顶复动物
亚门（Apicomplexa）动物界
原生动物门的1门，为最原始、最简单、最低等的
单细胞动物。
原生动物是单细胞，细胞内有特化的各种胞器。具有维持生命和延续后代所必需的一切功能，如行动、营养、呼吸、排泄和生殖等。每个原生动物都是一个完整的
有机体。
基本情况
原生动物分布广泛。自由生活的种类能分布在海洋、陆地（包括淡水、盐水、土壤、冰、雪以及温泉中），甚至在空气中也有原生动物的包囊。至于寄生的种类，则几乎所有的多细胞动物都能被原生动物所寄生，植物也可成为原生动物的宿主；此外还有附生、共生、重寄生的类型．已描述的原生动物约6.8万种，其中一半是化石种类，现生种类中，营自由生活的占 2/3，寄生生活的占1/3。
多细胞动物的单个细胞一般不能脱离其他细胞而独立生活，更不能象原生动物那样具有生命的一切功能。原生动物包括相当多样性的生物类群，在系统发育过程中它们可通过多种途径进化到多细胞动物。例如海绵动物中就有与
领鞭毛虫十分相似的鞭毛细胞；群体的植物性鞭毛虫的团藻虫类开始有细胞间的功能分化——有专司营养和专司繁殖的个体，被认为在进化过程中可能是腔肠动物的祖先。人们推测无肠目的涡虫可能起源于原始的多核纤毛虫，从而设想低等的多细胞动物多发性地起源于原生动物的不同类群。
研究
300多年前，A.van列文虎克用约放大270倍的透镜，第一个看到了很多自由生活和寄生生活的原生动物，他把眼虫描述为“中间绿、两端白”的虫子，后人尊称他为
原生动物学之父。1758年C．von林奈应用双名法命名了巨团藻虫，大巨变虫。G.A.戈尔德富斯1817年第一个用Protozoa（原生动物）一词，但他把腔肠动物也包括进去。
对原生动物下了正确定义的是C.T.E.von西博尔德（1845）。C．G．埃伦贝格1838年把观察的原生动物进行分类描述，提出初步的分类系统。20世纪初，从原生动物的经典分类研究逐步扩展到生理、营养、生态、遗传等领域。50年代起，由于
电子显微镜的应用，使原生动物的研究进入到
亚显微结构的水平。近十余年来，应用
显微分光光度计、酶化学等方面的新技术，在分子水平上对原生动物进行微观的研究。同时，通过应用计算机模型，也对原生动物的生态进行了群落级的宏观研究。
形态
特征
原生动物的形状变化很大。有原生质随意流动、形状不定的变形虫，有结构精巧、宛如雕刻着花纹的工艺品的放射虫和有孔虫。同一种类可因处于生活史的不同时期或不同的环境条件而改变形状。个体大小一般在10 微米～1毫米之间。最小的只有2微米（如寄生在红细胞中的巴倍虫），大的长达19厘米（如早新生代的钱币虫）。
细胞膜
原生质体外面有一层细胞膜，使原生动物和外界环境隔开。任何物质渗入体内或排出体外都必须通过这层细胞膜。植鞭毛纲中的衣滴虫等在细胞膜外还包有细胞壁，但在眼虫则为有弹性的表膜。正是由于这种表膜构造，使大多数原生动物既有比较稳定的形状，又能够行动自如。变形虫的表膜薄，有利于伸出伪足。有些鞭毛虫、肉足虫、纤毛虫有硅质、钙质、纤维质的外壳，人们认为这些外壳的基质是在细胞内形成后再移到表膜外的。
细胞质
一般可分为透明、致密的外质和液态、流动的内质。细胞质中含有各种颗粒（油滴、淀粉、副淀粉、色素等）和各种细胞器（线粒体、高尔基器、溶酶体等）。高尔基器在鞭毛虫中很多，在纤毛虫中缺如或不发达。高尔基器与细胞合成产物的精制、加工和储存有关，如在合尾滴虫、鳞壳虫、放射虫等体表呈图案排列的鳞片，这些鳞片就是在高尔基器的泡囊内形成的，然后这些泡囊移到内质膜，鳞片再按一定的图案排列在体表面。
