康熙二年(1663),授
山东巡抚。康熙三年(1664),以获逃人(见
逃人法),加
工部侍郎衔。迭疏请宽
登州、
莱州、
青州三府
海禁,俾居民得捕鱼资生;请以
历城明末藩府地视民田科赋;请复孤贫口粮;请以
德州驻防兵旧给民地五百馀顷仍还之民,驻防兵视
陕西、
浙江例支月粮;请蠲逋赋六十馀万,暨察出逃亡荒芜虚增田额户口凡四十万有奇,悉予免除。
康熙四年(1665),
济南、
兖州、
东昌、
青州四府旱灾,请加赈恤;登州、莱州二府歉收,请免本年额赋;皆下部议行。
康熙六年(1667),擢
两广总督。康熙七年(1668),康熙帝遣
都统特锦等会勘广东沿海边界,设兵
防汛,俾民复业。周有德疏言:“界外民苦失业,闻许仍归旧地,踊跃欢呼。第海滨辽阔,使待勘界既明,始议安插,尚需时日,穷民迫不及待。请令州县官按迁户版籍给还故业。”得旨允行。该年冬,遭父丧,平南王
尚可喜疏言沿海兵民,方赖经营安辑,请命在任
守制。凡三年而事定。
从化、
增城、
清远、三水、
河源、
新宁等县因
蜑户周玉、李荣叛乱,前任两广总督卢崇峻奏拨藩下及督
提标兵分驻防守。贼平后,居民以客兵杂处为苦。康熙八年(1669)三月,周有德疏请撤回分驻各兵归原标事,下部议如所请。
康熙九年(1670),疏请还京师治丧,许之。康熙十年(1671),旱,求言,
编修陈志纪疏言:“上忧勤惕厉,而尝为督抚诸大臣方营第宅,蓄倡优,近在辇毂下,不守法度,何以责远方大吏廉节?”上命指实,覆疏举
郎廷佐、
张长庚、
苗澄,祖泽溥、
张朝璘、
许世昌并及周有德,下部严察,周有德坐居丧营造,又於陈志纪覆疏未入时,嘱讬毋及其名,
夺官,追缴
诰命。
康熙帝命
经略、
尚书莫洛自
陕西入
四川,敕周有德与
四川巡抚张德地固守广元诸路,并督军饷。吴三桂部将何德成等自
昭化攻二郎关﹙今广元塔山湾北二郎山﹚,谋夺我师
储峙,周有德遣兵击何德成,走还昭化,复犯广元。周有德与科尔宽等复击败之,逐北三十馀里。彭时亨屯
七盘关、
朝天关,劫
略阳粮艘,广元饷不给。寇窥
阳平关,将军
席卜臣屯蟠龙山为所劫,断我师饷道,康熙帝命周有德固守阳平诸路。
康熙十五年(1676),从大将军、
大学士图海攻平凉,王辅臣降。图海疏令周有德还驻
西安。吴之茂等尚驻
秦岭,康熙十七年(1678),与副都统觉和讬督兵击之,降其裨将王世祜等。
康熙十八年(1679),调
云贵总督。师克
汉中,上谕责“周有德、张德地等前驻广元督饷迟误,致数年来逆贼逋诛,兵民苦累。今大兵前进,督抚诸臣有误饷运,以军法从事。”王大臣议师自湖广进征云、贵,
绿旗兵当有统帅,以
湖广总督蔡毓荣及周有德名上,康熙帝命蔡毓荣为
绥远将军,令周有德与
江西总督董卫国俱受节制。周有德寻疾作,留驻
常德。