康熙三十五年（1696），擢
广东巡抚。疏言：“钱多价贱，每千市价三钱二三分，兵领一两之饷，不及数钱之用。民亦因钱贱，货物难行。请暂停鼓铸。”又疏言：“开山发矿，多人群聚，
良莠淆杂，臣通饬严禁。近有长宁匪徒集众私采，
知县尤鹏翔请饬部议处。”尤鹏翔坐夺官。
康熙三十九年（1700），
给事中汤右曾劾萧永藻与
总督石琳于
黎人争斗事，迟至一载始行具题；纵属吏朘民，民困而为盗，海则
电白、
阳江，山则
英德、
翁源，横行劫掠。上命萧永藻与
广西巡抚彭鹏互调职务，入觐，上谕当命效彭鹏所行，并诫荐举当择清廉。
康熙四十五年（1706），迁
兵部右侍郎。
湖广总督石文晟弹劾
容美土司田舜年不法，命
左都御史梅鋗、
内阁学士二格往谳，与石文晟异议；复命萧永藻与
大学士席哈纳、侍郎张廷枢覆谳，还奏田舜年已死，无诸僣越状。
康熙四十八年（1708），
湖南巡抚赵申乔与
提督俞益谟交恶互劾，命萧永藻偕
副都御史王度昭往按，得俞益谟违例缺兵额状，赵申乔事事苛求，非大臣体，并拟夺官，上罢俞益谟，留赵申乔。
雍正五年（1727），
宗人府奏护陵
闲散宗室广善恩给公衔，在陵寝居住，越分请安，萧永藻不先阻，当夺官，上责萧永藻自恃其有操守，骄矜偏执，惟知阿谀
允禵，长其傲慢狂肆之罪，如议夺官，仍命护陵自效。