中国晚清主管外交事务、派出驻外国使节，并兼管通商、海防、关税、路矿、邮电、军工、同文馆、派遣留学生等事务的中央机构。初称总理各国通商事务衙门，简称总理衙门、总署或译署。咸丰十年(1860)清政府与英、法等国签订《北京条约》后，对外交涉事务增多。次年1月，恭亲王奕䜣、 大学士桂良、户部左侍郎文祥奏请在京师设立总理各国事务衙门，接管以往礼部和理藩院所执掌的对外事务。经咸丰帝批准，于同治元年二月（1862年3月）成立。

总理衙门由王大臣或军机大臣兼领，并仿军机处体例，设大臣、章京两级职官。有总理大臣、总理大臣上行走、总理大臣上学习行走、办事大臣。

初设时，奕䜣、桂良、文祥3人为大臣，此后人数略有增加，从七八人至十多人不等，其中奕䜣任职时间长达28年之久。大臣下设总办章京（满汉各两人）、帮办章京（满汉各一人）、章京（满汉各10人）、额外章京（满汉各8人）。

总理衙门的编制设置分：英国股（主办与英国、奥地利交涉事务，兼办与各国通商及各关税务等事）、法国股（主办与法国、荷兰、西班牙、巴西交涉事务，兼办管理保护民教及招工等事）、俄国股（主办与俄国、日本交涉事务，兼办陆路通商、边防疆界、外交礼仪、本衙门官员的考试任免、经费开支等事）、美国股（主办与美国、德国、秘鲁、意大利、瑞典、挪威、比利时、丹麦、葡萄牙交涉事务，兼管设埔保工等事）、海防股（主办南北洋海防，包括长江水师 、北洋海军、沿海炮台、船厂以及购置轮船、枪械、制造机器和置办电线、铁路、矿务等事务。中日甲午战争后改名日本股）、司务厅（主管收发文件、呈递折件等秘书性质的事务工作）、清档房（主管缮写文件及保管档案等工作）、电报处（主管翻译电报等工作）、银库。

此外，直属总理衙门的机构还有同文馆和海关总税务司署。

清政府设立总理衙门时，又在其下设三口通商大臣，驻天津，管理天津、牛庄（后改营口）、登州（后改烟台）三口与外通商事务。通商大臣由来1870年改为北洋通商大臣，管理直隶（约今河北）、山东、奉天三省对外通商、交涉事务，兼办海防和其他洋务。

另外，道光二十四年（1844）设立的五口通商大臣（曾驻广州、上海，管理广州、厦门、福州、宁波、上海五口对外通商、交涉事务），1861年也列于总理衙门之下，并逐渐扩大职权，增管东南沿海及长江沿岸各口岸，兼办海防和其他洋务，实际成为南洋通商大臣。

但是，北洋通商大臣、南洋通商大臣与总理衙门在业务上的关系是平行的，只是在遇到疑难问题时，可与总理衙门咨商，由总理衙门备顾问和代奏朝廷。

光绪二十六年（1900）北京被八国联军攻占，次年清政府与列强签订《辛丑条约》，并依约将总理衙门改为外务部，列为六部之首。