双孔亚纲是主干的爬行动物，在最初的爬行动物登场后不久就已经出现，虽然不是主要的爬行动物，但是随后一直成为爬行动物中占绝对优势的类群。鳞龙下纲是双孔亚纲中的原始类型，是出现于石炭纪晚期的第一批爬行动物之一，也是后来出现的各类新兴爬行动物的祖先。鳞龙下纲直到现代仍然繁盛，是现代最繁盛的爬行动物，包括现存爬行动物的绝大多数成员。

双孔亚纲(Diapsida)，又译双弓亚纲，是中生代最繁盛和最重要的爬行动物，种类繁多，现生爬行动物中，除龟鳖类外，其余三个目(喙头目、有鳞目和鳄目)都属于这一亚纲。这一亚纲的各目，实际上是由两个自然类群构成的，即鳞龙类和初龙类。现通常作为两个次亚纲。

鳞龙次亚纲(Lepidosauria)是双孔类中较原始的种类，体外多被有鳞片，包括三个目(喙头目、有鳞目、始鳄目)。喙头目(Rhynchocephalia)的化石曾在我国华北侏罗一白垩纪地层中发现，称为东方喙龙(Rhynchosa,trus orientalis)。

有鳞目(Squamata)包括现代的蛇类(Ophidia)和蜥蜴类(Lacertilia)， 在现存爬行类中，它是最繁盛的一·类，占居在地球上的大部分地区。我国多次发现蜥蜴化石，如矢部斯(Yabeinosaurus)、潜山蜥等。山东临朐曾发现硅藻中新蛇(M/：onatrix diatomus)。

鳞龙类中较原始的一类即始鳄目(Eosuchia)，小型身体结构轻巧，我国有湖北三叠纪的海生汉江蜥(Hanosaurus)等。

初龙次亚纲(Archosauria)，共包括五个目(槽齿目、鳄目、蜥臀目、鸟臀目、翼龙目)大都具槽生齿，有眶前孔，多数没有松果孔。

槽齿目(Thecodontia)中较重要的有二类，即植龙：类和假鳄类。植龙类(Phytosa-uria)是一种身躯披甲的爬行动物，一般背甲较发育，与现代鳄类近似。我国发现这一类化石不多，南漳龙(Nanchangsaurus)可能属于这一类，它的背部有骨板。假鳄类(Pse-udosuchia)身体比较轻巧，可四足行走，亦可暂时性两足行走。我国已发现的假鳄类化石有弯咀龙(Chasmatosaurus)， 山西鳄(Shansisuchus)等近年湖南桑植发现的芙蓉龙(Lotosaurm)，以其长的背神经棘和口中无牙而独具特色。

双孔类是爬行动物第二大分支，发生于石炭纪，是在无孔类从两栖类演化出后不久出现的。双孔类的特点是眼眶后方具有二个颞孔，不过这一特征常因不同的种适应不同的生活环境而变得不明显。双孔类包括除龟鳖类外的大部分现生爬行动物以及主要的绝灭种类，它们于早中生代高度分化和繁荣，当时，恐龙、各种海生爬行类以及翼龙统治了陆地、海洋和天空。

(Lepidosauria)

本次亚纲是原始的双孔类，头骨有二个颞颥孔，它们被眶后骨和鳞骨形成的骨棒所分开。本亚纲有三个目，包括现存的蛇、蜥蜴和仅见于新西兰几个小岛上的罕见的喙头蜥，以及一些古生代和中生代原始的已绝灭的小型爬行类。

(Eosuchia)

始鳄目是最原始的双弓爬行类，最初出现于晚石炭世。这是一类小型的，象蜥蝎似的能迅速飞跑的爬行类。

在南非晚二叠世地层内发现的小而原始的似蜥蜴的杨氏蜥(Youngina)被认为是现存有鳞目和喙头目的祖先。

(Rhynchocephalia)

