古田家起初为
美浓国守护
土岐氏部下，永禄9年（1567年）
织田信长入主美浓后成为其家臣，重然亦成为信长手下的使番。参加了翌年信长的
上洛军，以及摄津的攻略。
永禄11年（1569年）与摄津茨木城主
中川清秀之妹阿千结婚。
天正4年（1576年），成为
山城国乙训郡上久世庄（今京都市南区）的代官。天正6年（1578年）7月在
织田信忠的
播磨神谷城攻略中立功，更在同年11月
荒木村重反叛时，成功说服义兄中川清秀倒戈至信长方。之后参加过
羽柴秀吉的播磨攻略及
明智光秀的丹波攻略、以及
武田征伐。做为一名俸禄仅3百贯的武士转战各地。
信长死后归属羽柴秀吉，在
山崎合战之际说服清秀投向秀吉并交出人质。天正11年（1583年）正月参与讨伐
伊势龟山城的
泷川一益，同年4月的
贱岳之战亦立下战功。但清秀却在此战死亡，重然成为清秀长男
中川秀政的辅佐人。
在翌年爆发的
小牧长久手之战、
天正13年（1585年）的纪州征伐、
四国的
长宗我部攻略时皆于秀政一同出阵。同年7月受
关白丰臣秀吉封为从五位下织部正（织部助）并得到
山城国西冈的3万5000石土地，但同时免除秀政辅佐人的身份。之后
九州征伐、
小田原之战皆有参加，但
文禄庆长之役时做为后备众留守
名护屋城。
天正10年（1582年）开始与茶道名人
千利休来往，在这期间亦拜入其门下，并成为后来“
利休七哲”之一，也是“利休七哲”中唯一与千利休的“破落”弟子
宫川直秀交好的人。天正19年（1591年）秀吉将利休放逐时、利休的亲交畏惧秀吉的权势而并未出面，仅有
古田织部与
细川忠兴前来送行。利休死后，织部继承了其茶道地位。
庆长3年（1598年）将
家督之职传予嫡子古田重广后隐居。
庆长5年（1600年）9月爆发关原之战，织部加入东军，但其酷似其师利休的叛逆性格，顶撞
德川幕府的行为层出不穷。另一方面，古田织部在茶道方面的盛名使其在朝廷、贵族、寺社、商人间皆占有一席之地，对全国大名也有一定影响力，为此幕府方面隐隐透露出担忧。
庆长20年（1615年）的
大阪夏之阵、织部的茶头木村宗喜被怀疑与
丰臣家内通，在京都一带放火，遭到
京都所司代板仓胜重逮捕。木村的主君古田织部亦沾上内通的嫌疑。
大阪城陷落后的6月11日被下令切腹，织部对此毫不解释而自杀，享年72。嫡子重广亦切腹，木村宗喜被处死。