《命令与征服：心灵终结》（英文名：Command & Conquer : Mental Omega）是以Speeder为领导者的Mentalmeisters工作组制作的，基于
红色警戒2：尤里的复仇的一款mod，简称MO。该mod自2005年发布第一版开始便一直以高品质著称，号称“几乎完美的尤里的复仇”（Almost Perfect Yuri's Revenge）。Mentalmeisters于2016年12月16日发布了心灵终结3.3版本，该系列的后续更新正以发布补丁的形式进行，最新的3.3.6版本已于北京时间2021年10月29日晚间放出。
作者介绍
大部分人认为心灵终结是波兰的作品，这其实并不准确。
事实上，Mental meisters的成员来自世界各地，例如来自新加坡的Lovalmidas，来自中国的Toveena、Sandman等。所谓心灵终结是波兰的作品，只是因为Mentalmeisters的领导者Speeder是波兰人。最初的Mentalmeisters成员较少，但后来不断有新成员加入。如今，Mentalmeisters已经发展为拥有十几名成员的团队。
除了工作组的成员外，来自世界各地的红警爱好者们也为心灵终结项目做出了许多贡献，像是为这个mod提供素材或制作地图。而到了3.0，大部分新单位的语音都是由玩家自己配的（而不是像过去的mod那样剪辑现有的语音）。心灵终结3.0版本还从
Frank Klepacki（红色警戒系列的官方配乐师）、Black Ice 9、World Beyond等音乐人那里购买了BGM。可以说，心灵终结如今的辉煌，是由全世界热爱红警的人共同创造的。
Mentalmeisters成员如下：
现任成员：
Speeder（波兰）：Mentalmeisters的领导者及创立者，心灵终结系列的剧情创作者；也是任务设计师、地图作者及代码师。
Mevitar（波兰）：Mentalmeisters的创始者之一。是3D美工、代码师及地图作者。
Nooze（芬兰）：3D、2D美工，擅长制作建筑素材和载入图。
Ollerus（中国）：任务设计师、任务编辑者、地图作者及代码师，也是心灵终结官方中文版负责人。
Esther（中国）：任务设计师及地图作者。
Beixya（中国）：任务设计师及地图作者。
Terumasa（中国）：任务设计师、地图作者及任务编辑者。
Fortranm：任务设计师及任务编辑者。
Takitoru（中国）：任务设计师及地图作者。
Gigacore（中国）：任务设计师及地图作者。
Sandman（中国）：任务设计师及地图作者。
ONEX（中国）：Voxel美工，现任的单位素材制作师。
Damfoos（俄罗斯）：心灵终结官方俄语版负责人，也是平面设计师。
Martinoz（波兰）：负责宣传，也是Mentalmeisters官方IRC聊天室的负责人。
曾任成员：
BlackSnow（西班牙）：曾是任务设计师及地图作者。
Azri_Apoc（马来西亚）：Voxel美工，曾是Mentalmeisters的单位素材制作师。
ImP_RuLz（巴基斯坦）：3D美工，曾是Mentalmeisters的步兵素材制作师。
Lovalmidas（新加坡）：任务设计师及地图作者。
IForce（波兰）：任务设计师及地图作者。
RP（荷兰）：任务设计师及地图作者。
Zenothist（荷兰）：曾经负责宣传、官方网站维护和心灵终结剧情创作。
Toveena（旅美华人）：遭遇战地图作者，代码师。同时也负责中国的心灵终结社区。
Cesare（意大利）：地图作者。
The_4SG：3D美工，同样是建筑制作师。
除了Mentalmeisters成员之外，一些其他的程序设计者也为项目的发展做出了很大的贡献，如开发心灵终结3.0游戏平台ARES的AlexB、DCoder、Graion Dilach、pd、Renegade、Electro、Marshall；开发了3.3客户端的Rampastring；负责CnCNet5的Tomsons26、Iran、CCHyper；以及开发心灵终结3.0启动器的Thear等。
来自世界各地的红警爱好者们也为心灵终结项目做出了许多贡献，像是为这个mod提供素材或制作地图。而到了3.0，大部分新单位的语音都是由玩家自己配的（而不是像过去的mod那样剪辑现有的语音）。心灵终结3.0版本还从Frank Klepacki（红色警戒系列的官方配乐师）、Black Ice 9、World Beyond等音乐人那里购买了BGM。可以说，心灵终结如今的辉煌，是由全世界热爱红警的人共同创造的。
心灵终结2
心灵终结1于2005年推出，流通版本为1.2版
该版本只是在尤里的复仇的基础上进行了中小幅度的变动，没有新任务，使用的平台也没有被更换。但该版本为之后的2.0版本打下了基础，2.0乃至3.0的许多创意都来自它，例如红警爱好者耳熟能详的
百夫长攻城机甲、厄普西隆英雄
拉恩的原型“刺客”等。
心灵终结2.0c版本发布于2007年，是最广为人知的红警mod之一。更新版2.0psi及其修正补丁在2008-2010年期间发布，此外还有未开发完便夭折的2.5版本。
游戏特色
1、超过40种各有特长的新单位。
2、加入92张新遭遇战地图。
3、7种新的科技建筑。
4、26个对战模式。
5、已经修正所有的已知的、能修正的bug。
6、阵营设定为：6个
盟军阵营的国家、5个苏军阵营的国家、4个
厄普西隆的国家阵营（原来的
尤里国已经随着各国的胜利而消失，取而代之的是尤里重新组建的四个分部：
总部守卫、
天蝎组织、
心灵军团和
混乱部队）。
psi版任务地点
7、重新设定的尤里军团——尤里第五帝国。
8、新的国家优势和特色兵种。
9、剪辑原版动画并重新配音。
11、新的剧情以及3个阵营的新战役（盟军、苏军各9个，厄普西隆10个）。
12、经过强化的人工智能。
13、大量新的图像和音效。
14、PSI版拥有最终版音乐包。
16、减弱了
心灵控制技术作用，选择厄普西隆玩家将有更多的方式击败敌人。（
心灵控制塔改为轨道炮，
盖特机炮只能对空攻击。）
17、建筑物血量普遍增加，更不容易被摧毁，适合占领。
18、PSI版本拥有月球遭遇战（失落殖民地）（2.0C月球遭遇战地图被混编入其他选项内）