喙头目的主要特点是：方骨固定，端性齿，前上颌骨发展成喙状，头骨宽短，颊部扩大，无棒骨(tabular)或后顶骨，上颞骨(supratempolar)往往消失，但方颧骨保存。脊椎双凹型，23-25个荐前椎，2个荐椎。化石较多，而现存者仅有新西兰附近几个小岛上的Sphenodon Gray(喙头晰或称鳄蜥)，视为孑遗的活化石。体长60cm余。牙齿和腭骨相愈合，不生在齿槽内，头骨前端有喙状的嘴。视见于三叠纪早期，三叠纪时分布很广，遍及全球。我国云南禄丰上三叠统的Lufengocephalus(禄丰喙头蜥)；辽宁凌源上三叠统的Rhynchosaurs(喙头龙)等均为本目化石的代表。

(Squamata)

有鳞目是现生爬行类中的常见者，如蜥蜴、蛇均属之。无次生腭，脊椎常为前凹型。蛇类失去四肢，脊椎骨和肋骨数目增加，使身体变长，方骨活动，使口张得很大。在有鳞目化石中，蜥蜴类比蛇类更为常见。我国的本类化石亦不少，如晚侏罗世的Yabeinosaurus(矢部龙)等。

(Archosauria)

本次亚纲是进步的双孔类。中生代在地球上占统地位的爬行动物均包含在本次亚纲内。称为爬行类时代或恐龙时代的中生代，在某种意义上就是指本亚纲中多种多样的巨大成员而说的。本次亚纲包括五个目，现分别简介如下：

(Thecodontia)

槽齿目是该次亚纲中最原始的类群，它们在古生代末起源于鳞龙亚纲的始鳄类。初龙亚纲的其余四目以及鸟类均是从本目演化出来的。本目的主要特征是：吻细长，外鼻孔分开，有眼前孔，鼻骨长，后顶骨小，有时消失，方骨垂直，内鼻孔向后；下颌细长；25-26个荐前椎，椎体双凹到平凹型、腰带三射型；后肢较长，趾式完全。最先出现于早三叠世，即南非的Erythrosuchus(引鳄)，北美上三叠统的Hesperosuchus(黄昏鳄)和Rutiodon(狂齿鳄)是本目的典型代表。我国山西、新疆上三叠统中也发现许多此目的化石。在三叠纪以后本目动物绝灭了。

(Crocodilia)

鳄目在三叠纪晚期直接从槽齿目进化而来，它们是“恐龙”的姊妹类群。现存的鳄类是本目的进步类群，它们是一些大而凶猛的食肉爬行类。本目在中生代时相当繁盛，新生代时逐渐衰落，已发现700多个化石种，几乎是世界性分布。现存仅20余种，分布范围也变小了。本目的特征是体长，腿短，尾在垂直方向扁平呈浆状；头骨扁宽，具雕纹，吻长，上颞颥孔小，外鼻孔位于吻端；顶骨与额骨愈合；方骨大，向后倾斜；次生腭很发育；槽性齿；荐前椎23-24个，前凹型，尾椎为平凹型；荐椎2个；腰带三射型；前肢较后肢短。

现存的扬子鳄是进步的真鳄亚目的代表。鳄类的进化是从晚三叠世的Protosuchus(原鳄)，经过侏罗、白垩纪时的中鳄类，在白垩纪晚期演化出现存的真鳄亚目的类群。

(Pterosauria)

翼龙目是一类征服空中会飞的爬行动物，其特征是前肢第四指骨特别加长支撑由身体侧面延展的皮膜，变成翅膀，适于空中飞行，胸骨也相应地发达。最早出现于侏罗纪的Rhamphorhynchus Meyer(喙嘴龙)可作为代表，长约60cm；双颞孔，大眼眶，具眼前孔；头骨和颌骨的前部引长，带尖齿，可能捕食鱼类；颈较长，转动灵活，背部缩短；尾很长，约为荐前脊柱长度的2倍，尾末尚有一卵形的皮膜；前肢的肱骨粗壮，桡尺骨颇长，第四指极长，形成翼的主架，第五指消失，其他各指退化成小状；肩胛骨与鸟喙骨强大，连接胸骨，作为附着鼓动翅膀的肌肉之用；后肢小。

Dsungaripterus Young(准噶尔翼龙) 这是发现于新疆乌尔禾下白垩统上部的完整飞龙类化石。体较大，两翼伸长可达3.5m。体长约0.9m。头骨长，前端窄而尖锐。头骨上中棱发育。鼻孔与眼孔连通成大孔。上颚有14-15个牙齿，下颚有11-12个牙齿，但颌前部无牙。第四腕骨与第四指骨特长。

