贞元十三年（797年），郑余庆改任
工部侍郎，并主持
吏部选官事务。当时，朝廷命
御史中丞宇文邈、
刑部侍郎张彧、
大理寺卿郑云逵组成
三司会审，与
功德使判官诸葛述一同审理已被判令还俗的僧人出家案。朝臣都认为诸葛述只是一介小吏，不应与大臣一同审案。郑余庆上疏辩说，得到一致称赞。
贞元十四年（798年），郑余庆升任中书
侍郎、
同中书门下平章事，成为宰相。他与
度支使于䪹交好，对于䪹所奏之事皆表赞同，但于䪹不久却因罪被贬。
唐德宗又打算将赈灾的物资发给
禁军，却被
中书省的官吏将消息泄露。郑余庆因此遭到追究，被贬为
郴州司马。
永贞元年（805年），
唐顺宗继位，征拜郑余庆为
尚书左丞。同年八月，
唐宪宗继位，又擢升郑余庆为同平章事。当时，中书主书
滑涣与内官典枢密
刘光琦互相勾结，狼狈为奸。宰相
杜佑、
郑絪都对他们加以姑息，但郑余庆却在议事时当众斥责滑涣。
元和元年（806年），郑余庆被免去宰相之职，贬为太子
宾客。八月，滑涣贪赃事发，被赐死。唐宪宗听闻郑余庆斥责滑涣之事，对他非常敬重，改任他为国子祭酒，后拜
河南尹。
郑余庆两次拜相，罢免均非大过，其清廉节俭深为时人所称道。他先后在中央和地方任职，更是德高望重，评议朝政得失，所言必定成为准则。元和三年（808年），郑余庆代理
兵部尚书之职，并兼任东都
留守。
元和六年（811年），郑余庆被正式
任命为兵部尚书，并为病逝的太子
李宁撰写《惠昭太子
哀册》。后来，医工崔环由淮南小将被擢升为黄州司马。郑余庆认为诸道散将不能无故便被授为五品正员官，而且当时并无缺职，遂将敕令封还，因此被改任为太子
少傅（虚职），并兼任
太常寺卿。
元和十二年（817年），唐宪宗加授郑余庆为太子
少师。此时，郑余庆已年过七旬。他认为自己已到致仕年纪，便上表朝廷，请求退休，却被唐宪宗驳回。
元和十三年（818年），郑余庆改任尚书
左仆射，并因谙熟典章，被任命为详定使。他引
韩愈、
李程为副使，
崔郾、陈佩、
杨嗣复、
庾敬休为
判官，对朝廷仪制、吉凶五礼加以修定。不久，郑余庆改任凤翔尹、凤翔
陇右节度使。
元和十四年（819年），郑余庆兼任太子少师、检校司空，赐爵荥阳
郡公，并充任国子祭酒。他见
太学荒废日久、
生员欠缺，便上奏朝廷，请求以文官俸禄修缮两京
国子监。
元和十五年（820年），唐宪宗暴死后，
唐穆宗继位。郑余庆因曾任唐穆宗的
东宫属官，得以进位检校司徒，深受荣宠。同年十一月，郑余庆病逝，终年七十五岁，追赠太保、谥号为贞。
郑余庆通晓《
六经》，奏对之时多引用古语。夏绥留后
杨惠琳不听朝廷诏令，宰臣多主张用兵。郑余庆也上表皇帝，并引用“仰给县官”、“介马万蹄”等词汇，百官都不晓其意。时论认为他虽博雅好古，但却不合时宜。
郑余庆为人清廉俭朴，品德高尚。一日，他忽然宴请亲近的官员。大家都感到很奇怪，但还是早早的就赶来了。一直等到红日高照，郑余庆才出来见客，并对仆人道：“去告诉厨师，要蒸烂去毛，别把脖子折断了。”客人们都认为一定是清蒸鹅鸭一类，但到吃饭时才发现，每人面前只有一碗米饭、一枚蒸熟的葫芦，并配以鲜美的酱醋。但郑余庆吃的香甜，客人只得勉强下咽。后人便用“
烂蒸葫芦”表示饭食粗劣，也比喻生活俭朴。
刘昫：⑴余庆再为相，罢免皆非大过，尤以清俭为时所称。洎中外践更，郁为耆德，朝廷得失，言成准的。⑵余庆砥名砺行，不失儒者之道；清俭率素，终始不渝。四朝居将相之任，出入垂五十年，禄赐所得，分给亲党，其家颇类寒素。专欲振起
儒教，后生谒见者，率以
经学讽之。而周其所急，理家理身，极其俭薄。及修官政，则喜开广。镇岐下一岁，戎事可观。又创立
儒宫以来，学者虽行己可学，而往往近于沽激，故当时议者不全德许之。⑶郑贞公博雅好古，一代儒宗。文忠致君，无忝乃祖，衣冠之盛，近代罕俦。
《
全唐诗》收录有其诗二首：《和黄门相公诏还题石门洞》、《享太庙乐章》。
《
全唐文》收录有其文四篇：《请抽京外官俸料修孔子庙堂奏》、《请定五六品官祭服奏》、《左仆射
贾耽神道碑》、《祭杜佑太保文》。
郑余庆出身
荥阳郑氏北祖第二房，
荥阳郑氏北祖为唐代荥阳郑氏定著二房之一。
荥阳郑氏东汉以来家世非常显赫，北魏时期为“五姓”之一，世代冠冕不绝，人物辈出，在唐代引起统治者的隐忧。唐显庆四年（659年），
唐高宗下禁婚诏，禁止包括荥阳郑温三子（北祖、中祖、南祖）后裔在内的“
七姓十家”之间互相通婚。唐神龙中，朝廷再次申明显庆四年旧诏，继续禁令“
七姓十家”之间互相通婚。然而禁婚诏不但没有起到削弱他们的作用，反而扩大了他们的影响力，“往往反自称‘禁婚家’，益增厚价。”而且禁婚诏的执行力度并不理想，
荥阳郑氏的通婚圈子仍然以崔、卢、李、王四姓高门为主，从而依旧在唐朝、五代保持了兴盛繁荣的局面。