19、全新的我们熟悉的单位素材、图标，给你一个新的原版。
20、防御建筑可以升级，升级后威力更强，能自动维修。
21、除轰炸机外，所有战机都具有空战能力。
22、所有步兵的大小分辨率缩小，使得步兵和坦克的比例更加真实。
23、首创武器效果，步兵的轻武器不再能很容易的对付坦克，但反坦克导弹武器对坦克的伤害更大。
24、随机地图中加入沙漠环境、群岛地形、街区地形。
25、占领中立建筑物方式不再是一次搞定，在占领时会每个工程师只能消耗其一定血量（所以一定记得多造几个一块去，当然也可以先把它打残再占），残血后方可占领（而且还是残血，一定注意。）。但是可以在遭遇战页面，去除“多位工程师”选项。
国家介绍
盟军
美国：
特种部队：
艾布拉姆斯坦克。一种重型坦克，使用145mm火炮攻击坦克，用两具激光杀死步兵。
特殊战术：伏击战术。装甲单位和步兵单位移动速度+15%。
韩国：
特种部队：
黑鹰战机。强力的战机，导弹杀伤力强，使用机炮攻击步兵和空军。
特殊战术：空中威力。战斗机所有能力+20%，造价-20%。
精英部队：鹞式战斗机（即
入侵者战机）、
火箭飞行兵、
航空母舰。
法国：
特殊战术：强化防线。基地防御建筑装甲+25%。
精英部队：
幻影坦克、守卫大兵（即
重装大兵）、
神盾巡洋舰。
德国：
特种部队：
坦克杀手。比原版威力更强，且更擅长对付步兵和恐怖无人机（即
恐怖机器人）。
特殊战术：坦克机械学。车辆单位移动速度及装甲+12%。
英国：
特种部队：
天火坦克。强大的防空单位，使用激光攻击空中单位。
特殊战术：机动防御。步兵单位及车辆单位生命+15%。
希腊：
特种部队：
暴风雪坦克。使用远程冷冻炮杀伤步兵和载具，会留下有伤害的液氮云。
特殊战术：基地坚守。建筑物生命+25%。
苏联
苏俄：
特种部队：
磁能坦克。使用两具
磁暴线圈攻击，比原版装甲更高、威力更强。
特殊战术：重型装甲。车辆单位及船只单位装甲+25%。
伊拉克：
特种部队：
聚焦坦克。使用辐射炮进行攻击，装甲低但速度快，摧毁后会自爆。
特殊战术：核动力。车辆单位及船只移动速度+25%。
古巴：
特种部队：
九头蛇炮。使用机炮对步兵范围杀伤，使用反坦克导弹攻击载具，但装甲低。
特殊战术：规模化工事。基地防御建筑建造时间-20%。
朝鲜：
特种部队：
铁龙坦克。使用远程的负能量炮弹攻击，对步兵和坦克杀伤力极强，摧毁后会产生短时间铁幕。
特殊战术：基地扩张。基地建筑建造时间-25%。
中国：
特种部队：
帝王坦克。使用计算机远程控制敌方建筑，需要一段时间充能。
特殊战术：全民动员。步兵造价-20%（psi为15%）（时间也会对应减少）。
厄普西隆
心灵军团：
特种部队：
心灵炸裂装置/心灵震荡装置。自爆单位，对坦克和建筑威力极强。
特殊战术：免疫技术。步兵单位生命+25%。
混乱部队：
特种部队：
叛变之握。使用神经毒气令敌方地面单位自相残杀，对建筑使用集束火箭。
特殊战术：炼金术。矿石价值+15%。
精英部队：
梦魇步兵（2.0psi为毒害者，即
病毒狙击手）、
海橇艇、浮游飞碟（即
镭射幽浮）。
总部守卫：
psi变为
卡阿莫斯炮。两栖载具，使用高杀伤轨道炮攻击，但装甲弱。
特殊战术：快速反应。步兵移动速度+25% 。
天蝎组织：
psi保留奴隶矿场并加入
清道夫坦克。使用毒气攻击，可以碾压载具，杀死敌人可以获得资金。
特殊战术：量产技术。装甲部队建造速度+15%。
精英部队：
鞭打者轻型坦克（即
狂风坦克）、加特林坦克、
极速摩托车、兽化兵（即
狂兽人）。
游戏攻略
1.
屠杀坦克（
战神坦克）技术：需要有厄普西隆兵工厂，厄普西隆雷达球，盟军科技中心，渗透盟军科技。
2.
方阵坦克技术：需要有苏联兵工厂，盟军兵工厂，苏联雷达塔，盟军科技中心，渗透苏联科技。
3.
阿波罗无人机技术：需要有盟军兵工厂，厄普西隆雷达球，厄普西隆研究实验室，渗透厄普西隆科技（侦查用，心灵控制敌方单位，可控制单位上限为五，可看穿隐形，悬浮）。
4.
爱提那丽斯技术：需要有厄普西隆兵工厂，渗透厄普西隆科技，占领科技时间机。（两栖可载五人，使用坦克瘫痪波攻击，按部署攻击）
5.占领科技时间机后可得
猛犸坦克和宇航员、恐龙、电子人（获得的步兵单位依据阵营的不同而有所差异，盟军：电子人；苏军：宇航员；厄普西隆：恐龙）。
6.占领科技警察局可得警车，（FBI）警车，运输卡车（展开后变成装钱的箱子，净赚两千），扫描无人机（可探隐）。
7.渗透高科得来的科技步兵单位进入步兵战车变成“微波发射车”。英雄单位进入步兵战车变成“车载大炮”（对建筑威力较大，对车辆威力较小）。
8.卖掉苏联高科可得
黑客（部署后点击并远程瘫痪范围内1个敌人防御工事）。
9.卖掉建设中心可得技术员(血量很少，速度一般，可以占领一个装甲单位，自身无攻击)。
10.卖掉心灵支配仪可得心灵专家。
11.占领废弃研究仪可得“
火焰坦克”技术（擅长打建筑物秒兵）。
12.渗透科技表如下
盟渗透盟高科可得“
超时空突击队”（$2000海豹部队+超空间移动+清剿民房）
盟渗透苏高科可得
盟渗透厄高科可得“隐形突击队”（$1750海豹部队+隐形）
苏渗透盟高科可得“
超时空伊文”（$1750疯狂伊万+超空间移动）
苏渗透苏高科可得“
磁能依文”（$2000用磁能炸弹炸单位和建筑）和“
契特卡伊”($1000可以钻坦克，清剿民房)
苏渗透厄高科可得“隐形伊文”($1500疯狂伊万+隐形)
厄渗透盟高科可得“超空间专家”（$1250心灵专家+超空间移动）
厄渗透苏高科可得“磁能专家”（$1750心灵专家+可以打建筑坦克步兵的磁能波+两栖）
厄渗透厄高科可得“隐形专家”（$1750心灵专家+隐形）
厄渗透苏高科和厄克隆缸可得“变异兵”（$1200可以打翻坦克的黑色变异兵。只有PSI与2.5beta可造）
任意一方渗透盟、苏、厄三方高科可得“
沃尔科夫”终极英雄（$2500爆炸步枪+C4，不可两栖）
任务剧情
心灵终结2.0的剧情采用了红色警戒系列传统的3方不同时间轴模式。在战役中，玩家将扮演自己阵营的指挥官，领导自己的阵营取得最终的胜利。在盟军和苏联战役中，双方的首都在一开始便被厄普西隆攻破。盟军和苏联都需要一步一步地夺回失地并且制止心灵控制体系的进一步扩大，并在此过程中逐渐获得更强大的装备。在厄普西隆战役中，玩家扮演的指挥官原本是尤里的复仇中的苏联指挥官，因受到尤里胁迫而指挥厄普西隆军队。厄普西隆的战役主要专注于破坏行动，例如挑起朝鲜与韩国的战争、控制美苏的元首等。但是，指挥官会如此轻易地屈服吗?三大阵营的最后一关都以摧毁尤里的终极武器——
