实施书院制教育成为中国高校教育改革的一种积极探索和有效尝试。书院制教育围绕立德树人，通过落实本科生导师制、加强通识教育课程和环境熏陶，拓展学术及文化活动，促进学生文理渗透、专业互补，鼓励不同专业背景的学生混合住宿、互相学习交流，建设学习生活社区，在传授专业知识的同时，打通中国传统文化中的文、史、哲，进而融汇人文科学和自然科学。
2014年7月15日，高校现代书院制教育论坛在北京航空航天大学举行，来自
香港中文大学、
台湾清华大学、
台湾政治大学、
复旦大学、
华东师范大学、
西安交通大学及
北京航空航天大学7所高校的代表围绕现代书院制特点与发展展望、现代书院制与创新人才培养两个主题进行了研讨交流，同日，7所高校在京发起成立高校书院联盟。
2015年7月，
澳门大学郑裕彤书院正式加入，至此，高校书院联盟共有8个常任理事单位。
2022年4月14日，高校书院联盟召开联盟理事会，决定吸纳
南开大学第一智慧书院、
华南理工大学峻德书院、
重庆移通学院爱莲书院等37个单位成为高校书院联盟成员单位。
2023年3月10日，高校书院联盟召开联盟理事会，决定吸纳
中国科学院深圳理工大学曙光书院成为高校书院联盟成员单位。
2023年7月6日-9日，由高校书院联盟主办、
深圳理工大学（筹）、
中国科学院深圳先进技术研究院承办的第八届海峡两岸暨港澳地区高校现代书院制教育论坛在深理工明珠校区成功举办，以“现代大学的人才培养——书院问道”为主题，云集了海峡两岸和港澳地区62所高校、研究机构和企业的410名书院制教育专家，共同探讨高校现代书院制教育的人才培养之道，12家书院入选高校书院联盟成员单位。
2024年7月6日至7日，第九届海峡两岸暨港澳地区高校现代书院制教育论坛在北京航空航天大学举办。论坛以“教育数字化赋能现代书院制育人”为主题，由高校书院联盟主办、北京航空航天大学承办。7月6日举行的高校书院联盟新成员入盟答辩会上，来自14所高校的20所书院获准加入。至此，已有来自52所高校的93个书院成为高校书院联盟成员单位。
“高校书院联盟”是旨在实现交流合作、资源共享、优势互补、整体提升目的而自愿组成的非营利性组织。联盟成员将积极参与交流，共同探索书院制教育模式改革与发展规律，不断满足学生成长成才的需求，提升各联盟成员的书院办学水平、人才培养质量与社会声誉，为培养人格健全、全面发展的创新型人才做出贡献，在世界高等教育舞台上传播中国大学书院制教育的好声音。