日本航空公司（日语：日本航空 ，英文：Japan Airlines），简称日航、JAL ，是日本的国家航空公司，同时为寰宇一家成员之一。总部设于东京品川区，其以东京成田国际机场（国际线）及东京羽田国际机场（国内线）为基地，服务全球229个航点。原为日本规模最大的航空公司，在2010年1月申请破产保护后被全日空超越，但仍拥有日本各航空业者中最多的国际线航点及搭乘人次。

第二次世界大战日本战败后，日本政府意识到有需要开设一间可靠的航空公司来协助日本重新增长，因此，日本航空株式会社于1951年8月成立。同年10月25日，日航使用3架西北航空的马丁2-0-2（英语：Martin2-0-2）飞机及西北航空职员开始服务东京至数个国内城市的航线。

1953年8月1日，日本国会通过“日本航空株式会社法”，成立新的国有航空公司日本航空（Japan Airlines），并承继之前的所有资产。日航的第一架飞机是从菲律宾航空租赁的道格拉斯DC-3，名为“Kinsei”。1950年代，日航共使用Martin2-0-2、道格拉斯DC-3、道格拉斯DC-4、道格拉斯DC-6及道格拉斯DC-7。

1954年2月2日，日航开办第一条国际航线，来往东京及旧金山。使用道格拉斯DC-6B飞行，中途停威克岛及檀香山，单程机票价格为USD650，每两周一班，航班号码为001。翌年香港和台北同时成为了日航首个亚洲地区航点。1960年接收了首架喷射机道格拉斯DC-8。不久，日航就开办了多条国际航线。

1972年，在“45/47体制”下，日本政府颁布了所谓的“航空法”，日航获准以国家航空公司的名义开办国际航线，并被委派开办国内支线与全日本空输竞争。在这年代，日航航线不断增加，因而购买了波音747、波音727及道格拉斯DC-10以应付需求。日航第一架波音747于1970年4月22日交付，同年7月1日投放檀香山航线。自1984年起，日本航空是全球拥有波音747客机最多的航空公司。1970年代，日航开始增加推销活动，如大量制造飞机模型及其他促销品。日航亦购买了新的波音767并将旧DC-8及波音727退役。

在1965年之前，日航超过一半的收入都是来自往美国的航线，因此日航向美国加强游说给予往东岸的跨大西洋航线的航权。1978年开办经安克雷奇往巴西圣保罗及里约热内卢的航班，在1980年代中途站改为洛杉矶，之后再改为纽约肯尼迪国际机场。

1970年代末，日本开始考虑取消管制规定，随后在1985年，日本政府宣布取消“45/47体制”。

1987年，日本政府将该公司售出，使日本航空公司再次成为个人私有的公司。政府持有34%的股份。日本另外两间航空公司：全日空及日本佳速航空获准自由开办任何航线与日航竞争。由于竞争增加，日航的公司架构亦有所转变；日航重整为三个分部：国际客运、国内客运及货运（包括邮件）服务。

1990年代初，波斯湾战争开始前，日航加派航班协助日本侨民撤离伊朗。1992年，日航开办了“日航包机”，1997年，华特迪士尼公司宣布日航为东京迪士尼乐园的指定航空公司。同年，日本航空快运成立，主要使用波音737客机。1990年代，美国及英国经济衰退，使日航遭遇经济困难。

自1986年，日航每年一直有盈利，直到1992年开始亏损。日航开始实行节流措施，包括设立廉价航空公司日本航空快运及将度假游客转往日线航空（前身“日航包机”）。这些措施使日航于1999年转亏为盈。

1990年代，日航订购更多波音777客机翻新机队。日航是波音777“WorkingTogether”开发计划八位成员之一，为设计提供建议

2001年，日航及日本佳速航空同意合并。2002年成立了新的控股公司“日本航空系统”（日语：日本航空システム，英语：Japan Airlines System，又译为日本航空系统、日本系统航空，其前身是东亚国内航空），组成了日航集团新的核心。飞机涂装亦被更改以配合新日航集团的设计。合并完成后随即更换公司的标志，名为The Arc of the Sun（太阳のアーク）。从2004年4月1日起，以乘客量来计，日航当时为全球第六大；以收入来计，日航当时为全球第三大。