心灵终结仪为目标。
作为为数不多的拥有任务的mod，心灵终结2.0的任务质量精良，足以与官方媲美。
心灵终结3
心灵终结3.0第一公测版于2013年11月30日发布，新增系列战役第一幕——红色黎明（Red Dawn），包括36个军事行动（盟军、苏联和厄普西隆各12个）。该版本依托强大的Ares平台，对整个游戏架构进行了大幅革新，载具单位的模型都经过了3D重制，子阵营之间的差异也更加明显。
心灵终结3.3.0版于2016年12月16日发布，新增系列战役第二幕——厄普西隆纪元（Epsilon Era），包括42个军事行动（盟军、苏联和厄普西隆各12个，焚风反抗军有6个）。
3.3系列版本是心灵终结的最后一次大型更新，也标志着这个系列的终结。
游戏特色
随着尤里领导的厄普西隆军的崛起，盟军和苏联在这场大战中损失惨重，残余部队里的一些人在心灵终结战争期间开始组建新的联盟，使用更加先进的科学技术来与强大的厄普西隆军进行对抗，历经一系列艰难的斗争后，诞生了第四大主阵营——焚风反抗军。
作为3.3版本的重要组成部分，焚风反抗军同样拥有三个具备独特科技、战术和英雄的子阵营。
游戏中的每个子阵营都各具特色，拥有对应的旗帜，按照图中从左到右、从上到下的顺序它们分别为：
苏维埃联盟（The Soviet Union） ：中太联盟（
中国+亚太地区亲中派）、拉丁同盟（
拉丁美洲联盟）、
苏俄同盟国联军（The Allied Nations）：
欧洲联盟、太平洋阵线（
亚太地区亲盟派）、
美国厄普西隆军 （The Epsilon Army）：
心灵军团、
天蝎组织、
总部守卫焚风反抗军 （The Foehn Revolt）：狂鲨先锋、科洛尼亚侧翼、最后堡垒
新的战役
心灵终结3.3.6版本完整发布了四大阵营的共计97个战役（78个军事行动+19个特殊行动）。这些战役从不同的角度重新讲述了《命令与征服：红色警戒2》的篇章——第二次苏盟大战的爆发、阵营内部的矛盾以及尤里势力的崛起。3.3.0版推出的第二幕则是讲述一个全新的“
尤里的复仇”。
合作模式
除了原创的单机战役之外，游戏还为玩家准备了36个双人联机合作任务，它们与上文中的战役也存在一定关联，玩家无需进行额外设定即可进行。在3.3.4和更早的版本中，玩家可与一位友军AI进行联合作战，从3.3.5版开始，合作任务必须由两名人类玩家联网参与才可运行。
注：厄普西隆合作任务——困兽之斗（Conered）在3.3.3版本被移除。
挑战模式
它是心灵终结3.3系列版本新增的一种遭遇战模式，玩家要与另一位人类玩家或AI组队，在特定地图上共同抵御并最终消灭3个具备各种特殊加成的敌人，对玩家而言，这将是一场苦战。
新的遭遇战地图和游戏模式
心灵终结3.0在原有的基础上新增了超过300幅新遭遇战地图以及多个单机/多人新游戏模式，许多地图还添加了新的中立建筑，如科技定点炮台，科技机枪塔等，当你完成所有战役任务的时候才是新游戏的开始。
更完善的画面特效及音效
游戏里的每一个单位较于原版都拥有更加精致的美工和特效。每个新单位则拥有各自的配音。每一处修改都是为了将游戏的整体美感提升到了一个新的高度。
此外，在Ares游戏平台下，你可以用16:9的高清显示屏来体验新的3.3版本，还可以兼容新的操作系统。
新的游戏音轨
在数位知名音乐人的大力支持下，心灵终结3新增添了极具特色的游戏背景音乐。
用CncNet进行线上游戏
在CncNet的支持下，你可以免费进行多人游戏。并且3.3版本会完全基于CncNet5客户端，让这个游戏的多人模式更上一层楼。
持续的后续支持
新的升级系统可以让心灵终结3.3打补丁。制作组会关注玩家的反馈以及游戏中的bug，并持续加入新的地图、任务和单位。
阵营介绍
每个子阵营都拥有至少一名英雄单位，图2从左到右、从上到下依次为：
谭雅（美国）、
西格弗里德（欧洲联盟）、
友川纪夫（太平洋阵线）、
沃尔科夫和
契特卡伊（苏俄）、
莫拉莱斯（拉丁同盟）、
云茹（中国）、
天秤（心灵军团）、
马尔翁（天蝎组织）、
拉恩（总部守卫）、
菲因和
阿莉兹（狂鲨先锋）、
优莱卡（科洛尼亚侧翼）以及
乌拉甘（最后堡垒）。
以下是3.3.6版的阵营预览（各阵营的特色武器信息来自心灵终结官方网站，翻译均采用官方中文版）：
美利坚合众国（United States of America）
使用战术：
高机动单位和快速部署
激光武器
精确打击和精准武器
美国利用强大的激光技术来打败他们的敌人，而他们的终极武器：墨丘利卫星系统则把这一特性发挥到极致，毁灭性的激光炮可以向地球上的任何一个地方开火。他们以运用强大的精确打击武器为战争指导思想，利用迅疾的战机，受过良好训练的镇暴部队，运用先进激光武器的坦克和他们最好的探员——谭雅·亚当斯特工进行致命的快速打击。
随着苏联的入侵，美国人能够迅速部署在任何位置的特性成为了反击的关键。利用降落伞空投部署兵力是一个常用的策略，可以快速支援一个地区或对敌人进行奇袭。
独有军备：
支援技能：墨丘利激光打击、目标锁定、
空降部队、空降猎犬小队、
黑寡妇干扰机α（对应欧洲联盟和太平洋阵线的黑寡妇干扰机）、王蛇战机
欧洲联盟（Euro Alliance）
使用战术：
强调防御战术和防御型单位
先进而强大的武器装备
欧洲联盟在很大程度上依赖于命运科技——一个由已故的
阿尔伯特·爱因斯坦的继承者：西格弗里德领导的研发团队——给他们提供的高科技武器。命运科技一直致力于将爱因斯坦的技术在军事应用上进行进一步发展。这意味着一些奇特的技术，例如超时空、天气控制、光棱、幻影技术等填充了欧洲联盟军火库的很大一部分。
由于先前苏俄对欧洲的侵略，欧洲联盟一直在担心另一次攻击的到来；担心一旦美国从俄罗斯撤军，苏联就会对欧洲发动进攻。这导致防御和支援技术成为欧洲联盟战术的焦点，旨在迅速而有效地消除威胁，并确保自己的基地不遭到破坏。
独有军备：
载具：
执政官步兵装甲车、
骑士坦克、
幻影坦克、
光棱坦克、
冥卫坦克、圣骑士猎杀坦克（来自圣骑士增援）
太平洋阵线（Pacific Front）
