属此例。游动孢子呈圆球形、洋梨形或肾形，成熟后从孢子囊特生的管或孔口放出，或孢子囊壁破裂而放出。没有鞭毛的孢囊孢子其形状、大小各式各样，但多半是孢子囊成熟后，因壁破碎而放出。许多真菌的孢子囊在成熟后遇水即消解，因而孢子会自然释放出来。