至元十六年(1279年)，又在泉州增置
泉州行省；十七年(1280年)，合并省，复称福建行省，治于泉州；十八年(1281年)，移治福州；十九年(1282年)，又回泉州；复于是年五月，先并江西、福建二省为一，继而分置福建、泉州二省；二十年(1283年)，又并泉州行省，先是移治漳州，后迁福州；
至元二十二年(
1285年)，福建行省并入江西等处行中书省，二十一年(1284年)，中书省言：“福建行省军饷绝少，必于扬州转输，事多迟误。若并两省为一，分命省臣治泉州为便”，于是诏以中书右丞行省事忙兀台为江淮等处行中书省平章政事，而以行省左丞忽剌出、蒲寿庚、参政管如德分省泉州；二十二年(1285年)正月，又废，立宣慰使司，隶江西行省；二十三年(1286年)，复设福建行省，旋即并入江浙行省；二十五年(1287年)，漳州盗起，曾命江浙行省调兵讨之，是年已有福建行省见于记载，盖又复；二十八年(1290年)废；二十九年(1291年)又置。大德元年(1297年)，改称福建平海等处行中书省，移治泉州。至大德三年(1299年)，又罢，而置福建宣慰使司都元帅府，隶属江浙行省。
元至正十六年(1356年)，又以
宣慰使司都元帅府改置为福建行中书省，至是，福建再次建省。后因军事需要，至正十八年(1358年)，置建宁、泉州分省；十九年(1359年)，又置兴化分省；二十四年(1364年)，增延平分省。明洪武元年均废。