2004年4月1日，日航改名为“日本国际航空”，日本佳速航空改名为“日本国内航空”。日本佳速航空的航班号码改为日航航班号码，涂装亦逐渐转换。在“JAL - 日本航空”的统一品牌基础上，成立了以Japan Airlines Domestic负责所有日本国内客运业务；Japan Airlines International负责所有国际客运及货运业务的航空公司

2004年6月26日，母公司“日本航空系统”更名为“日本航空株式会社”（英语：Japan Airlines Corporation）。合并后“日本国内航空”负责日航的国内航线网络，“日本国际航空”则兼负国际航线及国内支线。2006年，“日本国际航空”及“日本国内航空”合并为单一品牌“日本航空”。

2005年10月25日，日航申请加入寰宇一家航空联盟，并于2007年4月1日正式加入。现时，日航广泛地与其他寰宇一家成员实行代码共享，包括美国航空、英国航空、国泰航空、澳洲航空等。

2008年4月1日，日航将其原有子公司日本亚细亚航空并入主线日本航空。在1975年至2008年间，由于台湾的政治形势，日本亚细亚航空专门飞行日本至台湾的航线[20]。

2009年11月13日，日航2009年第二季的盈利报告和记录达1,312亿日元赤字。传出日航将会申请破产的消息，其联盟寰宇一家宣布一系列拯救行动，同时天合联盟的达美航空亦提出拯救日航的消息，令美国航空将提供日航的资金提升到14亿美元。

2010年1月19日下午，日航向东京地方裁判所申请破产保护，从而进入由日本政府主导的破产重组程序。这是日本历史上金融业外最大的破产案。2月9日，日航宣布将加强与美国航空的合作关系，并将共同申请美日航线的反垄断豁免权。日航和其旗下公司共负债2．32万亿日元（256.5亿美元），申请破产保护后，日本政府持有的企业再生支援机构（ETIC）于2010年向日航注资3500亿日圆，保持日航业务正常运营，并支持日航为期3年的大规模重组计划。

在进行经营重组后，日航自2011年4月1日起重新启用“红鹤”标志。新标志将对旧标志的“JAL”三个字母的字体进行改动，同时，机身侧面将用黑色粗体字写上日航英文名。第一架使用新标志的飞机被命名为“红鹤1号”（日语：鹤丸1号机），机型为波音767-346ER（编号JA654J），于2月28日下午首航执飞羽田—北海道钏路航线。日航旗下的飞机标志将逐步更换，全部更换估计将需要8年的时间。

2011年3月1日，日航的波音747客机正式退役。自1970年启用的波音747客机，最高峰期间（1994－2001年）曾有80架飞机在运营，后由于公司经营情况恶化、飞机油耗过大等问题而被迫退役。日航最后一班使用波音747执飞的国际航班是2月28日从成田机场飞往夏威夷火奴鲁鲁的日本航空76号班机。

2011年3月28日，东京地方裁判所结束对日本航空长达14个月的破产保护程序。同年7月，日航宣布与澳洲航空合作，组建捷星日本航空。

持有日本航空达96.5%股权的企业再生支援机构（ETIC），以每股3790日圆，出售1.75亿股股份，筹集6630亿日圆（约663亿港元），以退出在日航的投资。日航拟于2012年9月10日定价，并于19日在东京证券交易所上市。

2019年12月，日本航空公司也宣布，将在2020年4月，首次引入女性裤装制服。

2023年2月21日，日本国际博览会协会宣布，全日空和日本航空等4组共5家公司获选，成为力争在2025年大阪·关西世博会实现商用的“空中飞行汽车”运营商。

2023年10月2日，日本航空公司声明称，原计划于2023年11月底在东京-纽约航线上推出空客A350-1000飞机，但由于供应链中断影响了零部件的交付，预计将于2023年年底前开始运营。

