嘉靖七年(1528),命修
通惠河,升任
工部都坐司
郎中。何栋疏凿故道,蓄水上流,建闸筑堤。五个月后,大功告成,粮运直抵
大通桥,每年节省运输费十二万缗,升俸一级,赐白金、彩币。历任
通政使司右通政,仍然监督
河务。
嘉靖二十九年(1550),
庚戌之变爆发,得到
徐阶的推荐,起任右
副都御史,
开府蓟州,
提督军务。何栋遍历关险,自
山海关到
居庸关,延绵二千余里,修筑边防,分为十区,计区戍兵,计兵设将,远近冲缓,各相联属,一遇警报,互相策应。何栋又恐兵分势寡,各设游兵列营应援,上疏安攘六事,得到
明世宗的采纳。
嘉靖三十年(1551),升任
兵部右侍郎兼
右佥都御史、
蓟辽总督。咸宁侯
仇鸾骄横贪功,请求讨伐
朵颜三卫,明世宗命何栋会剿。何栋上谏阻止说:“三卫为我
藩篱,世修
职贡。庚戊之变,实逆酋
通事陈志允、
哈舟儿为之向导,乃若因兹小丑,大开
边隙,是自彻藩篱,增一
勍敌,如
社稷陵寝何?”明世宗说:“御史言是”,于是将该事作罢。何栋密遣将士,指授方略,生擒两个向导,升任
兵部左侍郎,荫一子
锦衣卫正
千户。
嘉靖三十一年(1552),生擒孙黑子,赐白金、文绮,荫一子
冠带总旗,在正千户上加荫二级。何栋任职三年,计修
边墙三万八千丈,计获俘虏三百三十级。