嘉靖四十一年(1562),以治行尤异,再次入觐得到褒奖,升任
四川按察副使,兵备
威州、
茂州。升任
广东参政。跟随
提督吴桂芳讨平李亚元,击败贼首张韶南、黄仕良等。升任
广西按察使,历任左、右
布政使。
隆庆四年(1570),大破古田叛军,斩获七千余人。跟随
巡抚殷正茂讨平古田,再次
进秩。
殷正茂升任总督,于是擢升郭应聘右
副都御史代任。府江的
瑶族叛乱。府江上起
阳朔,下达
昭平,长达三百余里。诸瑶夹江而居,恃险
剽劫。
成化、
正德年间,
都御史韩雍、
陈金讨平乱军。此时,叛军围攻
荔浦、
永安,劫持
知州杨惟执、
指挥胡翰。事情上报朝廷,
大学士张居正上奏假
便宜行事,
寓书郭应聘说:“
炎荒瘴疠区,役数万众,不宜
淹留,速破其巢,则余贼破胆。”郭应聘召集土、汉兵六万人,令
总兵官李锡讨伐。没有成行,而
怀远的瑶族杀害
知县马希武叛乱。郭应聘与殷正茂商议先征府江,经历三个月平定,于是命李锡讨伐怀远。天降大雨雪,无功而还。郭应聘调诸路兵,镇抚白杲、黄土、大梅、青淇的
侗族、
僮族,以孤贼势,而李锡与诸将连破叛军,斩其首领,攻克怀远。初议行师,李锡以阳朔金宝岭贼近,欲先灭之。郭应聘说:“君第往,吾自有处。”李锡行数日,郭应聘与按察使
吴一介出其不意,袭杀其首领。等怀远光复,阳朔也已经平定,于是分遣诸将
门崇文、
杨照、亦孔昭等讨伐洛容、上油、边山。叛瑶纷纷平定。
明神宗大悦,进
兵部右侍郎兼右
副都御史,仍然担任
广西巡抚。郭应聘在广西,上奏恢复
陈献章、
王守仁祠。
刘台谪戍浔州,为他提供住所和食物,死后为他敛葬并送回家乡,设像祭祀。
万历八年(1580),起任兵部右侍郎,兼右
佥都御史、广西巡抚。此时,十寨初下,郭应聘与总督
刘尧诲上奏设立三镇,隶属宾州,以
土巡检驻守,而由思恩
参将统领,十寨遂安。进
右都御史兼兵部右侍郎,总督两广军务。前任总督多受贿赂,被郭应聘谢绝。一年以后,召掌南京都察院,以
吴文华代替。不久,改任南京
兵部尚书,参赞机务。郭应聘任职南京,与
海瑞推崇
俭素,
士大夫不敢奢侈浪费。
很久以后,称病归乡。归家七月后,去世,享年67岁。赠
太子少保,谥襄靖。