电镜观察揭示大多数纤毛虫的线粒体的内膜向内突入，形成管状的嵴，但在一些鞭毛虫是片状或盘状嵴，在变形虫和簇虫是泡囊嵴。寄生在反刍动物胃中的厌氧纤毛虫的线粒体是没有嵴的囊，肠袋虫的线粒体则是有嵴与无嵴的混合体。许多植物性鞭毛虫和某些其他原生动物有呈红-紫色的色素颗粒，称为血色素，如雨红球虫、吉尼眼虫、红眼虫、赭虫。
天蓝喇叭虫的外质含有1种喇叭色素，因而虫呈蓝色。
细胞核
根据染色质的构造可把细胞核分为泡状核和致密核两类（图1）。泡状核常见于肉足虫和鞭毛虫，致密核常见于纤毛虫的大核中。在鞭毛虫、肉足虫、孢子虫中，有的种类有很多细胞核，但都是同型核。许多原生动物在营养期间，细胞核的染色体是多倍体，有些则为二倍体或单倍体。纤毛虫有大、小核之分，小核是二倍体，大核是高度多倍体。大核的大小、形状、数量变化很大，在形状上也各不相同差异很大。大、小核内均含
脱氧核糖核酸（DNA）。一般地说小核控制细胞的遗传，大核控制细胞的营养，但这不是绝对的。
已知大核在遗传上能控制表型（见基因），说明大核中也有某些控制遗传的因子。只有大核而没有小核的品系虽然能分裂和生存，但最后还是会老化。在
接合生殖过程中，大核退化，由小核产生新的大核，这说明大核虽有自主性，但仍要依赖小核。纤毛虫的核二型性在整个生物界是独特的。鞭毛虫的细胞核与毛基体系统有密切关系。鞭毛的基体有根丝体联系到核上。基体与核在数量上有一定比例。在低等的鞭毛虫中一般为 2∶1，即 2个基体， 1个细胞核。随着进化而扩大比例，在超鞭毛目中已是100～1000∶1了。
色素体及其附属胞器
大部分植物性鞭毛虫具有与光合作用有关的色素体和红色的眼点。眼点由1至多个红色小球构成，对光十分敏感，能引导鞭毛虫游向阳光处。色素体有 4类：叶绿素、
胡萝卜素、叶黄素和藻胆素。由于所含色素体的组成和分量不同，植物性鞭毛虫在颜色上差异很大，有绿、黄、蓝等。
有色鞭毛虫如长期处在黑暗而有机质丰富的环境中，色素体和眼点都退色，不再进行光合作用，它们用身体表面的渗透功能吸收营养或直接通过胞口吞入食物（如眼虫）。
运动胞器
与鞭毛虫、肉足虫、纤毛虫相应的运动胞器有鞭毛、伪足和纤毛。孢子虫是寄生的，无专门的运动胞器，借身体的屈曲、滑动等方式移动，仅在生活史中的变形期，其小配子可借伪足和鞭毛运动。鞭毛虫中除超鞭毛虫有许多鞭毛外，一般常为1～2根，少数有8根。鞭毛是细胞质的丝状突起，通常自身体前端伸出，少数自体侧、腰沟、体后伸出成舵鞭毛。鞭毛还有捕食、附着、感觉的功能。它由两部分组成：中央为1根有弹性的、由若干平行的纤维组成的轴丝，轴丝外部包着原生质鞘（图2）。原生动物中的鞭毛和一切真核生物中的鞭毛一样，是“9+2”的格式（见鞭毛与纤毛）。
鞭毛是从表膜下埋在细胞质内的、可染色的毛基体亦称基体，在纤毛虫中称为动基体延伸到体外。一般鞭毛虫有2个基体，位在细胞顶端，但只有一个基体上伸出一根鞭毛，另一个基体是秃的（如低等的锥虫）或有一点鞭毛的痕迹（如眼虫）。在较高等的动鞭毛虫中，基体可有2、6、8甚至数百个不等。在超鞭毛虫中有2 000根左右的鞭毛，基体数量总比鞭毛多5个，这5个不长鞭毛的基体在个体发育上具有重要的意义。基体本身不分裂，新的基体在靠近原有的基体处形成。
电子显微镜观察证实基体的外周微管排列格式与鞭毛相似，只是在双重体中增加了第3根，成为三重体（图3f、g）。在寄生的鞭毛虫中与鞭毛有关的构造还有波动膜、肋、脊突、副基器、副基丝、轴杆、盾、锤、纺锤簇等。鞭毛自顶端向基部作波浪运动，有平面的和螺旋的两种波浪运动形式，均可使虫体向任何方向移动。伪足根据形态可分为叶足、丝足、根足（又称网足）和轴足四类。伪足除了行动之外，还有捕食、固着、感觉的功能。关于伪足的变形运动已研究了100多年，至今仍未解决。一般认为当变形虫行动时，内质从半液态的溶胶转化为半固态的凝胶，凝胶有收缩性，它对溶胶产生微压，于是溶胶便向最薄弱的地方流去，并形成伪足。因此伪足象个凝胶管，溶胶被迫向管子流去。