使用战术：
多种多用途单位和支援单位
冷冻武器
使用远程武器和重型火炮
太平洋阵线是盟军最新的一员，他们为了应对共产主义中国的崛起而迅速加入。由于需要迅速动员尽可能多的部队来准备战争，太平洋阵线的部分军火库是由前平民或执法机器改造而成的军事武器组成的。
通过将长距离攻击和低温技术相结合，太平洋阵线为他们的盟友提供了全方位作战的能力。他们的英雄友川纪夫装备了强大的“加鲁达”动力装甲，和黑鹰战机一同宣誓了盟军对天空的绝对统治。
独有军备：
支援技能：猎杀机器人、西风定位机器人、寒冰屏障
苏维埃俄罗斯（Russia）
使用战术：
机械化单位和前线载具生产技术
专注于基于磁能技术的武器
苏维埃俄罗斯不仅是苏联战争机器的实际领导者，还是世界上国土面积最大的国家。广袤的苔原和家乡的草原迫使苏俄武装力量利用常规的坦克空降战术和非常规的前线生产技术，以减少他们重装甲单位的后勤及运输成本。
在第二次世界大战期间，苏俄征服了塞尔维亚，抓住了著名的发明家
尼古拉·特斯拉，并让他为苏俄将自己发明的机器武器化。这导致了先进的磁能武器在苏俄部队之中得到了广泛的应用，并极大地威慑了所有胆敢反对俄罗斯巨熊的人。
独有军备：
建筑：宫殿
步兵：
闪流步兵（对应拉丁同盟和中国的磁暴步兵）、
沃尔科夫、
契特卡伊载具：
猛虎装甲运输车（对应拉丁同盟和中国的半履带车）、犀牛重型坦克、
磁能坦克、
飞毛腿导弹发射车、
斯大林之拳、（均来自空降的）
九头蛇炮和
坦克歼击车海军：
阿库拉导弹潜艇（对应拉丁同盟和中国的库兹涅佐夫无畏舰）
支援技能：空降坦克、恐怖机器人降临、磁能过载、裂解防空塔
拉丁同盟（Latin Confederation）
使用战术：
擅长游击战
擅长骚扰和破坏
重视火焰武器
拉丁同盟是苏联政权的南美洲分部。拉丁同盟不能可靠地依赖于来自他们苏联盟友以及同僚的材料和军事支持，所以游击战和快速打击是常见的策略。
由于拉丁同盟的军械库主要由过时的苏联武器组成，使用烟雾弹来降低敌军在战场上的战斗力，以及对燃烧弹的大量运用已经成为了拉丁同盟策略的一部分。来自
拉丁美洲的优秀步兵支援和高度熟练的神射手——莫拉莱斯极大地补充这一策略。如猎豹一般迅捷而致命，拉丁同盟在战场上也是不容忽视的对手。
独有军备：
空军：劫掠者武装直升机
中国（China）
使用战术：
缓慢但火力强大的坚固重型单位
核能武器
EMP科技
中国是苏联军队最新的，但是不稳定的成员，使用最为厚重的坦克和无与伦比的火力来杀出一条道路。尽管他们的军队严重缺乏机动性和速度，但中国人并没有像苏俄同胞那样遭受盟军的制裁。这意味着强大的
核武器已不断发展，并已成为普遍的中国军备。
核武器和电磁技术的大规模使用使得直接攻击一个中国基地或与他们正面交战非常困难。再加上标志性的百夫长攻城机甲和年轻的天才科学家云茹的辅助，所有敌人都将会为有着雄心壮志的中国巨龙而颤抖。
独有军备：
步兵：
根除者（对应苏俄和拉丁同盟的辐射工兵）、
旋翼飞行兵、
云茹支援技能：放射性装甲γ（对应苏俄和拉丁同盟的放射性装甲β）、壁垒杀手、辐射四联空袭（对应苏俄和拉丁同盟的辐射空袭）、核能奔涌、
电磁脉冲心灵军团（PsiCorps）
使用战术：
专注于心灵控制武器
反重力和磁力科技
擅长发动全地形攻击和两栖攻击
心灵军团是厄普西隆军的先驱，由尤里亲自创办和领导。在他的指导下，心灵军团一直是心灵科技的领头人。尽管其军队的装甲普遍较差，在面对火力更强、数量更多的敌人时也能用心灵控制扭转局势。
心灵军团还进行了一大创举：使用反重力推进器来进一步增加载具的机动性和可操作性。对这些独特的、奇异的力量的运用，以及尤里所珍视的继承者和英雄——天秤，让心灵军团成为自由世界的最大威胁之一。
独有军备：
步兵：
心灵精英（对应天蝎组织和厄普西隆总部守卫的心灵专家）、
天秤、磁震恶徒
支援技能：天秤复制人、磁力射线
天蝎组织（Scorpion Cell）
使用战术：
数量压制以及游击战术
先进的化学武器库
天蝎组织是厄普西隆的非洲和中东分部，由卓越领袖拉什迪和他的左膀右臂，非洲最有名的杀手马尔翁领导。由于他们过去是一个恐怖组织，天蝎组织主要依靠掠夺来的武器和用废料巧妙组装起来的载具。使用不人道的武器，如烈性毒素和化学武器则可以让盟军和苏联的士兵受到肉体和士气上的双重打击。
这些装甲薄弱，但生产成本低而速度快的载具，意味着天蝎组织需要用庞大的数量压制敌人。这使得天蝎组织成为了一个冷酷无情的对手，它的成员都做好了在必要时以身犯险的准备。
独有军备：
建筑：化学研究组件（潘多拉枢纽的扩展组件）、假建造场、假潘多拉枢纽、假心灵支配仪
厄普西隆总部守卫（Epsilon Headquarters）
使用战术：
专注于以步兵为基础的战术
擅长控制领地
擅长隐形偷袭
厄普西隆总部守卫负责保卫厄普西隆在南极大陆上的指挥核心。因为总部守卫专门负责对尤里终极武器的保护，他们的工作将当今世界的军事技术推动到无法想象的地步。
由于在遗传学操作上的广泛研究，总部守卫的步兵队伍充满了基因突变的超级战士，并最终体现在在完美的杀人机器——拉恩身上。除此之外，总部守卫还制造了强大的空中要塞伊利卡拉，以保卫其终年冰封的据点。
独有军备：
建筑：基因研究组件（潘多拉枢纽的扩展组件）
狂鲨先锋（Haihead）
阵营特性：
专注于火力输出
使用先进的支援技术
狂鲨先锋的活动地点比较零碎，没有固定的活动地点，从加载图上可得知活动地点有美国东南部，外蒙古等地区。
狂鲨先锋最初成立时，其科技实力远不如科罗尼亚侧翼和最后堡垒，但是通过外来技术援助和自身发展，狂鲨先锋的科技实力已经可以和科罗尼亚侧翼与最后堡垒相提并论。焚风的标志是鲨鱼，鲨鱼，是深海中冷酷血腥的杀手。焚风作为反厄普西隆阵营，旨在如同鲨鱼一般。狂鲨先锋，他们不仅是焚风的先锋军，更如大白鲨一般令人颤抖。
独有军备：
支援技能：断电导弹、巨齿鲨竞技场、信号干扰
科洛尼亚侧翼（Wings of Coronia）
阵营特性：
专注于空中优势
使用强力的范围性杀伤武器
科洛尼亚侧翼位于一个永不停歇的超级飓风的风眼，有了飓风这个“天然”保护，心灵能量无法到达，而且攻击科洛尼亚侧翼的敌人也会被飓风撕碎。作为焚风的中坚力量，他们隐藏在这种危险至极的环境下并开发出了先进的飞行器，作为反厄普西隆的武器。
独有军备：
