第二次反法同盟（Second Coalition）是指在1798年11月——1802年3月期间由神圣罗马帝国联同大不列颠王国、俄罗斯帝国、奥斯曼帝国、那不勒斯王国、葡萄牙等国组成的反对法兰西第一共和国的同盟。

1798年欧洲列强趁法军大将拿破仑的军队被困于埃及的时机，再次发起反法战争。1798年5月19日，奥地利和那不勒斯王国在维也纳签署了一项联盟协议。11月29日，奥地利将军卡尔·马克占领罗马，恢复了教皇的权威，这是联军的第一次军事行动。到12月1日，那不勒斯王国与俄罗斯和英国都签署了联盟协议。到1799年1月2日，俄罗斯、英国和奥斯曼帝国之间又签署了合作协议，反法联盟正式形成。

1799年，反法联军发动了几次入侵，包括在意大利和瑞士的战役以及英俄对荷兰的入侵。俄军将领亚历山大·苏沃洛夫在北意大利多次击败法军，把他们赶回了阿尔卑斯山。然而，反法联军在荷兰（英军在卡斯特里库姆战败后撤退）和瑞士（第二次苏黎世战役中俄军被彻底击溃）的攻势却遭到遏制。战局的逆转，加上英国坚持在波罗的海搜寻船只，导致俄罗斯退出了第二次反法同盟。

拿破仑远征埃及期间，法军经历了围困阿克的失败，被迫撤回埃及。此时拿破仑敏锐的察觉到法国的政治和军事危机，同年底拿破仑只身返国，于1799年11月9日发动雾月政变，取得了法国的军政大权，成为法国第一执政。此后拿破仑亲自指挥意大利方面军，回头对付反法各国。

拿破仑派莫罗进军德意志，他本人亲自在第戎集结军队，穿过瑞士与阿尔卑斯山，阻断了奥军与本土的联系，从后方进攻了意大利的奥地利军队。在1800年6月14日的马伦戈战役中，法军取得了对奥军的决定性胜利，拿破仑重新占领了意大利北部。与此同时，莫罗入侵巴伐利亚，12月3日，法军在霍恩林登战役中大破奥军，是役法国将领莫罗以损失2500人的代价歼敌1.4万人，为粉碎第二次反法同盟奠定了基础。之后法军进逼维也纳，神圣罗马帝国不得不与拿破仑议和，迫使第二次反法同盟解体。

1801年2月9日，法国与奥地利签订《吕内维尔条约》，奥地利基本上接受了先前的《坎坡福尔米奥条约》的条款。1802年3月25日，英法签署了《亚眠条约》，正式结束了第二次反法同盟战争。