康熙三十三年(1694)二月,上嘉其居官
有声,
超擢贵州
布政使。九月,即迁云南巡抚。为政务举大纲。云南屯赋科重民田数倍,石琳官巡抚时,奏减而未议行;石文晟复疏请,特允减旧额十之六。康熙三十六年(1697),
安南国王黎维正疏告国内牛羊、蝴蝶、普园三地为邻界
土司侵占,乞敕谕归还。会石文晟入觐,上问石文晟,奏言:“此地明时即内属,非安南地。妄言擅奏,不宜允。”乃降诏切责之。
康熙四十三年(1704),调
广东巡抚。康熙四十四年(1705),擢
湖广总督。康熙四十五年(1706),坐劾
容美土司田舜年僣妄淫虐非实,部议当降调,上命留任。石文晟以疾乞退,上谕大学士曰:“文晟粗鄙,若为土司事而罢,似未得体。今既引疾,可允其请。”罢归。