中国科学院微生物研究所（Institute of Microbiology, Chinese Academy of Sciences）成立于1958年12月3日，由中国科学院应用真菌研究所和中国科学院北京微生物研究室合并而成。2007年，微生物所的大部分从中关村迁至朝阳区中国科学院奥运村生命科学园区。
历史沿革
合并前身
中国科学院应用真菌研究所组建于1956年12月，它的前身是中国科学院植物所真菌植物病理研究室。该室组建于1953年1月，它是由前中央研究院和北平研究院的两个植物研究所的真菌部分合并而成。
1956年，根据国家的远景科学规划，中国科学院决定将原真菌植物病理研究室扩建，并于56年10月迁址到中关村，12月3日正式下文成立中国科学院应用真菌研究所。
1953年2月中国科学院接管了原属于重工业部的黄海化学工业研究社发酵研究室（方心芳任研究员兼副社长），并将其并入菌保会。
1957年8月，北京微生物研究室成立，方心芳任研究员、副主任。微生物研究室是在中国科学院菌种保藏委员会（菌保会）的基础上建立起来的。
合并之后
1955年10月6日中国科学院生物学地学部向院常务会议提出“建立微生物研究所筹备委员会的意见”。院务会议同意成立筹备委员会，该委员会由戴芳澜、方心芳等12位科学家组成，戴芳澜任组长。
1956年1月16日陈毅副总理对相关报告批示：“拟予同意”，并送刘少奇、陈云和邓小平圈阅。
1958年9月26日，经院第11次院务会议通过并经科学技术委员会批准成立中国科学院微生物研究所。
1958年12月3日中国科学院发文（院厅秘字第454号），“兹经院第十一次院常务会议通过并经科学技术委员会批准应用真菌研究所和北京微生物研究室合并成立微生物研究所，由戴芳澜任所长，邓叔群、林一夫、方心芳任副所长。”
在文化大革命的十年中（1966—1976），中国科学院微生物研究所艰难地度过了动乱的岁月。
1978年10月，中国科学院微生物研究所所走上了改革开放之路。
1985年，中国科学院微生物研究所的“中国科学院真菌地衣系统学开放研究实验室”通过了国内同行专家评审，首批向国内外开放。
1991年3月，中国科学院微生物研究所科技人员开始在市场经济中求生存、谋发展。冲击在计划经济体制下形成的一些传统管理模式。
1993年，中国科学院微生物研究所根据中国科学院“进行综合配套改革”的部署，改革工作从单项改革步入到综合配套、全面系统改革的新阶段。
2001年1月8月，中国科学院微生物研究所整体进入中国科学院创新工程试点序列。
2007年，中国科学院微生物研究所的大部分从中关村迁至朝阳区中国科学院奥运村生命科学园区。
科研条件
人员编制
据2016年4月研究所官网显示，中国科学院微生物研究所正式职工514人（含项目聘用），其中正高级专业技术职务79人，副高级专业技术职务105人，中级专业技术职务221人，初级专业技术职务62人，平均年龄39.1岁。共有研究组72个，其中青年研究组9个；研究组长中，近三分之二具有海外留学经历。
在职职工中，科研人员为331人，其中68%具有博士学位；技术支撑人员119人，其中29%具有博士学位，管理人员43人，其中47%具有研究生学历。微生物所另有派遣人员60人，劳务用工人员199人。
科研部门
据2016年4月研究所官网显示，微生物所的科学研究体系由五个研究室组成，国家重点实验室3个，院重点实验室2个。此外还设有微生物资源中心、微生物基因组学联合研究中心、极端微生物研究中心、能源与工业生物技术中心、微生物代谢工程研究中心、环境生物技术中心、农业生物技术中心、分子病毒中心和分子免疫中心。
中国科学院重点实验室（2个）：
中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室、中国科学院微生物生理与代谢工程重点实验室
设施资源
