石山合战发生的原因，通常的说法是因为信长提出了要在石山御坊的寺地筑新城的无理要求，但是史料上却没有明确的证明。

人们通常认为石山合战发生的原因是信长提出了要在石山御坊的寺地筑新城的无理要求，但是史料上却没有明确的证明。

日本战国时代元龟元年春，为了阻止将军足利义昭再兴的行动，织田信长向义昭送去了“五条书（内有五条禁令的条令状）”。之后，信长亲自上洛，前往禁中讨伐将军义昭。当时，德川家康也开始奉命向当时的近邻各国发送协同上洛的书状，而当时的越前大名朝仓义景答应了保护将军义昭，作为将军的后援。为此，信长于4月19日在禁中获得了讨伐朝仓家的“勅命”，并很快于翌20日组成了所谓的“官军”，与家康一起出阵。但是，由于信长的妹妹——嫁给近江浅井长政的阿市向信长泄露了浅井家背叛的消息，信长于28日收阵归京，并于5月9日退回岐阜城。6月28日，织田·德川联合军近江出阵，在近江的姉川附近击破浅井·朝仓联合军，史称“姉川之战”。

7月27日，被追放出京的三好三人众与三好康长以管领家嫡流的细川六郎为盟主，于摄津国的野田·福岛出阵，铃木孙一等当时也加入了三好家（《足利季世记》、《细川两家记》）。三好势不久便加入了浅井·朝仓的残党，在野田和福岛筑城并在中之岛、天满森布阵（《足利季世记》中记载：“……在阵前挖掘了壕沟、建筑了屏障、射击孔，在河流的浅水处以大树遮挡并建筑屏障……）。8月17日，三好势进入河内国古桥城。

趁着这个机会，石山本愿寺的法主显如联结三好军，发动各国的门徒众纷纷举兵对抗信长。9月12日，本愿寺的门徒众向信长的本阵发动了攻击，拉开了旷日持久的“石山合战”的序幕。

9月13日、14日两日，本愿寺势向信长发动了猛烈的攻击；18日，铃木伊贺守等在中岛击退了信长的部队；20日，杂贺众出击，在滓上江击退了信长军。在这一战中，信长势的野村越中守定常讨死。《细川两家记》中记载孙市与本愿寺方一起以3000挺铁炮向信长发动猛烈攻击，两军发生了铁炮对射战（《信长公记》中有10万“敌我双方的铁炮射击声日夜不停地响彻天地”的记载）。这一战信长可谓充满了艰难。（野田·福岛合战）

但是，杂贺众的一部分——杂贺三组的社家（宫）乡、中乡、南乡三组，由于受“新义真言宗”根来寺影响的根来众，据说却是从属于信长方。这种复杂而奇怪的关系，也是当时时代的代表。

在9月18日铃木伊贺守在中岛的“铁炮战”，在组织方面实施了每25人配置一个小头目，50人为一组的管理方法，在当时已经属于比较先进的组织方法（《阴德太平记》）。

1571年（元龟2年）

在这一年里，信长的本阵基本没有参与对石山御坊的攻击战，而杂贺众也没有什么攻击的动静。当时的信长非常的繁忙，除了最为重要的讨伐浅井·朝仓及三好势的作战以外，还要应付属于本愿寺势力的伊势长岛的一向一揆的攻略。为了报去年弟弟织田信兴被杀的大仇，信长于5月12日发动了5万军势出阵，对付长岛一向一揆。但是，信长发动大军的结果是以信长在仅仅4天后的大败而告终，在这一战中，猛将柴田胜家负伤，被称为“美浓三人众（安藤守就、稻叶一铁、氏家卜全，旧斋藤家家臣）”之一的氏家卜全担任殿军讨死。16日，信长的军队逃回了岐阜。（第一次长岛攻击战）

8月18日，信长开始发动对近江浅井长政的居城小谷城的攻击，同时于9月12日向坂本进军并发动攻击。同时，发生了历史上著名的，到现在仍然引起了许多争论和推论的“延历寺烧讨事件”，在烧讨事件中延历寺的根本中堂、大讲堂及里坊等许多地方都化为灰烬，当时山上的火光从京都都可以看到。（延历寺烧讨）

1572年（元龟3年）

由于接受了将军义昭的恳请，甲斐国的武田信玄从甲府出阵，发动了25000军势，应援石山本愿寺及浅井·朝仓联军。武田军进入远江国，很快攻下了二俣城，兵临家康的居城浜松城，于12月22日在三方原与德川军交战，以家康的大败而告终，史称“三方原合战”。

这一年的杂贺众在石山御坊周边没有发生什么战斗，信长则于4月以大兵力向上坂地方进攻，本愿寺 向纪州的门徒众发出了上坂参战的邀请，5月杂贺凑众从四国的阿波渡海参加了这场名为“紫云之乱”的战役。11月，本愿寺与织田信长双方之间达成和解。

