小蝙蝠亚目（Microchiroptera；英文名：insect-eating bats）是脊索动物门（Chordata）、脊椎动物亚门（Vertebrata）、哺乳纲（Mammalia）、翼手目（Chiroptera ）的一亚目。包括了翼手目的大部分物种。

小蝙蝠亚目动物第二指末端无爪，耳壳外缘不联成圆圈。通常具耳屏或对耳屏。腭部后缘不超过臼齿。颊齿多数均具尖锐齿尖，为典型的食虫性结构；多数体型较小。眼小，回声定位系统发达。吻较短。

以食昆虫为主，少数食花果或吸血。

小蝙蝠亚目现存15科（有人将吸血蝠亚科分出叶口蝠科，升格为吸血蝠科，将蹄蝠亚科分出叶口蝠科，升格为蹄蝠科，所以一说为17科）。中国有6科20属68种。

蝙蝠科 Myzopodidae

蝙蝠科，有36属316种，分为5亚科：彩蝠亚科Kerivoulidae、蝙蝠亚科Vespertilioninae、管鼻蝠亚科Murinidae、长翼蝠亚科Miniopteridae、裂豆蝠亚科Tomopeatidae。有耳屏，无鼻叶，但有些种类有褶皱，尾通常被尾膜包裹。多为食虫性，个别种食鱼。分布于较寒冷地区的种类有冬眠或者迁徙的习性。常见如普通伏翼Pipistrellus abramus、绒山蝠Nyctalus velutinus、中华鼠耳蝠Myotis chinensis、毛腿鼠耳蝠Myotis finbriatus、大足蝠Rickettia pilasa、折翼蝠Miniopterus schreibersi chinensis、绯鼠耳蝠Myotis formosus等。

叶口蝠科 Phyllostomatidae

叶口蝠科 ，有50属139种，分为8个亚科：叶口蝠亚科Phyllostomatinae、长舌蝠亚科Lonchophyllinae、狭叶蝠亚科Brachyphyllinae、花叶蝠亚科Phyllonycterinae、长舌叶口蝠亚科Glossphaginae、短尾叶口蝠亚科Garolliinae、尖皮蝠亚科Stenodermatinae、吸血蝠亚科Desmodontinae。分布于南美洲。鼻叶发达，有耳屏。体型和习性多样化。食性复杂，包括食虫、食果实或花蜜、食肉甚至吸血者。吸血蝠亚科的3种吸血蝠有时也单列为吸血蝠科Desmodontidae，是陆生脊椎动物中仅有的吸血的成员，常在地面用四肢灵活行走。长舌叶鼻蝠属Glossophaga和褐花蝠属Erophylla有特化的长鼻和长舌以便取食果实、蜜或花粉，也是植物重要授粉和传播种子媒体。有些种类栖息在棕榈叶下，把树叶咬折，让树叶的尖端向下悬挂而隐蔽自己。

菊头蝠科 Rhinolophidae

菊头蝠科 ，有10属129种，包括2亚科：菊头蝠亚科Rhinolophinae（1属63种）和蹄蝠亚科Hipposiderinae（9属66种）。主要分布于世界热带和亚热带地区，少数分布于温带。因有结构比较复杂的马蹄形鼻叶而得名，蹄蝠类稍弱，从鼻孔而非从嘴中发出声纳，耳朵较大但没有耳屏。常不同种十几只或几十只集群共居一个山洞，季节性出现同性群。。不畏光，不甚畏人。捕食蚊、鳞翅目昆虫。粪可入药。温带地区种类有冬眠习性。我国常见如皮氏菊头蝠Rhinolophus pearsonii、小菊头蝠Rhinolophus blyth、中菊头蝠Rhinolophus affinis、洛氏菊头蝠Rhinolophus rouxi、大耳菊头蝠Rhinolophus macrotis、大蹄蝠Hipposideros armiger、保亭蹄蝠Hipposideros larvatus等。

鼠尾蝠科 Rhinopomatidae

鼠尾蝠科，有1属3种。分布于亚洲南部到非洲北部。无鼻叶的中小型的蝙蝠。最显著的特征是有非常长的尾巴，是所有蝙蝠中尾巴最长者，几乎和身体等长。食虫性。比较适应干旱和半干旱的环境。

