又译主龙次亚纲，它们在古生代末起源于鳞龙次亚纲的始鳄类。中生代在地球上占统地位的爬行动物均包含在本次亚纲内，称为爬行类时代或恐龙时代的中生代，在某种意义上就是指本亚纲中多种多样的巨大成员而说的。

初龙次亚纲(Archosauria)是进步的双孔类。中生代在地球上占统地位的爬行动物均包含在本次亚纲内。称为爬行类时代或恐龙时代的中生代，在某种意义上就是指本亚纲中多种多样的巨大成员而说的。本次亚纲包括五个目。

槽齿目(Thecodontia)

本目是该次亚纲中最原始的类群，初龙次亚纲的其余四目均是从本目演化出来的。本目的主要特征是：吻细长，外鼻孔分开，有眼前孔，鼻骨长，后顶骨小，有时消失，方骨垂直，内鼻孔向后；下颌细长；25-26个荐前椎，椎体双凹到平凹型、腰带三射型；后肢较长，趾式完全。最先出现于早三叠世，即南非的Erythrosuchus(引鳄)，北美上三叠统的Hesperosuchus(黄昏鳄)和Rutiodon(狂齿鳄)是本目的典型代表。我国山西、新疆上三叠统中也发现许多此目的化石。在三叠纪以后本目动物绝灭了。

鳄目(Crocodilia)

是一支古老而特化的类群，已生存2.2亿多年，具有新大脑皮层、左右心室分隔完全(仅留一潘尼兹氏孔)、两颚有槽生齿等特征。现存鳄类共21种，除2种分布在美、亚两洲的温带地区外，其他种类都是亚洲南部、南美、非洲和大洋洲等地的亚热带一热带动物，中国有产于安徽、浙江两省的扬子鳄(Alligator sinen-sis) 和在华南地区绝灭不久的马来鳄(Tomistomaschlegelii )、湾鳄(Crocodilus porosus)等。

本目在三叠纪晚期直接从槽齿目进化而来，它们是“恐龙”的姊妹类群。现存的鳄类是本目的进步类群，它们是一些大而凶猛的食肉爬行类。本目在中生代时相当繁盛，新生代时逐渐衰落，已发现700多个化石种，几乎是世界性分布。现存仅20余种，分布范围也变小了。本目的特征是体长，腿短，尾在垂直方向扁平呈浆状；头骨扁宽，具雕纹，吻长，上颞颥孔小，外鼻孔位于吻端；顶骨与额骨愈合；方骨大，向后倾斜；次生腭很发育；槽性齿；荐前椎23-24个，前凹型，尾椎为平凹型；荐椎2个；腰带三射型；前肢较后肢短。

现存的扬子鳄是进步的真鳄亚目的代表。鳄类的进化是从晚三叠世的Protosuchus(原鳄)，经过侏罗、白垩纪时的中鳄类，在白垩纪晚期演化出现存的真鳄亚目的类群。

翼龙目(Pterosauria)

这是一类征服空中会飞的爬行动物，其特征是前肢第四指骨特别加长支撑由身体侧面延展的皮膜，变成翅膀，适于空中飞行，胸骨也相应地发达。最早出现于侏罗纪的Rhamphorhynchus Meyer(喙嘴龙)可作为代表，长约60cm；双颞孔，大眼眶，具眼前孔；头骨和颌骨的前部引长，带尖齿，可能捕食鱼类；颈较长，转动灵活，背部缩短；尾很长，约为荐前脊柱长度的2倍，尾末尚有一卵形的皮膜；前肢的肱骨粗壮，桡尺骨颇长，第四指极长，形成翼的主架，第五指消失，其他各指退化成小状；肩胛骨与鸟喙骨强大，连接胸骨，作为附着鼓动翅膀的肌肉之用；后肢小。

Dsungaripterus Young(准噶尔翼龙) 这是发现于新疆乌尔禾下白垩统上部的完整飞龙类化石。体较大，两翼伸长可达3.5m。体长约0.9m。头骨长，前端窄而尖锐。头骨上中棱发育。鼻孔与眼孔连通成大孔。上颚有14-15个牙齿，下颚有11-12个牙齿，但颌前部无牙。第四腕骨与第四指骨特长。

翼龙类生存的时间很短，白垩纪末期绝灭，这可能由于当时出现了“现代化”鸟类，受到排挤，无法与温血而灵活的鸟类竞争之故。

蜥臀目(Saurischia)、鸟臀目(Ornithischia) 都是恐龙类(Dinosauria)，中生代占统治地位的爬行类。