长江水师是清朝同治七年（公元1868年）新建立的经制水师，它是从湘军水师改建起来的。长期担负着捕盗、缉私、守卡、御侮等重要职责，维护沿江一带的稳定。长江水师的经费主要由沿江五处厘卡供给，岁饷70余万两白银。拥有旧式木质战船七百七十四只，兵一万二千余名，设长江水师提督一员统领全军。

清末水师之一。由湘军水师改编，设提督、总兵、副将、参将、游击以下各官， 惟仍守湘军之营哨建制。同治元年（1862）置提标五营；五年复置湖南岳州镇标、湖北汉阳镇标、江南瓜洲镇标各四营，江西湖口镇标五营。凡长江水师二十二营，设提督一人、总兵四人、副将五人、参将七人、游击十一人、都司四十四人、守备四十四人、千总一百六十人、把总一百九十八人、外委二百七十二人，兵丁一万一千零六十四名。其总兵及副将、参将、游击，各于收泊战船处所立汛建署，为营汛治事之地，惟不得在署常居；都司、守备各官以至兵丁，以船为家，不得陆居。提督半年驻安徽太平府衙署，半年驻湖南岳州府行署，每年于所辖五省江面巡阅。总兵座船三艘，督阵舢板二艘；副将座船二艘，督阵舢板一艘，长龙船二艘；游击座船二艘，督阵舢板一艘，长龙船一艘；都司二人，各座船一艘，长龙船一艘；守备一人，座船一艘，舢板一艘，飞划一艘；四哨千总八人，各座船一艘，舢板一艘，飞划一艘； 四哨把总九人， 各座船一艘，舢板一艘，飞划一艘；四哨外委十一人，各座船一艘，舢板一艘，飞划一艘；又外委一人，管带督阵舢板，有座船一艘。其长龙战船，每艘设舵兵一人、头兵一人、炮兵二人、浆兵十六人， 或舵兵一人、舱兵一人、头兵一人、炮兵四人、浆兵十八人，各设千斤头炮二位、七百斤边炮四位、舱炮一位；舢板船设兵十四人，八百斤头炮一位、六七百斤哨炮一位、船边五十斤转珠小炮一位。洋枪刀矛之属，各随宜分配。其疏防之责，以哨官为专汛，营官为本辖，遇有盗贼，视汛地所辖题参。凡总兵由本境总督节制， 副将、参将以下各官由本境巡抚节制，如遇各本境督抚檄调剿捕操练， 须立即奉檄前往，不得借口等待提督回文，致滋迟误；其余水师政务，各督抚须商之长江水师提督，听候主持。

长江水师提督在安徽太平府建立衙门，在湖南岳州设行署，以半年驻长江下游太平府，以半年驻长江上游的岳州。兼受两江总督、湖广总督节制。 提督下面，在岳州、汉阳、湖口、瓜州各设总兵一员，分辖各营，更拨出旧设在海口原隶江南提督的狼山镇总兵兼隶于长江水师提督标下，分辖绥海、绥通两营。

长江水师共设水师二十四营。上起岳州、荆州，下至崇明、海门，经过湖南、湖北、江西、安徽、江苏五省沿江流域，计副将营六营：荆州副将营，田家镇副将营，安庆副将营，提督中军中营副将营，江阴副将营，绥海营副将营。参将营七营：沅江参将营，牌州参将营，吴城参将营，饶州参将营，大通参将营，裕溪口参将营，金陵草鞋峡参将营。游击营十一营：陆溪口游击营，汉阳总兵中军中营游击营，岳州总兵中军中营游击营，巴河游击营，湖口总兵中军中营游击营，华阳镇游击营，芜湖游击营，瓜州总兵中军中营游击营，孟河口游击营，三江口游击营，绥通营游击营，

其营制是取绿营的规模，即仍守湘军水师旧制。故分哨立营，以副将、参将、游击担任营官，都司、守备、千总、把总、外委等担任哨官。其营制分为副将、参将、游击三级：副将营设督阵大舢板船一号，兵二十名，长龙二号，每船兵二十五名，舢板船四十号，每船兵十四名，共战船四十三号。参将营设督阵舢板船一号，兵二十名，长龙二号，每船兵二十五名，舢板船三十号，每船兵十四名，共战船三十三号。游击营设督阵舢板船一号，兵二十名，长龙二号，每船兵二十五名，舢板船二十号，每船兵十四名，共战船二十三号。（惟岳州、汉阳两营游击，虽为游击营制，而带领战船三十三号，仿参将营例，为例外）副将营共额兵六百三十名，哨官四十三员，参将营共额兵四百九十名，哨官三十三员，游击营共额兵三百五十名，哨官二十三名（稿书、书识都在外）。

早在湘军水师在镇压太平天国起义的过程中，曾国藩便萌生了将湘军水师改为长江水师的想法。咸丰十一年（1861年）湘军占领安庆的时候，清廷下谕曾国藩咨询筹设长江防守事宜。曾国藩复奏，以为江防局面宏远，事理重大，而湘军水师船只至千余号，炮为至二、三千尊，逐年积累，成此巨观，将来战事定后，利器不宜浪抛，劲旅不宜裁撤，应专设长江水师提督一员，添设额缺若干，安插此项水师，以壮江防，而绝中外窥伺。奏请将团练式的湘军水师改建为经制绿营式长江水师。清政府考虑到要维护长江一带的稳定和安置湘军立功水勇，批准了曾国藩的建议。于是以湘军水师改建为经制的长江水师

长江水师在改制之后，其官兵人数变化不大，武器装备长期没有更新，木质师船伴随其始终，前装洋枪炮、旧式鸟枪以及刀矛等冷兵器更新缓慢。长江水师自始至终几乎没有使用过近代兵轮，尽管其提督曾统领过南洋兵轮，但它们并不归长江水师使用。

长江水师主要以资历和关系为标准。从其内部选拔原湘军立功水勇为军官，招募沿江渔民为水兵，高级将官职位基本上被湘淮集团所控制，具备近代军事知识的新式人才很难进入。它固守原湘军水师训练方式和治军条例，并保留了绿营水师的一些规章。长江水师经费主要由沿江五处厘卡供给，岁饷70余万两白银，却被大量的整体人事经费占去。长江水师实质上已经成为纪念湘军水师昔日辉煌和湘军立功水勇安度余生的地方，其战斗力始终保持在旧日湘军水师的水平。

由于清廷对长江水师没有军饷调剂权，长江水师长期以来由湘淮集团所控制。朝廷历次要求对长江水师进行裁撤改革，但一直都被湘淮集团所阻挠。清政府对这支军队非常忌讳，长江水师的发展始终处于从属地位，延缓了长江水师的近代化进程。