2024年2月19日，日本航空时隔13年零4个月恢复执飞专用货机，合作方为国际物流巨头DHL的集团公司。

2024年3月19日消息，业内消息人士透露，日本航空即将决定订购约24架宽体飞机，其中包括波音787梦想飞机。3月21日，日本航空公司宣布，将从波音公司和空中客车公司购买42架新飞机，订单金额达数十亿美元，其中包括21架空客350-900、10架波音787宽体喷气机、11架空客A321neo飞机。3月22日，空中客车官方微博宣布，已获得来自两家亚洲航空公司的飞机订单。其中，日本航空宣布增购21架A350-900飞机，并承诺订购11架A321neo。7月1日，据美国CNBC报道，日本航空公司和全日空航空公司6月底共同发布了一项应对“客户骚扰”的措施，旨在防止员工因被乘客骚扰而离职。7月，日本航空与波音共同宣布，日航订购10架波音787-9型号客机，并且有权额外订购10架客机。当地时间7月23日表示，日本航空已订购20架空客A350-900和11架A321neo飞机。

2018年12月，世界品牌实验室发布《2018世界品牌500强》榜单，日本航空公司排名第464。

2020年5月13日，日本航空名列2020福布斯全球企业2000强榜第951位。

除日本航空的普通运作外，日航另拥有6间国内航空公司为日航提供接驳服务及往次要航点的短途航班：

· 日本航空快运（JAL Express, JEX）：次要城市之间的廉价航空服务

· J-AIR航空（J-AIR）：来往东京、大阪、名古屋的国内喷射机服务

· 日本空中通勤（Japan Air Commuter, JAC）：西日本的螺旋桨飞机服务

· 日本越洋航空（Japan Transocean Air, JTA）：琉球群岛的喷射机服务

· 琉球空中通勤（Ryukyu Air Commuter, RAC）：琉球群岛的的螺旋桨飞机服务

JALUX Inc.于1962年成立，是日航一间提供膳食服务的子公司，业务包括“Desky”生产小食、供应日航“BlueSky”餐厅及“JAL-DFS”商店、飞机燃料组件、机内服务及机上免税销售服务。2004年1月，JALUX与JASTrading合并以统一日航集团的物资供应。

JALCargo曾是日本航空货运服务的品牌，为WOW航空联盟成员之一。2006年在国内运载了338,443tkm货物及85,519tkm邮件；国际运载了4,541,293tkm货物及161,690tkm邮件。日航货运已于2010年10月终止服务，所有货机亦已离开日航机队，货物改由客机负责运载。

日本航空公司业务与产品包括：预定航班运输服务、非预定运输服务、飞机维修服务以及其他有关空运和飞机维护的业务。日本航空公司的宗旨是：作为有综合实力的航空集团将广大旅客、不同的文化和人们的心联系在一起，为日本和世界的和平与繁荣做出贡献。2007年日本航空公司加入1999年2月1日正式成立的国际性航空公司联盟——寰宇一家（oneworld）。

日本航空公司的母公司日航集团内还包括有Japan Transocean Airways、JAL Express、J-Air、Ryukyu Air Commuter和Japan Air Commuter等航空公司。是拥有全日本最庞大航运网络的航空集团公司。

日本航空自1951年开始运营以来，作为日本代表性的航空企业长期从事着国际和国内航线的运营。日航的航线遍布世界各地。航线网络延伸至亚洲、欧洲、北美洲以及巴西、澳大利亚、关岛。日本航空公司连同其附属的日本航空快捷（JAL Express）、J-Air、日本越洋航空（Japan Transocean Air，JTA），国内航班每天超过一千班次；国际航班每周超过一千七百班次。

