澎湖巡检司（澎湖寨巡检司），是元明时期设置于澎湖列岛的官署。在中国历史上，这是中央政权最早管理台、澎的行政机构。

澎湖寨巡检司，或称澎湖巡检司，设置于澎湖列岛。设治时间1292年（元世祖至元二十九年）也就是根据一般史书及元史、新元史，考定：“蒙元世祖远征日本因风失败，迂回台湾，道经澎湖设治澎湖，企图进取台湾，作为征日本之准备。”

该地方区划隶属于福建泉州府，主官为澎湖寨巡检。澎湖巡检司不但是澎湖群岛的首次行政区划，也是台湾地区的首次官署设置，但台湾本岛并未在内。这一机构原本设于澎湖岛，负责管理台澎地区事务。击败元朝取得中国政权的明朝仍依循前例于澎湖设置该官署。到了明代，由于倭寇出没，台澎地处海隅，明政府遂采取坚壁清野政策，1384年因为实施封海政策，予以废除。1563年，考量沿海治安等因素，明朝复设澎湖寨巡检司。此官署直至1622年，荷兰占领澎湖，1624年通过澎湖之战明朝收复澎湖。

元朝政府管辖澎湖、台湾地区的行政机构。元世祖灭宋后在澎湖设立巡检司，隶属于福建行省泉州路同安县，是中国在台湾附近岛屿设立正式建置的开始。

巡检司是中国元明清时期县级衙门底下的基层组织。该组织于元朝创造时，通常为管辖人烟稀少地方的非常设组织，除了无行政裁量权之外，也没有常设主官管，而且没有什么军事力量。明朝依其例沿用，不过佐以行政权力。

唐宋以来，内地屡遭战乱，百姓流离失所。尤其是宋朝南渡，政府偏安江南，沿海百姓渡海求生的人越来越多。到了元朝，到澎湖的汉人更多，他们已在此地建造茅屋，过着定居的生活，不仅到海上捕捞鱼虾，而且在岛上种植胡麻、绿豆，放牧成群的山羊，形成男子耕、渔、牧，女子纺织的聚落社会。大陆汉人开拓澎湖之后，开始向台湾岛发展。据亲自到过台湾的元代著名地理学家汪大渊所著《岛夷志略》记载，当时台湾东部高山峻岭，林木葱郁，西部平原土地肥沃，种植黄豆、黍子。大陆商人将处川的瓷器等货物运到台湾与当地土著居民交换硫黄、黄蜡和庞皮。

随着大陆人民的不断迁居澎湖，宋元政府注意并开始了对澎湖的管理。

曾在福建任官的南宋著名诗人陆游（1125―1210）的感昔诗说：“行年三十忆南游，稳驾沧溟万斛舟。尝记早秋雷雨后，舵师指点说琉求。”由此说明东南沿海百姓对琉球（台湾）是了解的。

南宋乾道年间已派兵到澎湖巡防。宋代文献《汪公行壮》中记载，1171年（乾道七年）汪大猷当泉州郡守，当时海上有沙洲数万亩，称为“平湖”。时有毗舍邪人侵入，割尽人民所种的作物。后来，为保护当地百姓的利益，汪大猷在平湖建造房屋对200间，派军民屯戍。这里所说的“平湖”，就是澎湖。稍后，宋人赵汝适的《诸蕃志》写道：“泉有海岛曰澎湖，隶晋江县。”从这些记载中可以看出，当时澎湖已有不少居民，并在那里定居，而且已经从事粮食和经济作物的种植。更值得注意的是，宋朝政府已经在澎湖戍兵防守，澎湖已经归福建晋江县管辖了。这是封建政府第一次在台澎地区正式驻军。

