独孤善，字伏陀，
独孤信次子，母亲郭氏。他小时候很聪慧，善于骑马射箭。因为独孤信的功劳，被封为
魏宁县公。
西魏废帝元年，又依靠父亲的功勋授
骠骑大将军、
开府仪同三司，加侍中，进爵长安
郡公。北周建立后，担任河州刺史。
北周孝闵帝元年，楚国公赵贵因不满
宇文护改变原来
柱国之间的等夷关系擅权，联络
卫国公独孤信准备谋刺他，独孤信后来制止了赵贵。这事被开府
宇文盛告发，赵贵被杀，独孤信随后被赐自尽。
独孤善受到父亲之案的牵连，除名后长期废黜于家。
北周武帝保定三年，被授予了龙州刺史一职。当时龙州蛮任公忻、李国立等聚众为乱，独孤善不能抵御，被和洪取代。
天和六年，
周武帝杀死权臣宇文护，独孤信得到了平反。因此独孤善得以承袭父亲的爵位河内郡公，邑二千户。建德年间，他跟随周武帝讨伐北齐，因为战功得授
上开府。随后担任
兖州刺史，施政宽大仁惠，百姓安居乐业。不久去世于任上，年仅四十岁。
隋朝建立后，独孤善的七妹
独孤伽罗成为了
隋朝皇后。独孤伽罗备受隋文帝杨坚宠爱，因此独孤家族也受到了恩宠。独孤善是
文献皇后之兄，他被追赠
使持节、
柱国、定赵沧瀛
五州诸军事、
定州刺史等特殊荣宠。儿子独孤览曾担任
左候卫将军等职。