防御设施：轨道舱协议（焚风兵营的扩展组件）
步兵：
气压球使徒（纳米纤维同步后升级为气压球晋升者）、
优莱卡空军：
无齿翼龙攻击机、
长生鸟空中哨站、
先锋炮艇机（需借助先锋导航塔进入战场）
支援技能：天降神兵、先锋炮艇机、诱饵中队
最后堡垒（Last Bastion）
阵营特性：
专注于防御和持久作战
能够进行远程的区域封锁
作为焚风反抗军的大本营，同时也是狂鲨先锋与科洛尼亚侧翼的后台，最后堡垒位于阿拉斯加的主要活动基地可能于心灵终结战争的晚期建立，这里远离尤里位于南极洲的厄普西隆总部，几乎没有受到心灵控制能量的影响，为了拯救被心灵终结仪所洗脑的世界，他们由此而崛起。
独有军备：
步兵：
巨人克星（纳米纤维同步后升级为天神克星）、
乌拉甘空军：苍鹰攻击机（对应狂鲨先锋和科洛尼亚侧翼的秃鹰攻击机）
支援技能：纳米回复场、空降扫荡者无人机、M.A.D.地雷、造物惩击（需要机械造物提前部署）
中立科技
渗透科技
和2.0一样，心灵终结3拥有一系列的渗透单位。在3.0中，渗透单位仍然是步兵，而到了3.3，渗透单位变成了载具。以下是3.3中加入的渗透单位列表：
渗透四方高科，并拥有四方的兵营，可解锁
半机械特种兵。
注意：在心灵终结3.3.2版本中要获得渗透科技需同时渗透建造场和高科建筑（终极联盟模式中在建造了经济支援建筑后可直接建造），而在3.3.2之前的版本中要获得渗透科技只需渗透高科建筑，不需要渗透建造场。
3.3.6科技树
任务剧情
与心灵终结2相同，心灵终结3版本也引入了一套全新的战役。与2.0相比，心灵终结3的任务数量呈现爆炸式增长，3.3的第一版本包括了单人任务52个，合作任务28个，而以后则会有将近100个任务（其中包括了第四阵营
焚风的战役）。在质量方面，心灵终结3的任务较之前版本也有了较大提升，还加入了护送等之前未出现过的新模式。在剧情方面，心灵终结3一改传统红警的分开时间轴模式，所有阵营的任务都在同一时间线上，所以不同阵营的任务之间存在着许多关联。3.3的剧情分为第一幕和第二幕，第一幕重新讲述了红色警戒2中盟苏大战的故事（而并非接心灵终结2.0的剧情），第二幕则是全新的反厄普西隆战役。
以下是心灵终结3的剧情（剧透慎入）：
第一幕：红色黎明（Red Dawn）
第二次世界大战（即红色警戒1）结束后，苏联战败，受到盟军的操控。但是在战争开始前的数年，俄罗斯逐渐壮大并脱离了盟军的掌控。战争开始的十年前（即1972年），鲍里斯和莫拉莱斯前往东
乌克兰的美军实验室，夺回了苏联的半机械英雄
沃尔科夫和
契特卡伊的躯体（苏联附加任务：原型）。苏俄总理罗曼诺夫的军事顾问尤里使用心灵控制，干涉了盟军在俄罗斯境内的卫星发射中心，用火箭发射了一个特殊装置（厄普西隆合作任务：电视与谎言）。
1982年3月8日，苏联正式向盟军宣战。第三次世界大战爆发。美国虽然想启动
和平守卫者导弹进行反击，却遭到了尤里的破坏（厄普西隆01：和平守卫者）。苏俄攻入美国境内，虽然美军守住了
华盛顿（盟军01：赤色黎明），但
纽约和美国西海岸却被苏联攻陷（苏联01：血色蔓延；苏联02：金门之战；苏联合作任务：针尖麦芒）。与此同时，苏俄入侵乌克兰（厄普西隆02：助燃剂），并向欧洲进军。
在谭雅的协助下，美军夺回了
科罗拉多的空军基地（盟军02：鹰击长空）。拉丁同盟开始向美国南部出兵，美军运用空军防守住了拉丁同盟的入侵（盟军03：旅途之路）。美军同时防守住了拉丁同盟对洛杉矶的入侵（盟军合作任务：流浪车手），谭雅还协助盟军夺回了
佛罗里达州的海军基地（盟军04：天堂与地狱）并摧毁了拉丁同盟的白磷工厂（盟军合作任务：光辉岁月）。但拉丁同盟派出莫拉莱斯刺杀了美国总统（苏联03：生日快乐）。太平洋阵线进攻了苏俄本土，但被击退（苏联04：副作用；苏联合作任务：烧尽）。在此期间，尤里偷走了一辆
斯大林之拳，将其交给
天蝎组织的领导人
拉什迪，以开发自己的基地车（厄普西隆03：废料回收）。
苏联开始使用心灵控制战术与盟军作战，盟军发现并摧毁了纽约的
心灵信标（盟军05：坏苹果）。苏联在
圣路易斯和
芝加哥同时部署心灵信标，圣路易斯的心灵信标在将军同志的坚守下成功启动（苏联05：和平条约），而苏军在芝加哥更是建造了一个可以扩大心灵控制范围的装置——
心灵控制增幅器。美军迅速派出部队摧毁了心灵控制增幅器（盟军06：美丽心灵），但苏俄利用
白杨M发射台随后向芝加哥发射了一枚MIDAS洲际导弹，摧毁了大部分美军兵力。尤里虽然协助苏俄摧毁
巴哈马的美军航母舰队（厄普西隆04：海难），但暗中完成了机动建设车原型（厄普西隆合作任务：反击时刻）。
美国已经失去了战斗力，苏联开始把注意力放在欧洲上。沃尔科夫和契特卡伊对
巴黎的突袭扰乱了盟军的部署（苏联06：充电器），而拉丁同盟也登陆
西班牙（苏联合作任务：反客为主）。苏联和欧洲联盟为争夺港口，前后展开了数次交战（盟军合作任务：集体战争；苏联合作任务：悔改之时、焦土）。尤里因斯大林之拳失窃案受到怀疑，却控制盟军间谍继续窃取苏军科技以转移视线（厄普西隆05：人盾）。在非洲的美军为了维护非洲的稳定，派出部队夺回了被苏俄占据的非洲据点。却意外缴获了厄普西隆的机动建设车原型（盟军合作任务：执法者）。天蝎组织迅速做出反应，在盟军查明真相前销毁了机动建设车（厄普西隆06：闭锁空间）。
中国出兵进攻了日本，并开始支援苏俄在欧洲的作战。尤里与中国军方达成协定，以一个心灵信标为代价参与了一支中国部队的进攻，并控制了这支部队获得了日本的科研成果（厄普西隆07：另辟蹊径）。但在控制了日本后，为了获得金川工业的科研结果，中国又攻击了一处金川科研基地并获取了有关
未来坦克x-0的技术和与苏联抗衡的能力。（苏联隐秘任务：星蚀）与此同时，苏联意外发现命运科技设施继续消灭北美洲残余的盟军（苏联07：流言蜚语），并摧毁了命运科技的数个研究设施例如升级版雷达干扰器（即
裂缝产生器）、
超级雷神炮艇的生产工厂和气象晶体模型（苏联合作任务：夜幕降临、雷霆之神；厄普西隆合作任务：呼风唤雨）。为阻止苏俄继续使用洲际导弹，盟军破坏了
萨哈林岛的一座浓缩设施（盟军07：重锤出击），并摧毁了大部分装载着MIDAS弹头的白杨M（盟军08：
危机边缘），还顺便摧毁了中国的核研究设施（盟军合作任务：战争科学）。但两枚MIDAS弹头被尤里事先藏起，因而幸免于难。
拉丁同盟摧毁了