翼龙类生存的时间很短，白垩纪末期绝灭，这可能由于当时出现了“现代化”鸟类，受到排挤，无法与温血而灵活的鸟类竞争之故。

(Dinosauria)

恐龙是出现于二亿四千五百万年前，并繁荣于六千五百万年前结束的中生代路栖爬行动物。恐龙在6500万年前白垩纪结束的时候突然全部消失，成为地球生物进化史上的一个谜，这个谜仍无人能解。地球过去的生物，均被记录在化石之中。中生代的地层中，即曾发现许多恐龙的化石。其中可以见到大量或呈现各式各样形状的骨骼。但是，在紧接着的新生代地层中，却完全看不到恐龙的化石，由此推知恐龙在中生代时一起灭绝了。恐龙种类多，体形和习性相差也大。其中个子大的，可以有几十头大象加起来那么大；小的，却跟一只鸡差不多。就食性来说，有温顺的草食者和凶暴的肉食者，还有荤素都吃的杂食性恐龙。

恐龙整体而言的体型很大。以恐龙作为标准来看，蜥脚下目是其中的巨无霸。在漫长的恐龙时代，即使是体型最小的蜥脚类恐龙也要比它们栖息地内的其他动物要大，而最大的蜥脚类则比任何地表的动物都要大出几个等级。

大部分的恐龙要比大型蜥脚类恐龙还小得多。现有的证据表明，恐龙的平均大小在三叠纪、早侏罗纪、晚侏罗纪和白垩纪都不断变化。大部分兽脚类恐龙的体重在100到1000公斤之间，而全新世的掠食性肉食动物则多半在10到100公斤之间。恐龙的体重估计值，大多介于1到10公吨之间。伦敦国立自然历史博物馆的一个研究指出恐龙的体重平均值约在100公斤左右，而新生代的哺乳类体重平均值多在2到5公斤之间。

从现有的状况较好的骨架来看，最高和最重的恐龙是长颈巨龙（Giraffatitan brancai，原名布氏腕龙）。长颈巨龙的化石在1907年至1912年间发现于坦桑尼亚。从多具大小相近的个体所组合而成的骨架模型，现正展示于柏林洪堡博物馆，该模型高12米，长22.5米，预期活体的重量在30到60公吨之间。最长的恐龙是27米长的梁龙，是在1907年发现于美国怀俄明州，现展示于宾州匹兹堡的卡内基自然历史博物馆。

恐龙与其它爬行动物的最大区别在于它们的站立姿态和行进方式，恐龙具有全然直立的姿态，其四肢构建在其躯体的正下方位置。这样的架构比其他各类的爬行动物（如鳄类，其四肢向外伸展）在走路和奔跑上更为有利。根据恐龙腰带的构造特征不同，可以划分为两大类：蜥臀目（Saurischia）、鸟臀目（Ornithischia）。二者间的区别主要在于其腰带结构。

(Saurischia)

中生代占统治地位的爬行类，白垩纪末-第三纪初期绝灭。蜥臀目的腰带从侧面看是三射型，耻骨在肠骨下方向前延伸，坐骨则向后延伸，这样的结构与蜥蜴相似。

蜥脚形类主要生活在侏罗纪和白垩纪，它们绝大多数都是大型的素食恐龙。头小，脖子长，尾巴长，牙齿成小匙状。蜥脚亚目的著名代表有产于我国四川、甘肃晚侏罗纪由19节颈椎组成的脖子长度约等于体长的一半的马门溪龙，世界上已知体形最大的动物——易碎双腔龙。

兽脚亚目三大超科对比图兽脚类生活在晚三叠纪至白垩纪。它们都是肉食龙，两足行走，趾端长有锐利的爪子，头部很发达，为最聪明的一类。嘴里长着匕首或小刀一样的利齿，暴龙是著名代表。其余如异特龙、南方巨兽龙、棘龙等也颇具名气。

(Ornithischia)

中生代占统治地位的爬行类，白垩纪末-第三纪初期绝灭。鸟臀目的腰带，肠骨前后都大大扩张，耻骨前侧有一个大的前耻骨突，伸在肠骨的下方，后侧更是大大延伸与坐骨平行伸向肠骨前下方。因此，骨盆从侧面看是四射型（除此之外，还有其他区别）。