1573年（元龟4年、改元天正元年）

将军义昭与信长之间，不断地举兵、和睦。信长威压二条城，7月18日逃亡槙岛城的义昭，与信长再度和睦，但不久就被再度追放出京都，室町幕府正式灭亡。8月20日，信长势攻击越前朝仓义景，义景在贤松寺自杀，之后信长势回军攻击近江的浅井长政，8月28日长政在小谷城自杀，直到这一天，信长才将长年的宿敌浅井·朝仓消灭。（一乘谷合战）同年，兵临家康的居城浜松城，在三方原大败德川军的武田信玄，于4月12日病死。

9月24日，消灭了宿敌的信长开始着手对付另一个敌人，再次伊势长岛出阵，攻击并消灭了一向宗徒占据的门徒末寺。（第二次长岛攻击战）

1574年（天正2年）

正月，越前爆发一向一揆，归于本愿寺的支配之下（当时的越前与加贺一起被称为“百姓的天下”），越前朝仓氏灭亡，丰臣秀吉作为支援而出阵，3月28日，信长派遣3000人赴奈良进入东大寺的正仓院，切取了正仓院的名香“兰奢待”，以此向天下显示威势。

4月2日，本愿寺显如再次在石山本愿寺举兵对抗信长。本愿寺方面的下间赖廉等，与石山御坊周边的杂贺众依靠在上坂方面防备信长的杂贺众发起了大骚乱，三好康长也趁机在河内国的高屋城举兵作为声援。4月3日，信长被迫在石山御坊布阵，当时战斗打响不久后信长就回到了岐阜。

一时回到岐阜的信长，于7月13日为了讨伐伊势长岛繁荣一向一揆再次出阵，逼迫控制各个根据地的愿政寺门徒众，一共发动了7万大军。9月29日，一揆势以和平的要求降伏，九鬼嘉隆的水军在作战中相当活跃。（第三次长岛攻击战）

被追放出京都的将军足利义昭，向本愿寺及安艺的毛利氏发出了举兵的催促，同时向杂贺的铃木孙一发出了出兵的邀请。当时的孙一接受了邀请。10月6日义昭的家臣真木岛昭光从杂贺带回了礼貌的回信（真乘寺旧藏文书），当时的回信上醒目地注明着“铃木孙一”的名字花押。而由1534年开始计算，当时的孙一年龄应该在40岁上下，相当的年轻。

1575年（天正3年）

4月21日，武田胜赖联结了德川家康家中的家臣大须贺弥四郎作为内应，由甲斐出阵，攻打三河国的长篠城。当时在冈崎的信长接受了家康家中的鸟居胜商（据说很有名气，是个忠勇诚实的武将）的救援邀请。5月21日，信长·家康的联军打破了武田军对长篠城的攻击。（长篠城合战）

在战斗中，信玄以来的名将，武田氏的重臣马场信房、山县昌景等人纷纷战死，铁炮的威力在战斗中发挥得淋漓尽致。当时的信长采用的就是天下闻名的“三段式装填法”（即第一排攻击，第二排准备，第三排装填，三段如此循环，使得铁炮一直处于对敌射击的状态）。另一种说法是当时负责铁炮的是信长的雇佣军团，孙市率领的杂贺铁炮众，使得铁炮发挥了强大的威力。但是，无论如何，信长在战役中使用的“防马栅”和“三段式装填法”的组合，确实属于出众的战术，而能够想出这个战术的信长，也确实可以被称为天才。而当时信长手中的铁炮众，则是近江的国友村（原浅井家的领国）的国友铁炮众，当时的铁炮队长是佐佐成政。

8月，信长平定了越前、加贺方面的一向一揆，这些一揆势的被诛灭使本原寺显如也不禁发出哀叹，于8月22日向纪州的门徒众下达了“笼城死守”的命令书。10月21日，显如向信长发出了和睦的请求，得到了信长的认可。11月4日，信长拜领了大纳言、右大将的官位。

1576年（天正4年）

2月23日，由丹羽长秀负责监督营造的，天下闻名的近江国安土城的本丸修筑完成，一座坚城伫立在琵琶湖畔，信长于同日移居进入安土城。安土城的建造完成和信长“天下布武”的思想的宣布，标志着信长开始向天下散播着“天下统一”的强烈意志。

4月14日，本愿寺显如与将军足利义昭、毛利辉元等再度会面后，在摄津国的石山本愿寺举兵对抗信长。明智光秀、荒木村重等向一揆势发动攻击，同时信长本身也出兵（时间大约为4月29日）。当时信长势的作战计划是，将木津砦与石山御坊之间的联络截断，同时控制木津川河口，切断敌人的补给线，同时确保在大阪湾的制海权。

这份作战计划定于5月3日起实行，但是由于信长势中的本愿寺门徒众在事前将计划泄露给了本愿寺势，使得这份作战计划以失败而告终（佐武伊贺働书）。之后的战役情况相当的混乱，由于孙一的奋战导致了信长势的总崩溃。铃木孙一等在三津寺将信长的部队击破，包围了信长势笼城防守的四天王寺（《佐久间军记》中记载的是铃木孙市的名字）。5月7日在摄津国的四天王寺附近展开了激战，当时的杂贺众激烈地攻击信长，甚至使信长的脚负伤。此时的真伪还无法确定，但信长受伤的可能性相当地大。之后，织田势获得了杂贺孙市的首级（言继卿记），令士兵的士气大振。因为当时杂贺方的兵力被称为“马上百驹、铁炮千挺”而他们的铁炮大将“的场源四郎、即孙市”受到了“纪伊国中最强的指挥官”的极高评价（真锅真入斋书付）。