珍珠港的墨丘利卫星上线装置（苏联08：死从天降），而盟军也摧毁了拉丁同盟的自爆吉普车部队（盟军合作任务：进击的飞车）。欧洲联盟向盟军提供了悖论计划来反击苏联。苏俄和中国企图封锁盟军的通信，但是失败了（盟军09：零信号）。随后盟军从被中国占领的日本解救了参与悖论计划的科学家（盟军10：园丁），但由于中国使用EMP干扰，超时空传送发生了故障（苏联合作任务：尔虞我诈），科学家被传送到战场上。盟军不得不保护科学家进入
黑森林并摧毁了那里的苏军基地（盟军11：险象环生），但苏俄又在盟军的超时空进攻下发射了一枚MIDAS洲际导弹（苏联09：无果之路），摧毁了德国的盟军，所幸科学家被成功转移。盟军只得放弃德国（盟军合作任务：铁血战场），撤退至英国。由于超时空传送的不稳定，谭雅并未能顺利撤离柏林而被苏联逮捕。
尤里出尔反尔，将借给中国的心灵信标收回，控制了
西藏的中国军队（厄普西隆08：保险失效）。西藏心灵信标一事引起了苏俄的注意，苏俄派出沃尔科夫、契特卡伊和一架
基洛夫飞艇前去摧毁信标（苏联10：战争狂人），与此同时开始总攻英国，但盟军使用短剑防御系统来抵御洲际导弹，在
英吉利海峡全歼了苏联的海军（盟军12：曙光）。拉什迪被苏联抓获，由拉丁同盟关押在
关塔那摩监狱中，尤里铤而走险救出拉什迪（厄普西隆09：
杀戮战场）。苏联想要使用升级版的
天启坦克进攻盟军，但却被盟军渗透而失败（盟军合作任务：疯狂巨兽）。法国南部的盟军部队选择坚守领土，为盟军在英吉利海峡的反击争取了时间（盟军合作任务：没落之地）。盟军还占领了拉丁同盟的燃烧弹仓库，莫拉莱斯率领小队前去夺回了这些燃烧弹（苏联合作任务：薪火相传）。
苏俄的将军同志为了验证自己的怀疑，登陆了日本
鹿儿岛进行调查，到达后却发现鹿儿岛已被中国占领。中国想要破坏地震平衡杆一举消灭苏俄部队并毁灭证据，但遭到阻止（苏联11：不可撼动）。此时，尤里已经遭到了怀疑并离开了克里姆林宫。为了避免苏俄使用洲际导弹报复中国，中国提前渗透了存放最后一枚MIDAS洲际导弹的苏联基地并发动了突袭，尤里想要通过帮助苏联运送白杨M发射台重获信任，却在最后功亏一篑（厄普西隆10：焦点转移）。尤里只能离开苏俄，并趁中俄交战时期删除了心灵部门的军备资料（厄普西隆合作任务：失忆）。中国发动大军进攻
滨海边疆区，但以失败告终（苏联12：巨龙风暴）。与此同时，中国远在欧洲的远征军也遭到了沉重打击。为了保存尽可能多的实力以应对未来的威胁，中国开始将欧洲远征军大规模撤回本土（苏联特殊行动：猎头者）。
为了防止中国和太平洋阵线的联盟继续扩张，拉什迪派出马尔翁协助尤里挑起朝鲜和韩国的战争（厄普西隆11：奇点）。尤里的部队消灭了太平洋阵线的
冰雹攻城平台与其护送部队（厄普西隆合作任务：兵贵神速）。最终，尤里集结已经发展壮大的心灵军团，进攻了哈萨克斯坦的火箭发射基地（厄普西隆12：月光）。窃取了苏俄的火箭技术，并宣告了厄普西隆军的成立。而随着太平洋阵线在匪夷所思的动乱中惨败，友川纪夫不得不整合日韩等地的残存兵力，在回收必要的武器资料之后逃往大洋洲寻求帮助（盟军特殊行动：数码守护神）。
第二幕：厄普西隆纪元（Epsilon Era）
在苏联进攻英国失败后，战争陷入了僵持状态。在此期间，盟苏之间的摩擦时有发生（盟军合作任务：均势、王牌铁骑；苏联合作任务：财源）。这段时间尤里也成功阻止了一名中国特工泄露有关苏俄MIDAS的真相，让苏俄保持了“强大”（厄普西隆附加任务：沉默是金）。
1984年9月1日，美国反抗军对
华盛顿（此时已改名为斯大林顿）发动了大规模的反击。将军同志成功抵挡了这次入侵（苏联13：暗鸦），但状况随后发生了转变：华盛顿迅速被一支不明军队攻陷，将军同志本人也失去了音讯。所幸驻守于斯大林顿的两名苏联上校
雷泽诺夫和
库可夫及时行动，将军同志被救出并逃离此地（苏联14：复苏）。尤里宣告回归了，他不仅突袭了华盛顿，还在同一天对苏俄的心脏
莫斯科发起了袭击，夺走了苏俄的白杨M发射台，杀死了罗曼诺夫总理（厄普西隆13：征服者）。而天蝎组织积极配合心灵军团的行动，一举重创北非的拉丁同盟和美国侵略者（厄普西隆特殊行动：灰飞烟灭）。
趁着苏联指挥部陷入混乱的良机，盟军也开始了行动。9月5日，为了营救被关押在波兰
华沙的谭雅，西格弗里德亲自使用了第一套超时空军团战斗服（盟军13：美人鱼）。厄普西隆部队也开始在欧洲行动。位于西班牙
萨拉戈萨的克隆缸被尤里注入了基因病毒，拉恩以及大量的
狂兽人被制造出来，吞噬了这里的一切（厄普西隆14：狼群领袖），在盟军被迫离开英国伦敦南下过程中该基地被厄普西隆废弃，最后由雷泽诺夫上校和库可夫上校前往调查，与幸存者摧毁了被污染的克隆缸，阻止了病毒蔓延（苏联合作任务：沉醉）。厄普西隆还在苏俄部队的反击下保护了位于
罗马尼亚的科研设施，并研制出了心灵之主（厄普西隆15：记忆之主）。
尤里在
罗马建设了一座心灵控制增幅器（厄普西隆合作任务：
红衣主教）。为了不让心灵控制效果扩大至英国，谭雅和欧洲联盟部队发动了突袭（盟军14：傀儡师）。盟军之后对
挪威的科研设施发起了反击，阻止厄普西隆部队窃取科技的行为，并夺回了
梭鱼轰炸机的科技（盟军15：冷面狂人）。但在此期间，厄普西隆在德国回收了被苏联从
黑森林取得的
超时空传送仪初号机，为下一步行动做好了准备（厄普西隆16：十字路口）。
尤里计划暗杀一些阻碍他计划的人，其中就包括了莫拉莱斯。莫拉莱斯在
里约热内卢发出求救信号，拉丁同盟的部队抵达后却发现这里已经遍布了厄普西隆的克隆缸。最终莫拉莱斯成功撤离，克隆缸也被摧毁（苏联15：
逃出生天）。随后，苏联也得知了尤里的心灵控制增幅器计划，并发现厄普西隆在被核爆夷为平地的
芝加哥废墟上建立了增幅器。拉丁同盟的部队赶在了美国反抗军之前占领了这座增幅器（苏联16：赴汤蹈火）。厄普西隆则使用遍布美国的心灵信标来抵御增幅器，同时计划对将军同志进行暗杀，但是失败了（厄普西隆合作任务：唯心主义）。美国反抗军也占领了一座心灵信标，厄普西隆部队前去摧毁它，并保护了正在开发中的心灵支配仪（厄普西隆合作任务：单色光）。
通过解放戛纳的军事行动（盟军附加任务：顽疾），盟军在
摩洛哥又发现了一座处于天蝎组织控制之下的心灵控制增幅器，将其摧毁后却发现当地的美军不是受到了心灵控制，而是自愿加入厄普西隆的。增幅器和心灵信标只是为了调虎离山，引诱盟军指挥官离开英国（盟军16：幽灵狩猎）。与此同时，利用第一代超时空传送仪，厄普西隆趁盟军部队出征摩洛哥的时候，将