日本是一个航空客运业比较发达的国家，拥有大小航空公司数十家，竞争也十分激烈。各航空公司都重视服务，形成了一整套以乘客为中心的服务体系。但航班延迟、取消而导致乘客滞留的情况也时有发生。日本各航空公司在处置这类问题时，体现的是为乘客着想的服务理念。

一旦出现特殊情况，日本各航空公司首先及时、准确地发布相关信息。无论什么原因，航班不能按时起飞或降落到目的地，航空公司都会在最短的时间内通过各自的网站和售票网点发布信息，使乘客能够迅速而又准确地掌握各自需要的信息，及时调整行程。

依照日本国内法律和国际惯例，日本航空公司事先会发布一旦出现航班延误或取消等特殊情况时，航空公司和乘客各自所应承担的责任和费用。乘客通过互联网或在售票点购票时就会了解到相关规定。发生这种情况时，航空公司会严格按照承诺为乘客提供满意的服务。乘客一般也会按自己的情况分别作出选择，因此双方很少发生争执。

在气候和非航空公司管理所及等不可预测的客观原因导致飞机不能起降和乘客长时间滞留时，航空公司会在第一时间内向乘客发布准确的信息，并按照乘客的要求帮助安排住宿，但住宿费用由乘客自己承担。在安排好住宿前，该公司免费提供饮食。如果是由于航班调度和飞机机械故障等航空公司本身的原因而发生上述情况时，则由航空公司承担乘客的全部食宿费用。

无论是正常情况下还是遭遇特殊情况，在乘客要求更改航班或退票时，日本的航空公司都能从乘客的利益着想来解决问题。

此外，在对航班发生延误、变更、取消等情况的处理上，日本的航空公司都能与机场方面通力合作，各司其职，各负其责，尽最大可能满足乘客的要求。

1974年率先开办通往中国大陆的航线。中日恢复邦交正常化两周年后的1974年9月29日，在日本开通了连接日本和中国的定期航线。而后30多年来一直在中日两国之间发挥着人员和货物往来，以及经济文化交流的空中桥梁作用。日航在两国之间拥有庞大的航线网络。地处北京的北京新世纪日航饭店是日航国际酒店的成员之一。2008年日本航空公司与中国民航安全学院开展合作项目。日本航空公司与中国东方航空公司、海南航空公司展开航线联营合作。截至2008年，通航飞往中国的21条航线，每周飞行270余个航班。截止2012年，日本航空公司运营的定期航班飞往中国的北京、天津、大连、上海、广州、香港、台湾等主要城市和地区。

注：以上航班信息截止 2014年11月底

除寰宇一家其他成员外，日本航空亦与以下航空公司实行代码共享：

（截至2024年3月31日）

社长：鸟取三津子

会长：赤坂祐二

· 三原山空难：1952年4月9日，一架马丁(现洛克希德马丁公司)双发螺旋桨客机由羽田机场起飞，经由名古屋、伊丹飞往福冈，在伊豆大岛的三原山坠毁。机上37人全数遇难。

· 日本航空350号班机：1982年2月9日，日本航空一架麦道DC-8，由福冈飞往东京的客机，在东京羽田机场降落时坠毁，机上载有166名乘客及8名机员，其中24名乘客遇难。

日本航空123号班机空难事件发生于1985年8月12日，班机是波音747-100SR，飞机编号JA8119，雷达编号JAL123，搭载509名乘客及15名机组员，从日本东京的羽田机场，预定飞往大阪伊丹机场。飞机因维修不当造成飞行时尾部压力罩破裂发生爆炸性减压并失去液压操纵，飞机在群马县御巢鹰山区附近的高天原山坠毁，520人遇难，此次空难事件是世界上涉及到单一架次飞机的空难中，死伤最惨重的事故。这起空难也称“大阪空难”。在日本也它被叫做“日航机坠落事故”或“日航巨无霸机坠落事故”（日航ジャンボ机坠落事故）。

