本愿寺由1世法主
亲鸾开山之后，在8世法主
莲如的亲自传教之下，
一向宗开始大范围地进入民众生活。从此，一向宗的思想成为了一种政治上的工具。本愿寺开始煽动各地的教徒起义（即所 谓的“一向一揆”，“一揆”在日语中指各种的起义暴动），反对各地守护的在地统治，企图建立起一个佛教的宗教国家。
一向宗其前身便是
净土真宗本愿寺派，所谓一向一揆就是以农民为主的，包括有寺院僧侣和国人参加并参与领导的净土真宗本愿寺派信徒发动的
武装起义,其目标是夺取地方政权。一向宗发展的时间从南北朝后期直到室町后期。其覆盖地区很广，包括近畿、北陆、东海(三河、
尾张、
美浓)以及中国(安芸、
播磨、
备前、
备中)等地。一向宗在八代法主莲如(一四一五～一四九九)时期开始大发展，他于文明三年(一四七一)来到北陆地区传教，发展了大量的信徒。说到一向宗，不得不说说一向宗的基础组织。其传教的基础组织名为“讲”，一般一村一讲，也有数村一讲或者一村数讲的，一讲的人数从数十人到几百人不等，而讲的基础又来自“惣”。惣是一种自发性的农民联合，自
镰仓时代起，一有大事农民就聚集到定点的
神社寺院商讨应付的办法，久而久之便形成了以村为单位的“惣”。后来由于战争的频繁，在乡武士频频离开村庄，使得农民有了更多的自主权，他们常常联合起来缴纳地租，以后发展到集体对苛捐杂税进行抗争，“惣”常常有自己的武装力量，用来在战乱时期保卫村庄。而后来因为需要对以前共用的山地、森林、水源进行开发，许多相邻的自然村也组织在一起，形成更大的“惣”。而一向宗的传教对象正是这些基层的农民，也包括商人、手工业者和部分下级武士。通过宗教传播，一向宗的基层组织“讲”渐渐取代了“惣”，最初的“讲”是为了加强宗教生活和对弥陀本愿的信仰而设立的，但是渐渐的由于农民在集会时常常倾诉所遭受的种种痛苦，逐渐演变成为发泄不满的集会。再后来由于信仰的加强，农民们不再满足于来世的幻想，而想要争取现实的幸福。国人众最先发现了这种造反的倾向，他们也曾派兵镇压，但是感受到其强大力量的国人们反而加入到其中，企图利用这种力量，但是由于宗教组织的强力牵制，其愿望始终不能完全实现。
北陆地方最先发起一向一揆，他们无所不为，甚至烧毁房屋、砸坏佛像，使得当权者大为震惊。当时正在北陆传教的莲如却反对一向一揆，呼吁民众保持冷静。但是一向一揆并不理会，并于
长享二年(一四八八)以十万到二十万的兵力包围了加贺守护富樫政亲的高尾城，并于六月九日将其攻破，政亲自害。至此，加贺一国完全成为“无主之国”，由有力的国人代表与中小地主身份的寺院住持联合执政。《总见记》中这样描述农民当时的欣喜心情：“武家作地头事情难办，一向住持当领主可随心所欲度日。”
莲如眼见劝阻无效，只得于文明七年(一四七五)返回近畿。他在京都山科地区建造了本愿寺，以此为本山统治全国信徒。第十代法主证如将本山从京都山科迁移到大阪石山，这就是
石山本愿寺。而后开始大兴土木，不断扩大寺区，并将大量的手工业者及商人移居寺内町，且不断强化防卫措施。同时利用严密的组织向各地的信徒征收“志纳钱”，名义上作为对“佛”的敬贡，实则扩大自己的财力。至此，本愿寺已经成为全国可数的宗教势力。
其实历代法主都反对一向一揆，更不会煽动民众造反。但是这种独立于武家政权的强大势力毕竟引起了战国大名的不满。
织田信长从一开始就在不断的和领地内的一向一揆作斗争，终于在元龟元年(一五七零)发动了对本愿寺的全面战争，史称“石山战争”。当时的十一代法主显如光佐(一五四三～一五九二)发出了总动员令，号召全国的本愿寺信徒与信长作战。战争持续了十年，直到西历一五八零年，本愿寺实力消耗殆尽，最后求和而退出了石山，此战以本愿寺的失败而告终。