空中要塞伊利卡拉传送进了
伦敦，想要给盟军致命一击。但是就在即将得手之际，盟军的秘密武器，悖论计划的成果——
悖论引擎升空了，并使用时间静止瞬间摧毁了厄普西隆的入侵部队（厄普西隆17：天赐）。
随后，悖论引擎以及盟军主力部队开始远征。
心灵军团包围了
英国，并在
锡利群岛部署了大量
炼狱平台以击落悖论引擎。西格弗里德训练的第一批
超时空军团兵加入了战斗，他们清除了
炼狱平台，以使得悖论引擎可以成功通过（盟军17：瓶颈）。使用悖论引擎的时间静止，盟军对多个厄普西隆的非洲基地进行了打击。为了确保新武器的研发，天蝎组织在盟军的攻击下，成功将一些原型机转移至隧道中（厄普西隆18：生存本能）。悖论引擎在多次使用时间静止后，能量不足，盟军派出一支部队登上
特内里费岛，抢夺了厄普西隆的生化反应室为悖论引擎充能（盟军18：
歇斯底里）。
为了共同对付厄普西隆的威胁，苏俄和中国决定抛弃前嫌，在新加坡举行谈判。心灵军团部队和被控制的苏联部队企图阻止这次会议，但被中苏联军挫败（苏联17：主宰）。但最终谈判失败了，中国要求释放在中苏交战期间的战俘。苏俄同意了，但尤里则使用心灵控制进行破坏（苏联附加任务：杂音）。虽然挫败了尤里的计划，雷泽诺夫和库可夫却发现了中国的秘密计划：他们企图借助从
沃尔科夫身上获得的数据来开发自己的
半机械人先驱军团（苏联合作任务：钢骨）。最终雷泽诺夫和库可夫在
新疆摧毁了生产这些半机械人的纳米离心机（苏联18：心血结晶）。
为了应对不利局势，尤里决定提早出动“王牌”。他投放了一个空降舱，但着陆点——
托托亚岛被中国的太平洋舰队发现，并遭到了猛攻。心灵军团阻挡住了中国部队的进攻，直至空降舱降落。乘坐在空降舱里的“王牌”——
天秤出场了，并消灭了中国部队（厄普西隆19：血舞）。同时，拉恩的部队也袭击了
菲律宾莱特湾的中国基地，以探查他们成立的新联盟的情报（厄普西隆合作任务：隐喻）。得到的情报显示了中国正在研发的新科技，尤里决定对研发这些科技的设施进行打击（厄普西隆合作任务：科技封锁），同时出兵
克什米尔以调查这些科技的去向。
苏俄开始对中国独吞科技的行为产生了不信任。他们决定假装成被尤里心灵控制的军队，以夺取中国的科技秘密（苏联19：力量嗜欲）。但之后苏俄发现中国的新科技研发是由他们的科学家云茹主导的，而她已经研发出了强大的
百夫长攻城机甲。拉丁同盟前往克什米尔绞杀云茹，而厄普西隆部队也已经抵达了那里。拉丁同盟占领了云茹的中枢计算机，但随后克什米尔却毁于核爆——中国得到了在中苏交战期间被掩埋的最后一枚MIDAS弹头，这场爆炸杀死了莫拉莱斯以及各方的大量士兵（苏联20：惧之路）。
云茹在逃离苏军的围攻后，又被厄普西隆军队再次定位。天秤使用反重力场摧毁了百夫长攻城机甲，并奉命追击云茹，但后者使用EMP将天秤的CAS装置干扰，使其失去理智并进入暴走状态（厄普西隆20：机械首脑）。厄普西隆军队不得不在中国军队混战中回收暴走状态中的天秤（厄普西隆隐秘任务：血怒）。此时，云茹的计划也开始进行，新型人工智能沃克网也已上线。为了对抗真正的敌人尤里，云茹的部队被迫脱离了中国，并成功协助云茹逃离克什米尔地区（焚风01：背井离乡）。厄普西隆继续进行追击，云茹则夺取了哈萨克斯坦舍普琴科堡的铁翼喷气机并安全离开（焚风02：亡命之徒）。
亚太地区的太平洋阵线残军受厄普西隆侵略的影响再次被迫放弃领地。所幸，伦敦幸存者收到了他们的求救信号，并联合在巴拿马运河展开了一场护送行动进行会合（盟军特殊行动：殊途同归）。大西洋战线上，位于维尔京群岛的太平洋阵线部队为盟军提供了
天气控制机，并与西格弗里德的部队合力击退了心灵军团和被控制的苏俄部队的进攻（盟19：风暴使者）。厄普西隆随后启动了位于
亚马逊热带雨林的心灵控制增幅器，想要夺取天气控制机，他们还准备了两个
核弹发射井。谭雅和友川纪夫被传送到那里，摧毁了发射井和增幅器（盟军20：偏执狂）。于此同时一支盟军为筹措资金袭击了非洲一处富含油井的区域并成功回收了大量石油用作资金（盟军隐秘任务：金属盛宴）。而在发射井被摧毁后尤里计划使用一枚装载有核弹的火箭企图击毁悖论引擎，但被谭雅和友川纪夫破坏（盟军隐秘任务：交通管制）位于
圣胡安的美军部队向盟军大部队求救，太平洋阵线前去掩护这支美军部队撤离（盟军合作任务：低温）。厄普西隆在中国陷入克什米尔的泥潭之后趁虚而入，攻击了他们控制的更多区域（厄普西隆特殊行动：转瞬即逝）。
尤里发现了拉什迪的背叛行径，似乎他与中国达成了协定。尤里本想用增幅器来控制天蝎组织，但是失败了，于是他迅速派出天秤和
拉恩去斩草除根，剿灭拉什迪（厄普西隆21：黑曜石之海）。同时，厄普西隆还追查到了天蝎组织研发的
神经毒素，并派出部队去摧毁其研发设施（厄普西隆合作任务：
绝命毒师）。这次行动彻底击败了拉什迪，但拉什迪已经孤身逃出非洲，厄普西隆准备新建增幅器来控制残余的天蝎组织。但在比绍重建的计划因盟军南下而破产，只得选择修复一座早已毁坏的心灵控制增幅器，为确保成功派出了拉恩，最终在异教的指挥下，厄普西隆坚守住了盟军和天蝎组织的攻势成功启动了心灵控制增幅器（厄普西隆隐秘任务：夜行者）
而由于拉什迪孤身逃出非洲而被留下的马尔翁为了防止被尤里心灵控制袭击了一处天蝎组织存放
神经毒素的据点并取回了足够量的神经毒素（厄普西隆隐秘任务：劫后余生），之后与逃往大反抗军的拉什迪重新联络上的马尔翁被告知将部队和神经毒素存放在老地方。
盟军发现了一座位于
开普敦的大型厄普西隆海军基地，而这里也是厄普西隆的联络枢纽。盟军集中了所有的剩余部队，并与新组建的南十字军对这里展开了大规模的进攻。最终这里的厄普西隆被击溃，而承载了大量情报的雷达旋塔也被盟军所占领（盟军21：毫不留情）。通过这些情报，盟军发现了尤里位于
南极的最终基地。此时盟军已经所剩不多，而心灵军团又在
阿森松岛摧毁了悖论引擎的备用电池（厄普西隆合作任务：背刺）。盟军决定孤注一掷，让全军和悖论引擎向南极进发。借助悖论引擎的能力，盟军成功突破了南极洲的第一道防线（盟22：极昼）。但前景不容乐观：尤里的终极武器正在干扰他们的通讯，悖论引擎也无法长时间支撑。盟军部队只得各自为战，向位于
极点的厄普西隆核心基地推进......
