初为诸生，著文艺，弘光时由功贡授新宁知县（一说由进士），县城被兵掠后恢复生产有功，迁宝庆推官，迁户部主事。

永历元（1647）年升为四川道御史。是时，司礼监王坤恣横，廷臣恶之。刘承胤赴广西迎驾，刘湘客要诸御史与承胤盟，令逐王坤；承胤既见昭宗，即面叱王坤于上舟，锁之去。昭宗不得已，诏安置永州。可藻闻之，谓其同僚刘鼒曰：诸君误矣！王坤有罪，朝廷不能劾治，而假手承胤。承胤之暴，方欲立威胁众，而诸君倒持太阿以授之。一旦威权震主，目无廷臣，王莽、曹操之恶，谁复禁御？鼒默然。

不久刘承胤奉昭宗入奉天，势焰日盛，群臣交章颂功德。可藻自为武冈属令，即不为承胤屈；至是，畏其势，欲出避之，乃以可藻巡按广西。驰入桂林，清兵方来攻；而承胤所遣援兵与焦琏兵格斗，大掠去。清兵退而复至，可藻佐留守瞿式耜竭力守御。焦琏时在灵川，闻桂城急，驰还，先遣家属入城。守兵喜曰：琏胸有成算，敌不难退也。琏亦见督、巡之协心，曰：文官如此，我能灭此朝食也。清兵果败去。琏复进阳朔，不克。可藻曰：粤人梗化，固其俗然。且创残之余，易动难驯，不如先遣使抚慰。薙发难民，皆我赤子，兵至勿恐。乃命监军道朱履祥先行，治道招安。由是，东道渐通，与留守同誓师遣焦琏兵大举东伐。

十一月，升可藻为右佥都御史，巡抚广西。兵部侍郎萧琦以可藻资尚浅；昭宗不听。萧琦之监军郝永忠也，谄媚无不至；可藻素薄其为人，故萧琦阻之。会可藻丁外艰，具疏辞；何腾蛟请夺情。

未几，梧州复陷，昭宗入桂林，瞿式耜令可藻速视事。可藻乃遣标将袁启、泌昭平、徐进、陈上德、吴奇勋扼马江龙门，陈惟学、朱方明防贺县，而自率兵移镇平乐。奏请裁阳朔监军道；又请以铨选悉还部，部禁督按一切题委。昭宗皆从之。

永历二（1648）年三月，可藻以标镇兵复梧州。当时，李成栋以广东反正归明，梧镇道杨有光、陈轼亦来归。总兵罗全赋方与清兵战于府江，报至，人皆疑其诈；可藻曰：成栋既归，其下自瓦解，有何疑也！因疾，携家入梧州。是时，兵将未有所属，汹汹思乱，百姓空城走。可藻树旗帜鼓吹入城，兵民夹道欢呼，去者复还。可藻开仓廪，账饥民，招徕商旅，民情大安；遣官修理兴陵。奏至行在，昭宗大喜。方以郝永忠之犯，已去桂林，将入南宁，因谒兴陵，召见可藻慰劳之，赐银牌十面、代宴银二十两，将吏皆赏赉有差。可藻求终制，不许；太后亦慰留之。寻加兵部右侍郎兼右副都御史，令缮兵代成栋。

永历三（1649）年十一月，昭宗命可藻兼理江、淮、楚、粤。先时，可藻遣和州人厉文庆渡江，侦南北情势；及还，召见，赐酒食，给路费三十两。督师堵胤锡闻之，因请令可藻总督浙直，会兵出楚。

永历四（1650）年正月，可藻率师下梧州；曹志建遣其将刘成玉、张国泰截诸江，夺其马匹，资装殆尽。可藻初莅平乐，严禁曹志建兵，令不得剽掠；志建怒，请可藻莅其营观军，可藻拒不往。至是，闻其将去，故纵兵劫之，杀其中军赵玉。昭宗幸梧州，可藻入见，以其被劫也，叹息而已，不能治志建罪也；赐可藻银章曰「定粤图南」及纻丝银爵。夏四月，清军攻破龙虎关，掠妇女辎重无算；曹志建以数骑逃，马蹶伤足，失其伯印。梧州传平乐已陷，昭宗将移跸。可藻夜草奏，力阻勿他幸；乃止。河干汹汹，理楫声达数里。佥都御史余文（火晋）遣人侦可藻，曰：方对客饮酒。余文（火晋）曰：是可无虞；鲁司马熟谙西事，彼从容燕饮，余人可高枕也。自是，闻西事，内监及诸司必觇可藻为缓急云。

十一月广州失陷，桂林随陷；留守的瞿式耜牺牲。

永历五（1651）年正月，清将马蛟麟破梧州，可藻为僧去；马蛟麟遣其中书范銮以书招之，不至。

归隐卒。

鲁可藻性慷慨，喜论列天下事。其始为御史也，疏劝帝勤圣学，谓学非从事章句也，请法祖制，日御午朝，讲官择通鉴中兴复仇事，究论得失，条奏累朝宝训可行于今者数事。内阁择用人、理兵、治饷章奏，面商可否，时时辩难。自然圣聪日开，天下事日谙习矣。帝优旨答之，然不能行也。

可藻因叹曰：此事今非惟不能行，直不暇耳。历朝内阁票拟一两言可毕；王言简重，尊严有体。今则必用四六骈语，题叙则每人赞其功勋、表笺则必事誉其忠悃。郡县小吏，妄言陈奏，亦必铺张扬厉，不以为烦；大僚之赞美，不必言矣。如此则阁臣批答，日不暇给，何暇措置天下事乎？

呜呼！上替下骄，法纪荡然；乃欲以笔舌邀结人心，岂有当哉！

祖制，所司开陈之、阁臣主断之、言官弹正之，大政大议，内阁无日不建白；未有置身可否之间，坐观成败。

而曰：今何时，乃复祖制，此时日曷丧之心，其罪浮于降贼者也。

可藻又尝请恤周镳、雷演祚、郑元勋诸人；部议不许，存其论可矣。

有著作《岭表纪年》

父亲

鲁一连，字逸少，岁贡，任职崇仁主簿。

南京失陷后走浙西，常循发叹曰：此种种者幸留，下见先人地下足已。

隆武二（1646）年卒。