此次空难被国家地理频道制播为《重返危机现场》的“Terrified Over Tokyo”，探索频道以部分形式制播为《空难事件簿》的“Maintenance Failure”。另外也收录于国家地理频道和探索频道均有播放的《空中浩劫》第三季第二集“Out of Control”。

日本航空触地复飞：2015年4月5日，当地时间大约11时，发自东京羽田机场的日航455航班客机在德岛机场上空下降，放下起落架准备着陆。即将落地时，飞行员突然发现跑道上有一辆汽车，正在飞机前方同向行驶，从而立即紧急拉升飞机复飞。

1952年，日本航空一架租自西北航空的Martin 2-0-2（注册编号：N93043）从东京往福冈，在三原山坠毁，机上37人全部罹难。

1968年11月22日，日本航空2号班机，一架道格拉斯DC-8（注册编号：JA8032）从东京往旧金山，在大雾及其他因素影响下，航机错误降落在距离跑道2.5英里（4.0千米）旧金山湾水面上，无人受伤。

1970年3月31日，日本航空351号班机一架波音727-100（注册编号：JA8315）从东京往福冈，被九名日本赤军成员骑劫，四日后全机乘客及机组人员于福冈机场及金浦机场被安全释放，劫匪最后成功流亡北朝鲜平壤。

1972年6月14日，日本航空471号班机：一架道格拉斯DC-8（注册编号：JA8012）从曼谷往德里，在亚穆纳河边坠毁，机上87人中之82人罹难，包括10名机员及72名乘客。

1972年11月28日，日本航空446号班机，一架道格拉斯DC-8（注册编号：JA8040）从哥本哈根经莫斯科往东京，在谢列梅捷沃国际机场起飞时失速坠毁，机上76人中62人遇难。

1973年7月23日，日本航空404号班机劫持事件：一架波音747-246B（注册编号：JA8109）从阿姆斯特丹经安克雷奇飞往东京，被日本赤军和解放巴勒斯坦人民阵线成员劫持至班加西，机上人员被释放后，飞机被炸毁。

1975年12月16日，日本航空422号班机为一架波音747-246B（注册编号：JA8122）从巴黎经伦敦、安克雷奇飞往东京，在泰德·史蒂文斯安克雷奇国际机场因滑行道结冰而滑出滑行道并撞上路堤，造成机身损坏，2人重伤，9人轻伤。

1977年1月13日，日本航空1054号班机为一架道格拉斯DC-8货机（注册编号：JA8054）从安克雷奇往东京，在安克雷奇起飞不久后坠毁，机上5人及56头牛全部罹难，事后发现机长体内酒精含量超标。

1977年9月27日，日本航空715号班机空难：一架道格拉斯DC-8（注册编号：JA8051）从香港往吉隆坡，准备降落吉隆坡国际机场时撞山坠毁，机上79人中之34人罹难，包括8名机员及26名乘客。

1977年9月28日，日本航空472号班机，一架道格拉斯DC-8从巴黎经孟买往东京，被日本赤军骑劫。

1978年6月2日，一架波音747-146SR，执行从羽田飞往伊丹的JAL115航班（编号JA8119），在大阪国际机场着陆时角度过大导致机体尾部触地（日本航空115号班机事故）。

1982年2月9日，日本航空350号班机，一架道格拉斯DC-8（编号JA8061）由福冈飞往东京，机长蓄意将飞机撞毁，24人遇难。

1982年8月19日，从羽田机场飞往千岁机场的波音747-146SR（编号JA8119）。降落时，由于视野不良导致飞行员判断错误，从跑道右侧滑出，第四台引擎擦地，触地复飞。在视野不良的情况下，机长仍然允许副机长操作着陆，这是违反当时日航规定的。

1982年9月17日，日本航空792号班机，一架道格拉斯DC-8（注册编号：JA8048）从上海虹桥往东京，在虹桥国际机场起飞后9分钟出现了多个机件发出的警告，机员决定折返虹桥国际机场紧急降落，航机高速降落在36跑道并冲出跑道直到排水渠附近才停下。

