正德九年(1514),擢右
副都御史、
湖广巡抚。诸王府所占据的山场、湖荡,皆上奏归还官府。贺璋、罗大洪降而复叛,秦金派兵讨伐平定。
郴州桂阳的
瑶族人
龚福全称王,秦金先后攻破山寨八十余,斩首二千级,生擒龚福全及其同党刘福兴等。录功,增俸一级,荫
锦衣卫世袭
百户,力辞得到批准。入为
户部右侍郎。
明世宗即位,改任
吏部右侍郎。
言官弹劾秦金没有人品评鉴定,改任
户部右侍郎,转任户部
左侍郎,署部事。
外戚邵喜请求
庄田,秦金陈述
祖制,请求
按治。明世宗饶恕了邵喜,命
都察院继续执行禁止。
中旨各宫仍置
皇庄,遣官校分督。秦金进言:“西汉盛时以
苑囿赋贫民,今奈何剥民以益上。乞勘正德间额外侵占者,悉归其主,而尽撤管庄之人。”明世宗表示赞同,于是按照他的建议执行。
嘉靖二年(1523),擢南京
礼部尚书,率诸臣上疏:“陛下
继统以来,
昭德塞违,
励精图治,动无过举,宜召天和,而
灾眚频告者,何也?《诗》曰:‘
靡不有初,
鲜克有终。’陛下登极一诏,百度咸贞,天下拭目望至治。比来多与诏违,百司罔遵,万民失仰,此诏令不能如初也。即位之初,逐
庸回,任
耆旧。比
内阁拟旨辄中改,至疏请,徒答
温语,此任贤不能如初也。即位之初,听言如流,朝请暮报。比来事涉
戚畹、
宦寺,虽九卿执奏,科道交章,皆曰‘业经有旨’。此听纳不能如初也。即位之初,凡先朝
传升、乞升等官,一切
厘革。比来恩泽过滥,封拜频烦。此慎名器不能如初也。即位之初,凡奸党巨恶俱付三法司。比来辄下镇抚。此谨国法不能如初也。即位之初,首命户部减马房粮刍之半,且令
科道官备核马数。乃因太监阎洪等言,遂寝前诏。此恤
民瘼不能如初也。即位之初,遣斥
法王、
佛子、
国师、
禅师。比来于禁地设
斋醮。此崇正道不能如初也。即位之初,精明充盛。比来圣躬弗豫,天颜未复。此啬精神不能如初也。夫初政所以清明者,政出公朝,而左右不预也;今政所以混溷者,政在左右,而外廷不知也。惟政不可一日不在朝廷,惟权不可一日移于左右。所谓政在朝廷者,非必皆独运也。股肱有托,耳目有寄,即主威重于九鼎,国势安于泰山。自古帝王制御天下,操此术而已。不则宫府之势隔而信任有所偏,妇寺之情亲而听受有所蔽。名曰总揽,而太阿之鐏实移于下矣。”章下
礼部,礼部尚书
汪俊力劝明世宗采纳,得到明世宗的批复。
不久,改任南京
兵部尚书。
孙交辞官,召为
户部尚书。明世宗欲尊生父
兴献王,秦金和廷臣伏阙力争,又与
何孟春等指出
张璁建议的过错。等到上呈圣母册的时候,秦金及
赵璜等再次不至,明世宗屡次诘问斥责。永福长公主请求
宝坻、
武清的土地,以秦金的进言削减。
抚宁、
山海关的
庄地起初赐予魏国公
徐达,徐达去世后归还官府,定国公
徐光祚请求将这些地再次赏赐给他,秦金认为不可。
给事中黄重、御史张珩等先后争论,秦金等为他们说话,才得以批准。内府诸监局军匠至数千人,
宦官梁谏请求下部采金玉珠石,秦金皆
执奏。没有采纳。奸人逯俊等请求
两淮盐引三十万,得到明世宗的同意。秦金力争不可,屡次令明世宗不满。
嘉靖六年(1527)春,以考察自陈
致仕,
驰驿给夫廪如制。归家五年后,一直都有推荐他的人,于是起任南京户部尚书,疏陈利民六事。寻召为
工部尚书,加
太子少保。明世宗与
张孚敬、
李时评论诸大臣,以秦金为贤,颇嫌其老。居数月,加
太子太保,改任南京
兵部尚书。一年以后,致仕归乡。