神佛习合（しんぶつしゅうごう）是将日本本土的信仰和佛教折衷，再习合形成一个信仰系统。一般指的是在日本神道和佛教发生（合一）的现象，在广泛的意义上说，佛教在世界各地蔓延时，也指佛教与本土的信仰之间发生的现象。下面介绍了在日本的神佛习合。亦称做神佛混淆（しんぶつこんこう）与本地垂迹。

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公元552年（或说是538年）佛教公传的当时，佛被认为是与日本的神同质存在的蕃神（となりのくにのかみ）。日本最早的出家供奉佛的女尼（司马达等女儿善信尼）记载于‘日本书纪’，但直接供奉佛这个行为被认为是和巫女祭祀日本神祇一样的。

从寺院的烧亡是佛的诅咒的这个想法也可以知道，佛教并没有诅咒的概念，因为它当时也被理解为神道的信仰之一。

神宫寺的建立

日本在理解到佛和日本的神，两者有不同的性质，在佛之本与神、与人间皆处于同列位置，日本的众神祇也和人们想要脱离一样的苦，想求到佛的救济以得解脱715年（霊亀元年），在越前国的气比大神的托宣之下，使得神宫寺建立，奈良时代早期，国家级的神社神宫寺开始建立，开始的时候满愿禅师也将鹿岛神宫，贺茂神社，伊势神宫等任何境内外的神社与神宫寺并设。此外，以宇佐八幡神的样子为原本，神体菩萨形的神（僧形八幡神）也出现了。在奈良时代后期，伊势桑名郡在当地有权势的家族中的守护神的多度大神，亦托宣放弃了神体以实践佛教，神宫寺建立的活动也扩展到地方的神社、若狭国若狭彦大神和近江国奥津岛大神等，其他诸国的神也从8世纪后半到9世纪前半，表示有想皈依佛道的意思。为了救济有这样苦恼的神，除了会在神社的一旁寺建神宫寺外，也会在神前读经。

因为众神们皈依佛道的托宣，认为此时只要祭祀他们，氏家大族们的愿望也就能实现。律令制的导入使得社会结构改变，从豪族单一共同体的首长到伴随着有私有地领主的性格的样子，一直以来支持祭祀共同体的神祇信仰呈现出僵局，好像是自觉到私人所有所伴随的罪，豪族个人也在寻求新的精神支柱。

大乘佛教的这个构造上能利他通行，能教以使罪得到救济，豪族们也因受到这一点而引入佛教。就此对应的身带杂密的游行僧现也出现了，希望把神宫寺的建立活动大举前进。还有因为密教的体系化，咒术的修行与重视奇迹、世俗性质的富之蓄积与肯定繁荣性格的神祇信仰亦折衷在一起，因而认为在豪族支配下的人们也容易受到影响。

这样做使得神社接近寺院的一方，寺院也更接近神社的一侧。8世纪后半时，人们把和这个和寺院有关系神当作镇守寺院的守护神。710年（和铜3年）的兴福寺附带着春日大社是最早的一个例子。此外，东大寺是向与大佛协力建立的宇佐八幡神劝请而镇守的，而这个就是手向山八幡宫。其他古代的有力寺院，有延暦寺和日吉大社、金刚峯寺和丹生神社、东寺和伏见稻荷大社等等，这些寺社亦持有守护神。

这个段阶，神与佛是同一信仰体系的中心，使两者其完全地认识别的存在，两者大约也可视为同一存在。为了这个段阶特殊的神佛习合给区别出来，因此也把称做神佛混淆。在多数的神社旁建立神宫寺，也在原本的寺院建立神社，这也是压把迫古来的神祇信仰的事变成神祇信仰与佛教信仰互补合形而成的现象。

神本佛迹说

从镰仓时代末期，到南北朝时代，僧侣开始对神道说反动，相反的，倡导神是本地，佛是假姿的神本佛迹说的伊势神道与唯一神道也出现了，江戸时代时，朱子学说的理论使得两派统合，而诞生出垂加神道。这些是神祇信仰的主流派的教义，也是确立神道教义的贡献。

不过，思考神佛习合自体在明治时代的神佛分离后衰弱，也使得近现代的日本人的精神构造受到影响。