1991年7月21日，日本航空009号班机为一架载有278人从芝加哥飞往东京的波音747-246B（注册编号JA8162），在奥黑尔机场西北约600公里的31000英尺高度（FL310）遭遇湍流，导致1名空中乘务员受伤。

1991年10月2日，日本航空10号班机（东京-芝加哥）为一架波音747-246B（编号JA8161），在东京一带发生进气管爆裂，机身裂开一个长1米，宽0.7米的洞，飞机放油后返航成田机场，于1992年3月修复。

1997年6月8日，日本航空706号班机为一架麦道MD-11（注册编号JA8580），由香港飞往名古屋，在志摩半岛上空因机师失误而急速下降，造成15人受伤，其中1人于事发20个月后伤重不治。

2001年1月31日，日本航空907号班机一架波音747-400D（注册编号：JA8904）从东京往冲绳及日本航空958号班机一架道格拉斯DC-10（注册编号：JA8546）从釜山往东京，在骏河湾发生空中接近事件，两机在最后一刻作出回避动作，避免了相撞，907号班机上100人受伤，958号班机上无人受伤。该事件被称作骏河湾空中接近事件。

日本航空公司2013年6月19日在东京召开股东大会，关于波音787停飞导致公司收益累计减少约39亿日元（约合人民币2.5亿元），日航表示已开始同美国波音公司进行索赔谈判。

据报道，其间机票等收入减少65亿日元。与此同时，维护保养费等开支也减少了约26亿日元，日航最终因此损失约39亿日元。

日航在股东大会上强调，已确认波音787电池的安全性，复飞将万无一失。

日航寻求“重生”须改革

以收益计亚洲最大的航空公司——日本航空公司及其两个子公司19日申请破产保护。破产重组，谋求的是“浴火重生”。能否如愿，则取决于日航能否准确把握经济和市场大势，据此进行深刻改革。 日航的衰落令人深思。它曾是日本航空业的旗舰，是日本战后经济迅速发展的一个象征。早稻田大学金融学教授征雄野口曾说：“当年我在美国留学时，当我在机场看到日本航空公司的飞机，我有一种很好的感觉。它是我们日本人的骄傲。” 然而，大有大的难处，其中暗含“下行”风险。高企的油价使日航众多相对旧、大、能效低的飞机“飞行”困难，金融危机中乘客减少又是一击。在内部，这家企业战后数十年迅速扩张，但上世纪80年代日本资产和股票泡沫破裂时，在外国度假地、酒店业的风险投资却给公司带来损害；它在担负不断增加的养老、工资开支同时，还经营着并不盈利但却有“政治需要”的国内航线网络，日航和旗下公司负债总额名列日本第四大。 特别引人注目的是，由于特殊地位和荣誉“光环”等多方面原因，日航受到过去执政的自民党政府的“眷顾”，多次得到援助。这虽然避免“短痛”，却错失结构调整、实现改革的良机。 日航寻求“重生”，就是要从衰落缘由中找到未来改革道路。在一个能源紧缺的总体环境中，必须提高能效；在市场激烈竞争的时代，必须提高公司运作、运营效率才可能取胜。日航重组计划中包括用较小客机取代大飞机、裁员、裁航线等，都是因应形势之举。改革能否贯彻并随着变化而调整、深化，是日航面对的重要考验。 产业升级、结构调整是企业发展、取胜的重要路径。更“瘦”、更“聪明”、摆脱不能承受其重的债务，是日航应对危机的目标，而这种形势催人的势态也给众多企业带来深思。

