孙恩（？－402年），字灵秀，琅琊临沂（今山东省临沂市）人，出身琅琊孙氏。东晋时期五斗米道士、起义军领袖。

孙恩出身琅琊孙氏，祖上是八王之乱时赵王司马伦的谋主孙秀，世奉五斗米道。其家族在东晋属于“寓居江左的次等士族”。陈寅恪则指出：“孙恩世居南方，与其他南来下层北人一样，经过土断，已变成南方的低下阶级”。孙恩的叔父孙泰师从钱塘（今浙江省杭州市）人杜子恭，学习秘术。杜子恭死后，孙泰继任五斗米道教主，教徒广布南方，曾经为会稽王司马道子做事。晋安帝隆安二年（398年），孙泰见王恭举兵对抗朝廷，有感晋朝国祚将倾，于是打算作乱。会稽内史谢輶揭发孙泰造反的阴谋，孙泰遭司马道子诛杀。孙恩此时逃入海岛（或为今舟山群岛）。孙泰余众当时认为孙泰是“蝉蜕登仙”，到海岛中支持孙恩，孙恩于是聚集了百多人，伺机复仇。

隆安三年（399年），东晋执政者司马元显（司马道子之子）征调因三吴门阀免除官奴身份成为佃客的广大民众，进入建康（今江苏省南京市）以充实兵员，称作“乐属”。此举激起当地门阀的愤怒不满；孙恩乘着人心不稳，率众乘机进攻上虞（今浙江上虞）并杀上虞县令，随后攻克会稽（今浙江绍兴），会稽内史王凝之被杀，孙恩部众增至数万人。当时会稽郡、吴郡、吴兴郡、义兴郡、临海郡、永嘉郡、东阳郡及新安郡皆有人响应孙恩叛变，三吴八郡于是一时皆叛，孙恩部众亦增至数十万人。当时郡县官员大多不是被杀就是弃郡逃亡，孙恩于是据守会稽，自号征东将军，为其党众改了个称号为“长生人”，并宣令诛杀异己，连婴孩也不放过，于是大量人死亡。朝廷内外戒严，遣徐州刺史谢琰与镇北将军刘牢之前往镇压，孙恩在得八郡响应下原打算攻陷建康推翻东晋，知道刘牢之兵临钱塘江时就打算割据会稽，以钱塘江与东晋分庭抗礼；不久刘牢之渡江，孙恩被逼率其所虏略的二十多万民众撤回海岛。当时孙恩在逃走时故意沿途留下虏劫得来的财宝器物以及年轻男女，争取刘牢之追军争相抢夺的时间以便逃亡。

隆安四年（400年）五月，孙恩率部众攻浃口（今镇海口），入余姚，破上虞，抵山阴县北之邢浦，被谢琰参军刘宣之击退后不久再度进军邢浦，并逼近会稽，守城的谢琰出战但战死。孙恩及后转攻临海。谢琰战死令朝廷大惊，派了桓不才、孙无终和高雅之领兵镇压。十一月，孙恩在余姚大败高雅之，但刘牢之及后却击败孙恩，孙恩再度逃入海岛。

隆安五年（401年）二月，孙恩率众第三次登陆，又攻浃口，进攻句章，但不能攻下并受刘牢之进击，于是撤回海岛。三月，孙恩第四度登陆，转攻海盐，但白天攻城遭刘裕击退，夜间试图进攻又被刘裕设计击败，孙恩于是转攻吴国内史袁山松守的沪渎。五月孙恩攻沪渎并杀袁山松，又从海路进至京口（今镇江），图取东晋京师建康，刘裕追孙恩至丹徒，以少胜多，大量孙恩部众堕海或堕崖，令孙恩狼狈登船逃走。不过孙恩仍自恃人多，不久就重整兵力再进建康，司马元显率兵拒战亦屡战不利。孙恩渐渐逼近，不过此时朝廷已经陈兵待战，豫州刺史司马尚之亦入援建康，孙恩乘虚掩袭建康的图谋失败，于是至新洲后就撤退，北走郁州。孙恩在郁州曾击败来攻的高雅之并俘虏他，但及后刘裕来讨，多场战事后孙恩大败，实力锐减，于是沿海南逃。南逃期间刘裕仍然一直追击，于是在沪渎又大败孙恩，孙恩于是在浃口再逃入海中。

元兴元年（402年）三月，桓玄消灭司马道子父子的势力，执掌朝政，孙恩乘时再度来攻，但进攻临海郡时被太守辛昺击败，孙恩屡次来侵所掳掠的三吴士民经上年大败给刘裕和此战后，至此死亡殆尽，仅余数千人。孙恩害怕被朝廷俘获，于是投海自尽，数百名他的妓妾和信奉他的部众皆随之而死，孙恩更被其信众称为“水仙”。孙恩死后，其妹夫卢循率领余众坚持斗争，直到义熙七年（411年）才被东晋剿灭。

在起兵的初期，孙恩听说有八个郡的民众起来响应他，不禁喜形于色，对属下说：“天下没大事了，过几天咱们就穿着朝廷的官服到建康去。”后来听说刘牢之来了，他又立即改变了远大目标，转而说：“就算我只割据浙东这块地方，总也能做个勾践！”又过了几天，听说刘牢之已经带着军队渡江，他又放低了目标，说：“就算逃走，也没什么丢人的！”

孙恩著有《孙恩集》五卷，到隋唐时仍存于世，现已亡佚。

《晋书·卷一百·列传第七十》

丁玉柱《海洋文化》：虽然在三吴地区造成了很大的影响，但孙恩除了会用宗教迷惑人以外，并没有多少才能和远见。他带领的军队一派流寇作风，到了一个地方，除了杀死地方官之外，就只会劫掠财物，烧毁仓库房屋，甚至于砍伐树木，填埋水井，完全是一个疯狂的破坏者形象。他出身于次等士族之家，本来就恨世家大族占据着高位，让他们难有机会进阶，所以对他们的屠戮也格外严重。王家和谢家首当其冲，除了王凝之以外，包括谢安的两个侄子在内的许多王谢子弟都被杀死。

如果孙恩的政治才能再高一些，他本来会有更大的作为。但他缺乏政治远见，也没有坚定的意志，这些都注定了他的事业不可能长久。孙恩海上反乱被称为“中原海寇之始”，为后世海盗活动提供了经验。后人常称海盗为孙恩，孙恩成了海盗的代名词。

我国史学界对于孙恩的评价，过去一直以农民起义领袖为主流，因而给予正面评价。只有范文澜否定孙恩起兵的性质，认为他是窃取农民起义果实的野心家。史学家田余庆则强调：“孙恩不是一般意义的野心家，他的野心具有突破门阀政治这一时代特点，这与刘牢之、刘裕并无不同”，因此孙恩和刘裕同样是东晋门阀政治的“掘墓人”，而且还是刘裕的先行者；又认为“孙恩等的活动，客观上看来也是次等士族对门阀士族的一种反抗，但并不都是自觉行动。……孙恩、卢循虽然对门阀士族进行了冲击，以求改变自身的社会地位和政治地位，但在精神上仍受门阀士族的束缚，这一点与刘牢之相像。”