北京市海淀区疾病预防控制中心，是根据国家卫生防病机构改革精神，于1999年5月正式组建成立的卫生事业单位，前身是北京市海淀区卫生防疫站，承担着海淀区430平方公里的疾病预防控制工作。

北京市海淀区疾病预防控制中心（简称“CDC”）是根据国家卫生防病机构改革精神，于1999年5月正式组建成立的卫生事业单位，前身是北京市海淀区卫生防疫站，承担着海淀区430平方公里的疾病预防控制工作，维护着海淀区413万（2008年底辖区总人口413万，常驻人口293万，户籍人口209.9万，流动人口155.4万）群众的健康，海淀区防病工作重约占全市的30%。具有七大职能：负责辖区内疾病防控具体工作的管理和落实；负责辖区内疫苗管理，组织实施免疫、消毒、控制病媒生物；负责疫情和公共卫生健康危害因素监测、报告；负责辖区内突发公共卫生事件的监测调查与信息收集、报告，落实具体控制措施；开展病原微生物常规检验和常见污染物的检验；指导辖区内机构、组织开展卫生防病工作；负责考核和评价、培训；开展卫生宣传教育与健康促进活动。

海淀区疾病预防控制中心有16个业务科室，7个职能科室，下属单位还有北京市海淀区预防医学会。现有正式职工237人，其中博士4人，硕士45人，本科103人，正高级职称6人，副高13人。办公面积18000平方米，拥有大型仪器31台，机动车辆38部，固定资产2944余万元，为业务发展奠定了基础。

2004年海淀区疾病预防控制中心通过了实验室资质认定的食品卫生、环境卫生、消毒卫生、职业卫生、学校卫生、放射防护、传染病、地方病防治、健康监护9类专业的检测项目；2004年取得建设项目职业病危害评价资质、职业健康检查资质、职业病危害因素的检测与评价丙级资质；2007年完成了建设项目职业病危害评价资质丙级升乙级重要认证工作，成为北京市第一家取得了建设项目职业病危害评价乙级资质的区级疾控中心；2009年被列为全市第一批启动的甲型H1N1流感检测网络实验室之一；2009年被纳入国家流感网络实验室。截止2009年年底，目前中心共有366项检测资质，在北京18个区县中居首位，具有较强的综合检测能力。

海淀区疾病预防控制中心与时俱进，投入了大量资金，有步骤、有次序地推进信息化建设，极大地提高了工作效率及业务管理质量。其中：引用国家级系统有3个：中国疾病预防控制信息系统、国家计划免疫系统、国家免疫规划监测信息管理系统；市级有6个：与市卫生局、市疾控中心和18个区县疾控中心的视频会议、市疾控中心万方数据库、北京市职业病网上直报信息管理系统、从业人员健康体检培训网络管理系统、市协同OA办公平台、儿童疫苗接种管理系统；.区级有2个：IOA协同办公系统、区卫生局网站；本单位建立的系统有：中心网站、海淀区公共卫生检测服务办公平台、公共卫生从业人员健康体检/卫生知识网上在线培训系统、中心档案管理系统、固定资产、后勤物资/疫苗销售管理系统，影像资料管理平台等，实现了无纸化办公，节省了资源，大大提高了工作效率。

海淀区疾病预防控制中心已成为北京大学医学部、北京科技大学、北京联合大学、中央民族大学、首都医科大学的教学基地，每年承接大量的研究生、本科生的实习和毕业论文指导任务，中心带教老师多次被北京大学医学部公共卫生学院评为优秀带教教师。海淀区疾病预防控制中心承担重要的科研教学任务，平均每年在国内重要刊物上发表50余篇论文，从市委组织部、中国CDC、国务院防治艾滋病委员会、北京大学医学部等部门成功申请了多项课题，1999年至2007年共承担包括北京市市政府折子工程 “奥运会餐饮业食源性致病菌监测体系”和“奥运场所公共饮用水质量监测及预警”等科研课题74项。

江初主任承担了北京市市委组织部资助的优秀人才课题“基于GOOGLE-earth的传染病预测”、 “大专院校SARS防治措施技术推广”课题获得北京市金桥工程项目奖一等奖；论文《微波消解等离子体发射光谱法测定蜂蜜中的Zn》获得北京市疾病预防控制系统优秀论文三等奖；《北京市某区基层疾病预防控制体系存在的问题和对策分析》论文获得北京市科学技术协会2005年“第八届北京科技交流学术月优秀科技论文省级三等奖”；“932例意外死亡的死因分析”“海淀区四十二年麻疹流行特征的分析及防治措施研究”、“北京市海淀区控制与消灭脊髓灰质炎的流行病学研究”等6项课题获区科技进步二等奖。

2022年4月，被拟表彰为“北京冬奥会、冬残奥会北京市先进集体”。

2022年4月，入选北京2022年冬奥会、冬残奥会北京市先进集体名单。

2022年4月，北京市海淀区疾病预防控制中心团总支被表彰为“北京市五四红旗团支部”。