接合菌亚门Zygomycotina，真菌门的一亚门。该亚门成员的菌丝体无隔，少数在幼嫩时产生隔膜，细胞壁由几丁质和壳聚质构成。无性繁殖主要产生生在孢子囊内的孢囊孢子，孢囊孢子无鞭毛，不能游动。少数种类还可形成虫菌体、节孢子、变形细胞等。有性生殖由相同的或不同的菌丝所产生的两个同形等大或同形不等大的配子囊，经过接合后形成球形或双锥形的接合孢子。

有性过程进行接合生殖，产生接合孢子的一大类真菌。菌丝发达多分枝，无横隔，多核。无性生殖在菌丝顶端有多核原生质密集，膨大形成孢子囊；孢子囊可在营养菌丝顶端或分生孢子梗上形成，孢子梗分枝或不分枝。

孢子囊内产生大量不动的孢子，称为孢囊孢子。孢子囊成熟后破裂，孢子随风散布，在适宜条件下再萌发长成菌丝。有性生殖，菌丝靠近，前端膨大形成配子囊，配子囊接触，前端破裂，原生质体融合，形成接合孢子（合子），此为异宗配合。接合孢子黑色，为二倍体。外有原壁及突起。经休眠后在适宜条件下萌发，经减数发裂，形成菌丝。有的种类可在同一菌丝的不同部位产生配子囊，形成接合孢子，为同宗配合。本亚门真菌没有具鞭毛的孢子和配子，已明显由水生发展到陆生。大多腐生，少数寄生。主要代表有毛霉属和根霉属。

该亚门下分接合菌纲和毛菌纲2纲，约110属610种。其中许多真菌是食品、发酵、医药等工业的生产菌，有的是造林方面的重要菌根菌，有的是人、畜及其他动物的寄生菌和高等植物的弱寄生菌。条件适宜时常可引起食品、果蔬等霉烂变质。其在工业生产中能使淀粉糖化。