凹脸蝠科（混合蝠科）Craseonycteridae

凹脸蝠科（混合蝠科），仅1属1种，即凹脸蝠（混合蝠）Craseonycteris thonglongyai。于1973年发现于泰国西部。体长仅3厘米左右，体重不到2克，是最小的翼手目动物，但翼展却有17厘米。口鼻部略似猪鼻，无鼻叶，耳大而有隆起的耳屏，无尾。以昆虫为食。

鞘尾蝠科 Emballonuridae

鞘尾蝠科，有13属46种。广布于世界热带、亚热带地区。无鼻叶，尾部被尾膜包裹而尾尖突出在尾膜上，故名。喉部有可以分泌芳香分泌物的小囊，用以吸引异性。适应多种不同生活环境，但是一般不远离树木，主要食昆虫，有时也食果实作为补充。

假吸血蝠科（巨耳蝠科）Megadermatidae

假吸血蝠科（巨耳蝠科），仅4属5种。分布于非洲至大洋洲。体大，无尾，鼻叶发达，耳大而圆。原认为吸血，因而引人注意，现知其食肉，以其他蝙蝠、蜥蜴、小鼠等为食，故名。

兔唇蝠科 Nocilionidae

兔唇蝠科 ，仅1属2种。分布于拉丁美洲。体强壮。兔唇蝠Noctilio leporinus又称猛犬蝠、食鱼蝠，以食鱼著称，是仅有的以鱼为主食的蝙蝠。口鼻部尖而没有鼻叶，耳朵大而有小的耳屏，爪子锋利，可以抓住长达10厘米的小鱼，也能用爪子捕捉昆虫。

髯蝠科（妖面蝠科）Mormoopidae

髯蝠科（妖面蝠科），有2属8种。分布于美国亚利桑那州到巴西之间。无鼻叶，但唇和颊有复杂的皮褶，下唇似盘状膨大，耳很大并有复杂的耳屏。食虫性，其嘴部结构可能有助于捕食昆虫，喜群居，常在洞穴中结成大群。包括妖面蝠属（怪脸蝠属）Mormoops和裸背蝠属Pteronotus。

长腿蝠科（筒耳蝠科）Natalidae

长腿蝠科（筒耳蝠科），仅1属5种。分布于南美洲。体型较小，体长仅3～5.5厘米。两鼻孔接近，无鼻叶；耳朵大而呈漏斗型，有厚而弯曲的耳屏。四肢和尾均细长，尾被尾膜所包裹。雄蝠额头上有一个鳞茎状的分泌腺，其功能不明。食虫性，居住在多岩洞地区。

烟蝠科（狂翼蝠科）Furipteridae

烟蝠科（狂翼蝠科），仅2属2种。分布于中美洲到南美洲西北部。体较小，体长约4～6厘米。拇指退化而包裹在翼膜中。无鼻叶，耳朵呈漏斗状，有小的耳屏。食虫性，居住在岩洞中。

盘翼蝠科 Thyropteridae

盘翼蝠科 ，仅1属2种。分布于拉丁美洲从墨西哥南部到巴西森林中。体较小，体长仅3.4～5厘米，拇指和脚踝处各有一个吸盘，用以吸附光滑的树叶和树干。无鼻叶，耳朵呈漏斗状并有大的耳屏。栖息于卷曲的树叶中。

吸足蝠科 Myzopodidae

吸足蝠科 ，仅1属1种，即吸足蝠Myzopoda aurita。分布于马达加斯加岛。拇指和脚侧处特化为吸盘。耳朵尾巴均长，耳屏方型，和耳朵前缘相融合。与盘翼蝠形态和习性相似，是趋同近化的结果。

短尾蝠科（髭蝠科）Mystacinidae

短尾蝠科（髭蝠科），仅1属2种，分布于新西兰。其中强壮短尾蝠Mystacina robusta已灭绝，现仅存短尾蝠（髭蝠）Mystacina tuberculata。嘴上有浓密的触须，尾部短，耳朵大，耳屏长而狭窄。是所有蝙蝠中最常在地面活动的种类，可以灵活的用四肢在地面行走。食虫，也食果实和花蜜。

犬吻蝠科 Molossidae

犬吻蝠科，有12属79种。广布于世界热带、亚热带地区，少数分布在温带。吻宽阔，有些种类嘴唇有褶皱，没有鼻叶。尾长，部分露于尾膜之外，略似鼠尾。翅膀扇动频率比其他多数蝙蝠更快，飞行迅速。多数种类高度群居性，结成大群居住在岩洞、树洞甚至建筑物中。常见如皱唇犬吻蝠 Tadarida plicata。