据2016年4月研究所官网显示，中国科学院微生物研究所图书馆始藏有真菌和细菌分类、植物病毒、微生物生态、微生物代谢、酶学、微生物遗传、发酵等专业图书2万多册，期刊近1000种，共3万多册，是中国微生物学书刊馆藏最多、品种较齐全的图书馆。有中、外文全文电子期刊均超过了9500种、中文电子图书达8万多种、外文电子图书逾2万种、中文学位论文70多万篇、外文学位论文20多万篇。
合作交流
据2016年4月研究所官网显示，中国科学院微生物研究所与浙江海正集团共建生物药物联合实验室、与浙江银象生物工程有限公司共建联合实验室等11家企业建立各种联合实验室和联合中心；在湖北省八峰药化股份有限公司，北京中科亚生物技术发展有限公司等12家公司投资参股；与湖北与深蓝有限公司合作开发灵芝和推广、与山东金长城集团成立合资公司等多种形式进行技术转化。 每年与企业合作的横向合作经费1000万以上。
科研成就
科研成果
1998年-2008年中国科学院微生物研究所：1. 承担项目284项，总合同经费82942万，其中2001年至2008年进入二期创新试点工程以来承担项目266 项，合同经费79728万，九五期间（1996年至2000年）为3213万；2. 申请专利179项，其中2001年至2008年申请了169项。；3．发表SCI论文829篇，其中2001年至2008年共发表SCI论文722篇；4. 出版42部，约占我所共出版专著112部的40%；5．获省部级以上奖18项，其中国家奖5项，建所以来共获省部级以上奖172项。
2017年1月5日，阿维菌素的微生物高效合成及其生物制造荣获科学技术进步奖二等奖。
2021年3月，由中国科学院微生物研究所和安徽智飞龙科马生物制药有限公司联合研发的重组新型冠状病毒疫苗（CHO细胞），经国家卫生健康委提出建议，国家药监局组织论证同意紧急使用。
新冠肺炎治疗性抗体新药js016
2021年11月，一款具有中国自主知识产权的新冠肺炎治疗性抗体新药js016ⅱ期临床试验完成，结果显示js016可以降低病人病毒滴度及病人转重症风险。目前，js016正在积极推进ⅲ期临床试验。
js016是由中国科学院微生物所与上海君实生物联合开发的治疗性抗体新药，具有独特的靶向性，可针对新冠病毒精准进攻，能阻止病毒进入细胞，快速产生作用。js016与另一中和抗体联合使用已获得全球15个国家紧急使用授权，安全性有效性获得世界性认可，为全球新冠肺炎疫情的防控提供了中国方案。
学术刊物
中国科学院微生物研究所主办的学术刊物有4种，分别是《
微生物学报》、《
生物工程学报》、《
菌物学报》、《
微生物学通报》。
《
微生物学报》是基础性、高科技学术刊物，是以微生物学基础研究和应用基础研究以及高技术创新为主的综合性学术刊物，反映微生物学研究领域中最新成果，促进国内外学术交流。
《
微生物学报》是中国微生物学领域综合性学报级期刊和中国自然科学核心期刊。被国内外一些著名的文摘刊物和数据库收录，是中国最早被世界最大医学文献数据库“MEDLARS”作为医学主题词标引的五个中文期刊之一，发行和交换到40多个国家和地区。
《
生物工程学报》（月刊）是由中国科学院微生物研究所和中国微生物学会主办的, 国内外公开发行的学术期刊。主要报道动物、植物、微生物以及医学等生物工程相关领域的新发展、新成果和新技术。栏目包括：综述、动物及兽医生物技术、海洋生物技术、环境生物技术、工业生物技术、农业生物技术、食品生物技术、系统生物技术、医学与免疫生物技术、组织工程与细胞培养、生物技术与方法、科学进展/名家论坛等。期刊影响因子、显示度等一直列国内生物类期刊前列。
《
菌物学报》（英文刊名Mycosystema）的前身为《真菌学报》，1982年创刊，由中国菌物学会主办，是中国菌物学（真菌、粘菌、卵菌）领域的专门学术期刊，报道该领域的最新研究进展和具创造性或较高学术水平的论文和简报。
