嘉靖四十五年(1566),调任吏部稽勋司主事。
吏部尚书杨博厌恶许孚远讲学,遇上
大计京官,罢免
浙江人接近一半,而杨博的家乡
山西无一人。许孚远背后议论,杨博不悦,许孚远称病归乡。
万历五年(1577),
丁内艰。
服阕,补任
兵部车驾司郎中。许孚远拜见
张居正,问及
马政,许孚远仓卒应答,甚为详明,得到张居正的赏识。许孚远拒绝王篆的拉拢,出任
建昌府知府,空闲时则聚集
诸生讲学,与
贡士邓元锡、
刘元卿为友。得到
给事中邹元标的推荐,擢
陕西提学副使,敬重贡士
王之士,写信推荐他和刘元卿、邓元锡。升任
应天府府丞,因为
李材申冤,贬二秩。
丁父忧。起任
广东按察佥事,历任
广西按察副使、
右通政。
万历二十年(1592),擢
右佥都御史、
福建巡抚。
日本攻陷
朝鲜,议封贡,许孚远请求
敕谕日本,擒斩
丰臣秀吉,没有听从。
吕宋国酋子起诉商人袭杀其父,许孚远听说,诏戮罪人,厚犒其使。
福州发生饥荒,百姓劫掠官府,许孚远擒倡首者,动乱稍定,而遭到给事中
耿随龙、御史
甘士价等的弹劾,明神宗不问。所部多僧田,许孚远入其六于官。又募民开垦
海坛地八万三千有奇,筑城建营舍,聚兵以守,请求推行于
南日岛、
澎湖及
浙江的陈钱岛、
金塘岛、
玉环岛、南麂岛,得到批准。三年后,入为南京
大理寺卿,历任南京
兵部右侍郎、南京
兵部左侍郎、兵部左侍郎。刚到半路,被弹劾。请求退休,得到允许。
许孚远笃信
良知,而厌恶援用良知以入佛者。担任建昌府知府的时候,与郡人
罗汝芳讲学不合。改任南京时,与罗汝芳的
门人、
礼部侍郎杨起元、
尚宝司卿周汝登,一起担任主讲席。周汝登以
无善无恶为宗,许孚远作《
九谛》以难之,说:“文成(
王阳明)宗旨,原与
圣门不异,以性无不善,故知无不良。良知即是未发之中,立论至为明析。无善无恶心之体一语,盖指其未发时,廓然寂然者而言之,止形容得一静字,合下三语,始为无病。今以心意知物,俱无善恶可言者,非文成之正传也。”彼此争论愈加激烈。许孚任福建巡抚时,与
巡按御史陈子贞不和,陈子贞督学南京,于是暗中指使同僚弹劾许孚远。