嘉靖十四年(1535),考中
进士,授
工部都水司
主事。出治二洪,有政绩。改任
礼部主客司主事,擢
尚宝司丞,掌
内阁制诰。章圣太后驾崩,劝
明世宗行三年丧,没有得到答复。升任
光禄寺少卿兼
翰林院五经博士。提督
宦官杜泰每年贪污
钜万,被马从谦上奏揭发,杜泰诬陷马从谦
诽谤。巡视
给事中孙允中、
御史狄斯彬也弹劾杜泰。明世宗厌恶别人言醮斋,而马从谦上奏提及,于是大怒,将马从谦和杜泰打入
诏狱。
所司言诽谤无
左证,明世宗愈加愤怒。将马从谦交给
法司,以孙允中、狄斯彬结党庇护,贬谪边地杂职。法司拟定马从谦贬戍远边。
隆庆初年,抚恤先朝建言杖死诸臣。宦官追恨马从谦,从中阻拦。给事中
王治、御史
庞尚鹏力争。
明穆宗以马从谦所犯,比子骂父,最后没有同意。