苏联借助中国的科技将遍布欧洲的卫星系统重新连接，定位了在
瑞典雪地中的厄普西隆航天区，苏联占领了火箭发射台并将目标转向被发现的尤里
月球基地（苏联21：熔毁）。与此同时，厄普西隆的南极前线基地被盟军摧毁，但尤里的计划仍然没有准备完毕，他需要在之前夺取的超时空传送仪初号机里完成他的工作。异教不惜一切代价保护这座传送仪，但仍然不敌悖论引擎。尤里最终被传送回莫斯科，吸引苏军的注意。保护南极总部的重担交给了异教，天秤则在拉恩的护送下前往极点（厄普西隆22：
晴天霹雳）。而盟军在向南极深处进发的过程中发现了厄普西隆的不明用途克隆人，并将其逮捕以用于研究（盟军特殊行动：永眠）。苏军登陆月球一探究竟，并摧毁了厄普西隆的月球基地（苏联22：
地出）。他们获得了尤里就在
莫斯科的消息，于是准备借助月球基地的全球打击能力对他本人发动总攻。为响应苏军的总攻，各地的苏军向莫斯科攻去，并收复了天启坦克制造中心（苏联隐秘任务：破晓者）雷泽诺夫和
库可夫与一支苏军共同进攻了斯大林格勒，破坏了尤里企图用在此地的工业能力和心灵控制增幅器防御莫斯科的计划（苏联隐秘任务：战火兄弟连），月球的苏军主力则通过空投降落在莫斯科附近，为了能让主力部队打进莫斯科，他们必须使用轨道打击才能打开一条路，于是在将军同志的指挥下，苏军主力奇袭了莫斯科郊外的七座天剑防御装置并将之摧毁，但随后的轨道打击却因为干扰无差别的打击了莫斯科周围的一切，沃尔科夫虽然从这次打击中幸存，却因此失去主力部队的保护被尤里控制并带走（苏联23：致命冲击）随后苏军团结了主力部队，和乌拉尔方面军以及斯大林格勒方面军，进攻莫斯科，但尤里却使用埃列什伽基勒之手，佩龙旗舰和改造后的沃尔科夫进行抵抗，但终究被将军同志看破，被诛杀在莫斯科城中（苏联24：死神之手），之后将军同志出任苏联新总理，却在两天后的就职仪式上，看见了心灵终结仪发出的漫天紫光，在被心灵终结仪控制前的最后一刻，将军同志向月球基地发出了最后的命令：“千万不要回到莫斯科。”（苏联第二幕结局）
在云茹逃离后，中国开始怀疑内部出现了叛徒，并封锁了所有被他们占领的金川工业设施以防止泄露。云茹只得亲自前往
日本回收粒子撞击炮科技，并协助那里的太平洋阵线盟友对抗厄普西隆（焚风03：帝国飘摇）。这场战斗中获得的情报表明了各方的动向，距离尤里完成他计划的时间已所剩无几。日本的太平洋阵线部队也全部前往
白令海峡以准备下一步行动，之后为防止被尤里的最终计划摧毁，云茹决定袭击白令海中的一座尤里火箭发射基地，拉什迪亦在此地与云茹会和，但不知为何此地的厄普西隆军队却摧毁了火箭（焚风04：大洋彼岸），虽然无法逃往月球，但大反抗军决定前往离南极洲要塞“第二远”的地方，然而在焚风抵达之前，心灵终结仪就已经启动，但是由于不明原因，心灵终结仪的启动取消了，大反抗军孤注一掷，使用了所有原型机和最后的铁龙坦克，将希望角的美军解放，并向南极的盟军残部发出求救信号，然而抵达希望角的，却是盟军最后的残兵败将和以及悖论残骸（焚风05：天涯海角）
原来在不久之前，盟军利用强大的悖论引擎成功抵达了南极点——心灵终结仪的所在地，在悖论引擎的帮助下，南极点的盟军消灭了地表上用来防御心灵终结仪的厄普西隆部队和心灵能量源（盟军23：逆流而上）但是最后的恶灵巢和心灵能量源在地下，于是谭雅和西格弗里德前往心灵终结仪地下破坏最后的能量源和恶灵巢。但在他们回到地表之前，天秤出现于外围的盟军基地中，在异教的引导下摧毁了整个南十字军并杀死了南十字军的指挥官，并消灭了所有的“妹妹”抵达了最终阶段。友川纪夫试图用生命作为引导，使闪电风暴将天秤杀死。但未能如愿，被彻底进化的天秤反杀（厄普西隆23：现实与真实）随后，盟军与厄普西隆在南极点展开了一场殊死大战，天秤成功抵达心灵终结仪，发动第一次发动心灵终结却被盟军用时停阻止。随后天秤独自击退了悖论引擎，但再次启动心灵终结仪还需要时间，但同时盟军也需要时间去重新充能悖论引擎，但在异教的指挥下，盟军节节败退，最后翻盘的希望悖论引擎也被渗透，被关闭了武器和口袋空间，无力摧毁心灵终结仪，无奈之下，盟军启动一个新的计划，全军护送悖论引擎抵达心灵终结仪的附近并利用悖论引擎将其从世界上隔离，却再次被天秤击溃，全军几乎彻底覆灭，为了拖延心灵终结仪的的开机的时间，盟军指挥官驾驶悖论引擎冲击心灵终结仪而牺牲。（盟军24：罪与罚/厄普西隆24：通天之塔）虽然被重创，但是心灵终结仪依然屹立不倒，为了掩护人类最后的希望——盟军最后的残部和悖论引擎，西格弗里德使用了最后的超时空传送仪，以牺牲自己为代价，掩护谭雅和盟军残部乘坐悖论引擎使用超时空抵达阿拉斯加（盟军第二幕结局）在彻底剿灭了盟军在南极最后一点的军队后，异教和拉恩目送天秤进入了心灵终结仪，在漫天的紫光下，全球被心灵终结仪彻底控制，只有极少部分人得以幸存，异教则继承尤里的遗产成为了厄普西隆的领袖。（厄普西隆第二幕结局）
知道盟军的遭遇后，芸茹和拉什迪迅速研究起西格弗里德存放在悖论中的研究资料并发现了焚风计划：过载悖论引擎核心，使希望角从世界中被隔离出去，建立起人类自由意志最后的保护。虽然遭遇了大量厄普西隆部队的袭击，大反抗军依然稳住了阵脚，虽然有几次心灵终结仪的控制波抵达了希望角，但由于盟军在南极付出重大牺牲而造成的心灵终结仪被重创的结果，心灵控制波没有控制所有的大反抗军部队。随着悖论引擎核心过载，希望角从世界上被隔离出去，成为了人类最后的堡垒（焚风06：传承者）。在终于获得落脚地之后，芸茹用全息投影的方式告诉了幸存的众人她是如何发现厄普西隆的阴谋以及如何与拉什迪相识的（焚风附加任务：时间胶囊）。在过载悖论的随后几个月里，焚风的军队并没有在受到任何外来部队的打扰，他们成功地在希望角独立地发展了下去，并在某一天，代表光明和希望第一辆焚风机动建造车终于在活下来的众人眼前缓缓展开（焚风第二幕结局）
注：任务剧情总结 By 百夫长联盟