1994年1月我国推行新税制，核心内容之一是建立以增值税为主体税种的税制体系，并实施以专用发票为主要扣税凭证的增值税征管制度。

1994年2月国务院召开专题会议，指示要尽快建设以加强增值税管理为主要目标的“金税工程”。

会议同意利用人民银行清算中心网络建设交叉稽核系统，同时指出防伪税控系统要先试点，后推行。为组织实施这项工程，国务院成立了国家税控系统建设协调领导小组，下设“金税工程”工作办公室，具体负责组织、协调系统建设工作。当年下半年防伪税控系统和交叉稽核系统开始试点，金税工程正式启动。

从1998年到2003年底，金税工程二期实施并取得阶段性成果。

二期间的主要实施步骤如下：

1、在全国范围内建立覆盖总局、省局、地（市）局、县（区）局的四级交叉稽核；把稽核和防伪税控原本相互独立的系统捆绑在一起运行，做到数据共享、功能互补，解决交叉稽核中由于人工录入数据造成的数据错误；同时把海关增值税完税凭证纳入金税工程管理。

2、将增值税征管各环节都放在网络上运行，尤其要采集纳税人的增值税申报信息和税款缴纳信息，以此对纳税人进行纳税评估和监控。二期取得的主要成果是增值税交叉稽核系统和发票协查系统在全国范围内联网运行；防伪税控认证子系统在全国范围内推广运行，防伪税控开票子系统已经大规模推广。

1. 增值税防伪税控开票子系统

增值税防伪税控开票子系统是运用数字密码和电子信息存储技术，通过强化增值税专用发票的防伪功能，监控企业的销售收入，解决销项发票信息真实性问题的计算机管理系统。这一系统将推行到所有增值税一般纳税人，也就是说，将来所有的增值税一般纳税人必须通过这一系统开票增值税发票。

2. 防伪税控认证子系统

税务征收机关利用防伪税控认证子系统，对增值税一般纳税人申请抵扣的增值税发票抵扣联进行解密还原认证。经认证无误的，才能作为纳税人合法的抵扣凭证。凡是不能通过认证子系统的发票一律不能抵扣。

3. 增值税稽核子系统

为了保证发票信息准确性，销项发票信息由防伪税控开票子系统自动生成，并由企业向税务机关进行电子申报；进项发票数据通过税务机关认证子系统自动生成。进项销项发票信息采集完毕后，通过计算机网络将抵扣联和存根联进行比对.

目前稽核的方法采取三级交叉稽核,即本地市发票就地交叉稽核,跨地市发票上传省级税务机关交叉稽核,跨省发票上传总局进行交叉稽核.今后将在税收规模较大、发票流量较多的区县增设稽核系统，实现四级稽核的管理模式。

4. 发票协查信息管理子系统

发票协查子系统是对有疑问的和已证实虚开的增值税发票案件协查信息，认证子系统和稽核子系统发现有问题的发票，以及协查结果信息，通过税务系统计算机网络逐级传递，总局通过这一系统对协查工作实现组织、监控和管理。

（1）2001年将增值税防伪税控系统推行到所有开具万元以上销售额增值税专用发票企业。自2002年1月1日起，所有增值税一般纳税人必须通过增值税防伪税控系统开具销售额在万元以上的专用发票，同时全国统一废止手写万元版专用发票。自2002年4月1日起，万元版手工发票一律不得作为增值税扣税凭证。

（2）2002年完成增值税税控系统的全面推行工作。自2003年1月1日起，所有增值税一般纳税人必须通过增值税防伪税控系统开具专用发票，同时全国将统一废止手写版专用发票。自2003年4月1日起，手写版专用发票一律不得作为增值税的扣税凭证。