自
17世纪以来，爱奥尼亚群岛一直属于威尼斯共和国。
1797年，根据
法国将领
拿破仑·波拿巴和
奥地利签订的《坎波福尔米奥条约》，威尼斯共和国被两国瓜分，爱奥尼亚群岛从而归属于法国统治下。受到
法国大革命的鼓舞，当地人民热烈欢迎法国军队的到来，并宣布接受1795年法国宪法，希望能以此推翻外来贵族的压迫。但是，岛民们很快发现法国占领当局对他们课以重税，而且法军士兵屡次在当地发生不轨行为，于是他们开始反抗法国占领者。
1798年，共同参加
第二次反法同盟的俄国和
奥斯曼帝国联军利用岛民的反抗心理，开始进攻爱奥尼亚群岛。在岛民的帮助下，联军于
1799年3月消灭了法国驻军，完全占领群岛。
1800年，奥斯曼帝国批准了岛民自拟的
宪法，塞普丁修拉共和国作为奥斯曼帝国的附庸国正式成立。俄国军队实际上成为了群岛的保护者，由于他们和岛民一样信奉
东正教，得到了岛民的拥护。
1807年，法国和俄国签订《
提尔西特和约》，根据该条约，俄国放弃对塞普丁修拉共和国的保护，法国重占该群岛，塞普丁修拉共和国宣告灭亡。
1809年后，
英国开始进攻该群岛，
1814年完全占领之，建立了一个英国的
保护国——
爱奥尼亚群岛合众国。
1865年，爱奥尼亚最终并入
希腊。