2011年2月28日正在进行经营重组的日本航空公司在东京羽田国际机场展示了尾翼涂有红鹤标志的“红鹤”1号飞机，该标志曾在2008年一度退出历史舞台。日航计划从主要交易银行获得新贷款后于3月底脱离破产保护程序，将时隔3年重新亮相的“红鹤”标志作为“重生的象征”。 　“红鹤”1号为美国波音767新款客机，首航定于28日下午执飞羽田——北海道钏路航线。定期航班计划从3月2日起执飞羽田——北京航线，主要负责日本与亚洲其他地区的国际航线。

由日本福冈飞往东京羽田机场的日本航空公司304次航班(波音777-200型)，在日本大分县上空飞行时，右引擎曾报告故障警告。

因警告原因，该航班随后停止了右引擎的运转并返回福冈机场， 约在8点20分时紧急迫降。包括机组人员、乘客在内的250人均没有受伤。

据日本国土交通省福冈机场事务所透露，为配合紧急迫降 ，机场跑道封锁了12分钟。另外，据日本航空公司介绍 ，引擎的油压系统有漏油情况，具体事故原因还在调查中。

当地时间2024年5月23日，据日本广播协会电视台报道，日本航空公司发布消息，早上7点半左右，一架搭载328人准备飞往新千岁机场的日航客机与另一架日航客机在羽田机场停机坪发生机翼碰撞事故，所幸没有造成人员受伤。

日本航空公司达到国际一流水准的航空公司，拥有现代科技、发射交互式网络系统，引进了电子票务，并在很多机场安装了便捷的自助式检票系统。

这些都是努力让日本航空公司的飞行变得便捷、有效和专业。在舒适旅行方面，日本航空公司的商务舱有着荣获奖章的170度倾斜式座椅。同时他们还投资3千万美元用于添加最先进的机舱娱乐设施，以能给旅行带来更多的享受体验。

尽管日本航空公司是现代科技的缩影，但是却从未忘记两个最根本的财富来源：周到的服务和传统的美德。

在官网的注册会员信息、意见与投诉等相关页面，存在将中国香港地区、中国澳门地区、中国台湾地区与中国大陆并列显示在“国家”、“国籍”栏目的现象。

中国民航局网站1月12日声明称，将要求运营至中国航线的所有外国航空公司立即对企业网站及APP等客户端信息进行全面排查，严格遵守中国法律法规，杜绝同类事件发生。

2023年9月，根据日本国土交通省发布的信息，日航一架从东京羽田机场出发、执飞日本国内航班的客机，在当天首次起飞前的检查中，未经相关负责人确认就起飞，违反了操作规定。尽管这名负责人很快就发现了这一问题并报告给上司，但上司决定，在这架飞机结束当天所有4趟执飞任务后再进行检查。更严重的是，上司还要求现场工作人员在内部系统中删除这一违规操作记录，书面记录也被藏到了个人储物柜中。

2023年12月22日，针对日本航空公司旗下一家从事飞机维护保养业务的全资子公司存在违规操作行为，日本国土交通省要求该公司进行整改。原因是该公司在维护业务中存在违规操作，属于重大违规行为，要求在2024年1月16日之前拿出整改措施。

2024年1月，日航一架A350客机在羽田机场降落时与日本海上保安厅的飞机相撞起火，机上379人已全部撤离。1月4日日本航空公司公布消息称，发生于羽田机场的飞机相撞事故造成的客机机体损坏预计将有约150亿日元的损失。

2024年2月，日本航空发布声明称，旗下两家子公司有16名员工在同一考试中涉嫌作弊，在答题过程中参考教科书。公司已没收涉事人员的驾照上交当局，并停止线上考试。

日本航空表示：“我们认为这种行为违反了合规性，是可能妨碍安全飞行运营的严重行为，我们将努力防止再次发生这种情况。我们真诚地道歉。”

2024年12月26日，日本航空公司通报，该公司航班行李登记系统当天遭遇网络攻击，导致至少24个班次的国内航班出现延误，时长最多达1小时。日航一度暂停销售当天航班机票，晚些时候宣布系统和售票已恢复正常。日航表示，此次网络攻击未造成用户数据泄露。