5月9日杂贺孙市的首级被传送到京都以示众人（言继卿记）。6月6日，铃木孙一等人与佐久间安政交战。6月28日，本愿寺势方面通过杂贺众希望得到毛利氏方面的兵粮补给。之后，铃木孙市向播州进发（毛利元就记），孙一则留守稳定大局。

7月13日，奉毛利辉元的命令，部将儿玉就英（“川内众”，毛利的直属水军指挥）率领村上武吉（村上水军）及其他的能岛水军、来岛水军等前来支援石山本愿寺并运送兵粮，攻击摄津的木津川口。在获得了杂贺水军（杂贺除了铁炮众以外，还有海贼众，都属于雇佣军性质）的支援后以信长的九鬼嘉隆为主力展开了水军的激战。毛利水军成功地击破了织田水军，将兵粮送入城中。（第1次木津川口海战）从毛利氏方面获得了兵粮补给后的铃木孙市也返回了（艺后三家志）。11月5日本愿寺请求铃木孙一等前往上坂。

在这一年，杂贺众的内部由于相互对立，开始出现分裂的迹象。

1577年（天正5年）

2月13日，信长以纪伊的畠山贞政与杂贺众、根来众相呼应举兵的契机，与嫡男织田信忠（幼名奇妙丸，母亲是生驹方）一起出阵纪州杂贺。

虽然在前年内部发生分裂，但是杂贺众的本家以及杂贺三组（中乡、社家乡、南乡）与纪州的根来寺的杉之坊众依然还是联手进军。2月16日，信长的先头部队到达了泉州（和泉国）的贝冢并在泉州的贝冢构筑了本阵，逼迫杂贺众撤退。2月22日信长的部队突破了孝子峠到达了中野城附近，并于2月28日攻落了杂贺众的支城中野城。3月1日，信长的部队包围了铃木孙一的居城。3月15日，以孙市（铃木孙一）等为首的杂贺众向信长交纳了请降书投降。3月21日，织田信长从杂贺撤兵。之后杂贺众中的亲信长派与反信长派之间开始出现激烈的对立抗争现象。8月6日，铃木孙一等人与亲信长派的杂贺众交战，攻陷了名高浦的日方城。10月11日，本愿寺再次请求铃木孙一等前往上坂。

信忠与守将一起以中野城为据点防守周围并征讨各处，逐渐将各处完全平定，据说出阵的总兵力竟达到了15万人左右。主要的原因是因为杂贺中不是那么容易被平定的。杂贺众之间有着很强的凝聚力，而且很勇猛。3月21日，信长返回了安土城。10月10日，松永久秀父子在信贵山城受到织田信忠的攻击而自杀。10月23日，羽柴秀吉的中国攻略军从京都出阵。

1578年（天正6年）

这一年的正月，织田信长向摄津国的石山本愿寺发出了攻击的布告，3月15日下达了全军出动的命令。4月4日，织田信忠向石山本愿寺发动了攻击。杂贺众在起初协助本愿寺方参加防守，形势开始逐渐出现不利的局面。

而先前在木津川口海战中大败的九鬼嘉隆，则奉了信长的命令建造铁甲船，并最终完成，于6月26日与杂贺水军交战，并将其击破。9月24日，本愿寺显如显示出衰败的迹象，本愿寺势向纪州的门徒众请求千挺铁炮的救济（本愿寺文书）。11月6日，织田水军与毛利氏的援军在木津川口再次交战，九鬼水军以6-7艘铁甲船为主力舰组成舰队，而毛利方则出动了600余支西国的战船，经过激战，九鬼水军终于大获全胜。（第2次木津川口海战）经过这场海战，石山本愿寺方面对毛利氏方面支援的希望彻底断绝。

当年的11月荒木村重谋反信长，作为应援铃木孙一进入了摄津的有冈城。上杉谦信、山中鹿之介没。

1579年（天正7年）

1月摄津有冈城的铃木孙一出城进入了摄津花熊城。9月2日荒木村重逃亡尼崎。12月3日本愿寺召集杂贺的年寄众召开了重要的，准备与信长讲和的会议。5月11日，安土城的天守阁完成，织田信长移居入内。这一年信长允许基督教的宣教师Organtino在安土建立了基督教的教堂。军师竹中半兵卫没。

1580年（天正8年）

1月17日播磨的三木城被羽柴秀吉攻陷，城主别所长治自杀。

3月5日，权中纳言权修寺晴丰等，受勅命为本愿寺与织田信长之间的和睦的交涉而奔走，最终达成了以本愿寺显如退出石山本愿寺为条件的和睦约定。（石山合战即告终结）