水生真菌遍及
鞭毛菌、
接合菌、
子囊菌和
半知菌等亚门。江河、小溪中均有栖息。鼻
盘菌属、水盘菌属常生长在清凉河水中的枝条上；半知菌生长在河底的烂叶上，从流水旋涡的泡沫内和浮渣上可搜集到它们的
分生孢子。
湖泊、池塘等长年积水的静态水域，由于机械损害小，岸边富含氧气和有机物，比流动性的水体和漂浮在水面的花粉和果实有利于鞭毛菌的生长；淹没在水中的枝条有利于单毛菌、节水霉、芽枝菌和类腐霉等属的生长；在水中
香蒲的死杆、
灯心草上，常有多种子囊菌和
半知菌；在掉落湖边或浸没于湖中的
苔草、
芦苇等的叶子和秆上常有半知菌，特别是属于腔孢类的半知菌；在沉没湖底变黑的叶子上,大多是具卷旋
孢子的半知菌;在水底污泥中，常有
壶菌和半知菌。水中的基物，水层的深浅，以及水的清浊，光线，温度，氧，
酸碱度，水域的海拔高度等，都对水生真菌的分布产生影响。
水生真菌的发生既因季节而变化，又因地区而有所不同，如在日本的中沼湖中，
水霉、
水绵霉、网囊霉和丝囊霉从秋天到早春均有活动；而在
北京颐和园的
昆明湖里，绵霉和水霉基本上是长年分布，但丝囊霉和网囊霉在4～11月经常出现，而在1～3月则未发现。