民国十二年（1923）
孙中山回粤，任大元帅，于3月2日组成陆海军大元帅大本营。大本营设外交、内政、财政、建设四部，法制、审计二局，并有参谋长、秘书长、参军长等
幕僚，另有大理院、
总检察厅。
总参议
胡汉民，为大元帅智囊团首席成员，参议若干名，均为有一定声望之士，如田桐、张继、邓泽如、谢持、
居正、
戴季陶、丁帷汾、茅祖权、
张知本、
覃振、王法勤、
王用宾等。
金库长林云陔，不久机构撤消，改设中央银行；中央银行行长
林云陔；
大元帅行营，设立于1923年6月的东征中，机构十分精干。
孙中山任命蒋介石为行营参谋长，
古应芬为秘书长。7月，蒋介石辞职回奉化，孙中山命高级参谋杨蓁暂代。 大本营创立于紧张、尖锐的军事、政治全面对抗时期，广东政局十分复杂，有人说：“广东这个地方可说是一座巴比伦迷宫，置身其中真使人茫然不知所措。”①大本营权力的运行主要依靠
孙中山的权威性和广东的财源，机构本身的行政效能往往不能真正发挥。1924年1月以后的国共合作是党务的合作，共产党人并未进入大本营工作，但因大本营的活动置于革命统一战线组织中国国民党的领导下，政权的性质不能不具有联合政权的特点。
综上所述，
孙中山从1917到1923年，在广东三次建立政权。前两次是护法政权，第三次放弃了护法口号，是一个反对
北洋军阀的军事政权。这3个政权在当时的中国政治格局中处于何等地位？ 就地域说，它们只拥有南方一隅，护法区域最广时，曾包括了广东、广西、云南、贵州、四川、闽南、湘南、湘西、鄂西、陕南等，但政府政令所能直接到达的，仅两广而已。全国大部分地区在
北洋政府的控制之下。有的论者从这一点出发，认为
孙中山在南方的3个政府只是地方政权。 的确，当时对外代表中国的，是位于北京的
北洋政府，它对内辖有全国大部分省区，外交上被承认为中国政府。如果否认这一点，不但不符合事实，且会在国际政治中引起法律上的麻烦。但确认这一点，并不就应当把南方政权当作一般地方政权看。
孙中山的南方政权建立了大体完整的中央制度，既有政府，又有国会。它拥有一大片行政区域，曾任命了7个省级政权（除西南六省外，还有陕西省），由此并建立了自己的地方制度。这些既不同于“土皇帝”阎锡山在省政权形式下对山西省的统治，也不同于“扩大会议”建立的北京国民政府和“非常会议”建立的广州国民政府，这两个国民政府徒具中央政府的空架子而无实际行政意义，而且昙花一现，转瞬即逝。 大凡一个革命性质的政权在初起时总是辖区较小，而反动政府则居于中央地位。
孙中山的南方政权以建立资产阶级共和国为目的，它比之
北洋军阀的统治是一个进步。
孙中山三次改变政权形式，而目的只有一个，反对封建
军阀，建立三民主义的中国。这样的政权自然有一个从小到大的过程。
北洋政府相对来说是一个“大政府”，但由于
军阀内部分赃不均，利益冲突，一些小军阀经常向中央大军阀宣布“独立”。如果说1918年至1920年间的北京还能号令占全国80%的省的话，从1920年下半年到1922年，就只有11个省区（占全国30个省区的1/3）能接受中央的命令了。指出这一点并非否定
北洋政府作为中央政府的地位，而是为了证明革命政府从小到大，直到统治全国，反动政府从大到小，直至灭亡的趋向。革命政府虽相对较小，但它是一个成长着的中央政府，一个将要实际统治全国的政府。从中华民国法统上看，南方政权才是民国之正统，其标志是：政权由民国缔造者
孙中山主持建立，孙中山无论在道义上还是实际政治上都是中华民国的化身，政权的政治方向是辛亥革命方向的继续，坚持实行真正的资产阶级民主制而不是
北洋军阀的以民国为招牌的封建军事专政；政权的阶级基础是
民族资产阶级，海外华侨也起重要作用，国内工人、农民因受孙中山号召力的影响而予以支持，西南军阀的参加政权是孙中山策略上的需要（他后来认识到了它们的性质，指出“南与北如一丘之貉”），这一点并不影响对于孙中山亲自主持的南方政权性质的认定。