正德十四年（1519），
明武宗下诏准备南巡，汪应轸上书反对。
奏疏入宫，
留中。汪应轸又与
修撰舒芬等接连上章请愿。汪应轸在
阙门下跪，被罚
杖刑，几乎毙命。教习庶吉士结束后，拟任
给事中。有旨补任外官，出任
泗州知州。泗州土瘠民惰，不知
农桑。汪应轸鼓励农民努力耕作，买桑树栽种。招募江南
女工，教以
蚕缫织作。从此民足衣食。明武宗南巡，
宦官扰动沿途。汪应轸率壮夫百余人列于码头，舟至，则将它拉出州境。明武宗驻
南京，命各州进献善歌吹的美妇数十人。汪应轸进言：“本州子女
荒陋，无以应
敕旨。臣向募有
桑妇，请纳之宫中，传受蚕事。”事情于是作罢。
明世宗即位，召为
户科给事中。
山东矿盗起事，劫掠
东昌府、
兖州，波及
畿辅、
河南的地界。汪应轸上奏进言：“弭盗与御寇不同。御寇之法，驱之境外而已。若弭盗而纵使出境，是嫁祸于邻国也。凡一方有警，不行扑灭，致延蔓他境者，俱宜重论。”得到采纳。有人参奏
王守仁报捷失实，
爵赏大过，宜当
追夺，汪应轸上书为王阳明申辩。在户科一年多，所上三十余疏，咸切
时弊。为了便于赡养父母，汪应轸请求改任南京，于是调任南京户科给事中。
张璁、
桂萼在南京，讨论追尊献皇帝。两人素来了解知道汪应轸的名声，欲拉拢他帮助自己。汪应轸参与讨论不合，即上奏请求遵礼经、崇正统，以安人心。美誉答复。
嘉靖三年（1524）春，出为
江西佥事。任职两年后，汪应轸得罪
巡抚，上疏称病，不等回复而归乡，筑“乐遂亭”，为
巡按所弹劾。朝廷下诏官府逮捕审问。汪应轸自陈父母年老，没有兄弟，请求侍养。吏部为他求情，得以释放。很久以后，
廷臣相继推荐，官复原职，视江西
学政。
丁父艰归乡，病逝。