《元史·琉求传》说：“琉球在南海之东，漳、泉、兴、福四州界内，彭湖诸岛与琉求相对。”从对地理位置的描述中可以看出，这里的琉求指的是台湾。

公元1280―1368年，元世祖忽必烈要求日本镰仓幕府朝贡，因被拒绝，于是出兵征讨日本，途经琉球（台湾）和澎湖。

元朝至元二十八年（1291年），海船副万户杨祥请求带兵6000人前往流求招降，如其不服就发兵攻击，朝廷从其请。当时有从小生长福建沿海、熟知海道利病的吴志斗主张先从澎湖发船往谕，了解水势地利，然后发兵。当年10月，元政府命杨祥为宣抚使，给金符，吴志斗为礼部员外郎、阮鉴为兵部员外郎，给银符，往使流求，这是元朝当局经营流求的开始。第二年，他们从汀路尾澳起航，船行不久，望见一个低而长的岛屿，杨祥以为已到流求，率众船停靠岛边，命令刘闰带领200余人分乘11艘小船上岸。岛上的人听不懂他们的话，引起争执，元军被杀 3人，不得不撤到船上，继续航行，抵达澎湖。第二天，因吴志斗失踪，只好返航，招渝流求的任务没有完成。过了5年，成宗元贞三年（1297年），元朝政府改福建省为福建平海等处行中书省，并由福州“徒治泉州，以图流求”。同年九月，福建平章政事高兴派省都镇抚张浩、福州新军万户张进二人率军再次赴流求招谕。这七八年是元朝积极经营台湾的时期。大约就在这个时期，为了便于对流求的管理，在1292―1294年元政府在澎湖设立了巡检司，隶属于晋江县、巡检职位很低，只有九品，主要负责巡逻和查缉罪犯，并兼办盐课。澎湖巡检司的出现，说明元朝政府已经在这个地区设置了行政管理机构。宋元两朝在澎湖群岛驻兵建置，说明早在12、13世纪，澎湖群岛就已经纳入中国版图了。

元代台湾称为“留求”，或者“琉求”。元朝初期，积极经略海外，曾派兵南征安南、占城和爪哇，两次东征日本，对于近在咫尺的台湾，自然不能无意，故有两次招抚台湾之举。据《元史》琉求传记载，至元二十八年(1291年)冬十月，元世祖派遣杨祥、吴志斗、阮鉴等一行，携带诏书，出使招谕留求。次年春夏之交，他们自澎湖出发，遇到一个“山长而低者”的地方，派人登岸察看，因言语不晓，被杀死三人，遂无功而还。对于此行，他们内部意见分歧，杨祥以为到了留求，要求阮鉴、吴志斗出具“已到留求文字”，而二人则不同意。就事理推断，此行既从澎湖出发，到达海上“山长而低者”的地方，这里的人不晓语言，自是番人居住的地方，因而可能是台湾西海岸的某个地点。这个“山长而低者”的地方，不可能是澎湖群岛的某个岛屿，因为澎湖群岛仅有汉民，而无番人。

元成宗元贞三年

(1279年)，即大德元年，福建行省平章政事高兴上奏说，今行省由福州徒治泉州，离留求很近，可随时侦察消息，斟酌招降或讨伐，不必调动他处兵力，愿意就近一试。九月间，高兴派遣张浩、张进赴留求国，生擒130余人而还。第二年正月，又将所俘留求人放回，要他们效顺，但无下文。有关的情况在《元史》中有如下的记载：

“琉求，在南海之东。漳、泉、兴、福四州界内彭湖诸岛，与琉求相对，亦素不通。天气清明时，望之隐约若烟若雾，其远不知几千里也。西南北岸皆水，至彭湖渐低，近琉求则谓之落漈，漈者，水趋下而不回也。凡西岸渔舟到彭湖已下，遇飓风发作，漂流落漈，回者百一。琉求，在外夷最小而险者也。汉、唐以来，史所不载，近代诸蕃市舶不闻至其国。