该刊是国际菌物学界信赖的刊物之一，也是中国自然科学核心期刊。已被国际国内著名重要数据库和检索期刊收录，促进了国内外学术交流，主要包括Index Copernicus；CA （美国“化学文摘”）； Abstracts of Mycology （美国“菌物学文摘”）；Index of Fungi (英国“菌物索引”)；Review of Plant Pathology（英国“植物病理学文摘”）；Bibliography of Systematic Mycology（英国“系统菌物学文献目录”）；Bibliographie der Pflanzenschutz literature（德国“植物保护文献目录”）；中国科技信息研究所数据库（CJCR）；中国科学院文献情报中心《中国科学引文数据库》（CSCI）；《中国学术期刊文摘》；《中国农业文摘》；《中国生物学文摘》；北京大学图书馆《中文核心期刊要目总览》。
《
微生物学通报》1974年创刊，是中国微生物学会和中国科学院微生物研究所主办， 国内外公开发行，以微生物学应用基础研究及高新技术创新、应用为主的综合性学术期刊。刊登内容包括：基础微生物学研究；农业微生物学研究；工业微生物学研究；医学微生物学研究；食品微生物学研究；环境微生物学研究；微生物功能基因组研究；微生物蛋白组学研究；微生物模式菌株研究；微生物工程与药物研究；微生物技术成果产业化及微生物教学研究改革等。
该刊为中国生物科学类核心期刊。曾获国家级优秀科技期刊三等奖，中国科学院优秀科技期刊三等奖，北京优秀科技期刊奖，2000年再获中国科学院优秀期刊三等奖，2001年被选入新闻出版署设立的“中国期刊方阵”并被列为“双效”期刊。
人才培养
学科建设
据2016年3月研究所官网显示，中国科学院微生物研究所是国务院批准的首批具有博士、硕士授予权的科研单位，自1978年恢复研究生招生制度至今，共培养研究生近千名。中国科学院微生物研究所设有3个二级学科，并设有博士后流动站；新增1个专业学位硕士培养点。
博士学位培养点（3个，二级学科）：
微生物学、
遗传学、
生物化学与分子生物学硕士学位培养点（3个，二级学科）：微生物学、遗传学、生物化学与分子生物学
博士后流动站：微生物学
教学建设
据2016年4月研究所官网显示，中国科学院微生物研究所共有在学研究生513人，在站博士后57人。
文化传统
所徽
该标识结构严谨、稳重大气。体现微生物所探索永无止境，不断发展超越的精神。
标识整体以方圆结构为造型，外圆与中国科学院院徽外形相同，突出微生物所隶属于中国科学院，六边形代表该所属于中国科学院六个学部之一的生物学部。
以DNA双螺旋加底座，巧妙构成显微镜的图案，体现该所的基本学科特点，强调微生物研究已进入分子水平。“1958”示意该所的成立时间，“C·A·S”为中国科学院的英文缩写。
深蓝色代表高科技，也象征该所在生物科技领域勇于攀登、开拓前进的完整理念。
所训
务实、求真、团结、攀登
机构领导
现任领导
党委书记、副所长：林明炯
副所长：王琳淇、王奇慧
历任领导
第二任所长：薛禹谷 研究员（1978-1985）
第四任所长：周培瑾 研究员（1991-1995）
第五任所长：孟广震 研究员（1995-1999）
历届党委书记
赵慰山 （1962年04月-1968年11月）
陈钦峰 （1973年07月-1983年02月）
张永庆 （1983年03月-1990年07月）
周培瑾 （1990年08月-1996年07月）
洪俊华 （1996年08月-2001年10月）
谭华荣 （2001年11月-2008年07月）
刘松林 （2008年07月-2012年02月）
获得荣誉
2021年12月，入选全国科技系统抗击新冠肺炎疫情先进集体拟表彰对象公示名单。入选单位“中国科学院微生物研究所新冠肺炎疫苗与抗体研究团队”。