京都所司代是
幕府职称，一般由谱代大名担任，是幕府在京都的代表。幕末倒幕呼声高涨，京都屡次发生动乱，商店被破坏，强盗横行。幕府有感京都所司代无法控制治安，于1862年设置
京都守护职作为负责京都治安的最高机构，京都所司代转为京都守护职辖下，直至1867年随幕府政权结束废止。
1568年，
织田信长以拥立
室町幕府第15代将军
足利义昭为由，挥军南向上洛。为支配京都地区和维持治安，设置京都所司代，由家臣
村井贞胜负责。（村井贞胜后来在
本能寺之变中随信长嫡子
织田信忠逃到二条御所抵抗后死去。）
在
室町时代、
安土桃山时代，由于政权在
关西，此职实际作用不大。及至
江户时代，由于政权转移到
江户，为加强对关西的控制，仿照鎌仓时代“六波罗探题”一职设立的京都所司代于1600年遂成定制。
京都所司代是幕府在京都的代表，负责幕府与朝廷的交涉，向朝廷传递幕府的指示；同时亦监察朝廷、公家贵族和关西地区各大名的举措，并将各地大名送呈天皇的公文先送交幕府审查。此外，京都所司代也负责京都治安、裁决近畿地区的诉讼和管理京都、伏见、奈良各地的町奉行。役高一万石，编制定员一名，一般由领地三万石以上的
谱代大名中选任。