世祖至元二十八年九月

世祖至元二十八年九月，海船副万户杨祥请以六千军往降之，不听命则遂伐之，朝廷从其请。继有书生吴志斗者上言生长福建，熟知海道利病，以为若欲收附，且就彭湖发船往谕，相水势地利，然后兴兵未晚也。冬十月，乃命杨祥充宣抚使，给金符，吴志斗礼部员外郎，阮鉴兵部员外郎，并给银符，往使琉求。诏曰：“收抚江南已十七年，海外诸蕃罔不臣属。惟琉求迩闽境，未曾归附。议者请即加兵。朕惟祖宗立法，凡不庭之国，先遣使招谕，来则按堵如故，否则必致征讨。今止其兵，命杨祥、阮鉴往谕汝国。果能慕义来朝，存尔国祀，保尔黎庶；若不效顺，自恃险阻，舟师奄及，恐贻后悔。尔其慎择之。”

世祖至元二十九年

二十九年三月二十九日，自汀路尾澳舟行，至是日巳时，海洋中正东望见有山长而低者，约去五十里。祥称是琉求国，鉴称不知的否。祥乘小舟至低山下，以其人众，不亲上，令军官刘闰等二百余人以小舟十一艘，载军器，领三屿人陈辉者登岸。岸上人众不晓三屿人语，为其杀死者三人，遂还。四月二日，至彭湖。祥责鉴、志斗“已至琉求”文字，二人不从。明日，不见志斗踪迹，觅之无有也。先，志斗尝斥言祥生事要功，欲取富贵，其言诞妄难信，至是，疑祥害之。祥顾称志斗初言琉求不可往，今祥已至琉求而还，志斗惧罪逃去。志斗妻子诉于官。有旨，发祥、鉴还福建置对。后遇赦，不竟其事。

成宗元贞三年

福建省平章政事高兴言，今立省泉州，距琉求为近，可伺其消息，或宜招宜伐，不必它调兵力，兴请就近试之。九月，高兴遣省都镇抚张浩、福州新军万户张进赴琉求国，禽生口一百三十余人。”

元代两次招抚台湾没有结果，但在澎湖却有建置，设立了巡检司，隶属于泉州府同安县。这是大陆政府在澎湖建立正式政权机构的开始。元代澎湖巡检司设置于何时?学者有不同意见，尚无定论。据元人汪大渊的《岛夷志略》说：“至元间，立巡检司。”但元代有两次“至元”年号，一为元世祖的“至元”(1264—1294年)，一为元惠宗的“至元”(1335—1340年)。《岛夷志略》所谓的“至元”，是指哪次“至元”而言?清代所修的台湾地方志，大都指出元代澎湖巡检司设于元朝末年。如范咸的《重修台湾府志》说：“至元末，置巡司。”谢金銮的《续修台湾县志》说：“元之末，于澎湖设巡检司，以隶同安。”鲁鼎梅主修的《重修台湾县志》说：“元末置巡检司于澎湖。”林豪原纂、薛绍元删补的《澎湖厅志》说：“元末置巡司，属同安县兼辖。”清人顾祖禹的《读史方舆纪要》福建“澎湖屿”条也说：“至元末，置巡司于此。”若参照这些记载来看，《岛夷志略》所谓的“至元”，应是指元顺帝的“至元”而言，顺帝的“至元”自是元末了。 元末顺帝年间，汪大渊两次附搭海船，到南洋一带游历数年，在至正九年(1349年)，就其亲所见闻，写成《岛夷志略》一书。书中记述“琉球”说，特产有沙金、黄豆、黍子、硫黄、黄蜡、鹿、豹、麂皮等。而“贸易之货”，有“处州磁器”之类，“海外诸国盖由此始”，可见当时台湾与大陆之间已有贸易联系，大陆往来各国的商舶时常经过台湾。汪大渊曾登上极高峻的峙山，观海潮，望日出。其所登的峙山为今台湾何山，诸家说法不一，总之是台湾西海岸的某山。书中又记述“彭湖”说，“岛分三十有六”，“泉人结茅为屋居之”，人多长寿，男女皆着布衣，地产胡麻、绿豆、山羊数万成群。观此光景，泉州人移居澎湖已经不少。