微生物资源前期开发国家重点实验室（中国科学院微生物研究所）是依托
中国科学院微生物研究所组建的科研机构。
中国科学院微生物研究所于1989年3月正式向中国科学院和国家计委申请利用
世界银行贷款建立微生物资源前期开发国家重点实验室，同年6月获得批准。1991年12月，实验室的建设工作正式启动。1993年12月，经专家组论证、中国科学院批准，实验室正式对外开放。1995年12月，实验室通过了国家计委验收。1998年3月，中国科学院对实验室进行了评估。1999年7月，实验室进入了中国科学院
知识创新工程。2001年6月，实验室通过了国家评估。现任实验室主任为东秀珠研究员，学术委员会主任为赵国屏院士。
微生物资源前期开发国家重点实验室将研究方向确定为：微生物资源的收集、评估和生物学基础研究以及微生物资源开发利用的前期研究。前者强调基础性、前瞻性和战略性，后者则着眼于在较短时间内满足国民经济发展的某些需要。
2001年以来，本室承担和完成各类国家任务的能力明显增强，共承担国家任务58项，包括国家重点基础研究发展规划（973）课题8项，国家863计划课题10项，国际合作项目7项，国家自然科学基金重点项目4项，面上项目16项。特别是，本室成员作为首席科学家和主体承担了973计划项目“极端微生物及其功能利用的基础研究”。
5年中，本室的科研工作保持了快速发展的态势。具体体现为：发表在Mol Microbiol、J Biol Chem、J Bacteriol、J Virol等本学科高端刊物上的论文大幅度增加，JCR影响因子在3到5之间的论文44篇、大于5的论文9篇，两者相加占论文总数的43.4%，单篇SCI论文的平均影响因子超过2.8；获得国家科技进步二等奖1项、省部级奖励2项、行业协会特等奖1项；申请发明专利27项，获得专利授权13项；实现技术转让7项，到位转让经费1735万元。本室在原核微
生物系统学、极端微生物、微生物
次生代谢以及微生物产物及功能的利用方面处于国内领先或先进水平，并具备了一定的国际竞争能力。
实验室共有固定人员39人，包括研究人员33人，技术人员5人，管理人员1人。其中，国家杰出青年基金获得者3人，中国科学院“百人计划”入选者5人，19人具有博士学位，21人具有高级职称。50岁以下中青年科研人员28人，占72%。
实验室拥有一批先进的仪器设备，包括：5升全自动发酵罐，冷冻干燥仪，高速离心机，超高速离心机，多台分析型液相色谱仪HPLC，制备型液相色谱仪FPLC，气相色谱/质谱仪，
毛细管电泳，显微超作倒置显微镜等等，是一个实力相当雄厚的国家重点实验室，微生物资源前期开发国家重点实验室的依托单位是中国科学院微生物研究所。实验室管理工作的重点在于营造有利于科研发展、实验室进步的软环境，为此制定了《微生物资源前期开发国家重点实验室岗位聘任实施办法》和《微生物资源前期开发国家重点实验室绩效工资及奖励实施办法》。
实验室主任在岗位设置、人员聘任和经费使用方面享有充分的权利，实行以按需设岗、按岗聘任、定期考核、开放流动为特点的运行机制。实验室充分发挥由多学科专家组成的学术委员会的作用，使实验室成为求真务实、摒弃浮躁、真诚互助、矢志创新的集体。