溶胶达到凝胶管前端接近表膜处就转化为凝胶。在后部收缩的凝胶又转化为新的溶胶（图4）。如此不断重复，溶胶不断向前流动，身体后部就不断缩小，结果伪足便增大而成为身体的主要部分，同时前面又不断形成新的伪足。这种变形运动常见于叶足型的种类。丝足、网足、轴足的运动便是另一形式，因为这类伪足很细，中央有较硬的纤维，溶胶象传送带似地沿着纤维向两个相反方向流动。纤毛与鞭毛一样，也是由轴丝和鞘组成，轴丝的
亚显微结构也是按“9+2”的格式排列（图5）。
每根纤毛的基体伸出一细纤维，位于基体的左边，并与同一行列内其他纤毛基体伸出的纤丝相连结，成为纵行的动纤丝。纤毛比鞭毛短而数量多。纤毛有运动、捕食和感觉的功能，而且随分工不同而特化。有的纤毛愈合成小膜，在口缘成带状排列，动作有力而协调，便于将食物驱入口中。有的纤毛愈合成大的波动膜，突出在口缘之外。在下毛类中，背部纤毛退化，腹部纤毛融合成毛笔状的棘毛。原生动物中运动最快的是纤毛虫。每根纤毛在打水时，分效力击打和恢复击打两种。整个纤毛的协调击打、沿着身体产生4种类型的节律波。
纤维构造
大多数原生动物都有收缩性，有的种类特别明显，如喇叭虫和旋口虫的肌丝，钟虫柄内的牵缩丝，其收缩性都很强。
电子显微镜证明细胞质内都有
纤维结构，除了能帮助身体收缩外，还有帮助运动（如
簇虫亚纲）、保持体形（如蛙片虫、小瓜虫等）的功能。
支持和保护胞器
这类胞器是细胞外的构造，如柄、壳、内外骨骼、孢囊、孢子等，这些结构是多细胞动物所没有的。属于内骨骼的如动鞭毛虫的轴杆、肋，放射虫辐射伸出的刺或骨针，裸口类纤毛虫口器内的咽篮、刺杆等，多半是起支持和保护的作用。属于外骨骼最常见的是在加厚的表膜外有一层保护的壳。壳有几丁质、硅质、硫酸锶等成分，有时还有石灰质沉淀。
有的壳是整片的，有的是鳞片状的，有的有精美雕刻的图案。原生动物还能从自体内射出各种突出质，用以进行防卫、攻击和取食。纤毛虫有7种突出质：刺丝泡（如草履虫）、粘丝泡（如四膜虫）、毒丝泡（如长颈虫）、系丝泡（在吸管虫的触手上）、纤丝泡（如拟小胸虫）、杆丝泡（如管刺虫）和网丝泡（如栉毛虫）。鞭毛虫中也有刺丝泡和粘丝泡，如
腰鞭毛虫有刺丝囊、
粘孢子虫有极丝，它们起着固着的作用。
伸缩泡和其他各种液泡
生活在淡水的原生动物有1至多个伸缩泡生活在海水中的和寄生的原生动物一般没有伸缩泡。变形虫只有1个伸缩泡，构造简单，位置不定，伸缩泡的周围有小囊泡，线粒体密度较大（图6）。草履虫有前后两个伸缩泡，各有1个中央泡和6根辐射伸出的收集管，收集管上有分枝小管与内质网的管道系统相连（图6）。
伸缩泡的主要功能是调节渗透压。食物泡恨据摄食情况分为两种：含大颗粒食物的吞噬泡和含溶解性营养物质的吞饮泡。食物颗粒或营养物质进入食物泡后，食物泡与细胞质内的溶酶体合并，食物被溶酶体释放的酶消化，未经消化的废物被排出体外。
繁殖和生命周期
原生动物的生命周期包括生殖期和孢囊。有些种类已失去形成孢囊的能力。生殖期可分为
无性生殖和有性生殖。大多数原生动物无性生殖用二分裂法。鞭毛虫是纵分裂，纤毛虫是横分裂。缘毛类纤毛虫外表看来如纵分裂，但是细胞内各成分（如核、口围纤毛带）仍是横分裂（图7）。疟原虫、球虫则行裂体生殖（复分裂）。吸管虫在体内或体外生出许多芽体（出芽）。
有些多核的原生动物如胶丝虫、多核变形虫偶尔会分裂成2至数个小的、仍是多核的个体（原生质团分割）。以上4种方式只有
出芽生殖还保留亲体，其余均无亲体，后代都是等同的。原生动物有性生殖有3种：融合、接合、自体受精和假配。自体受精与
接合生殖相似，但只在一个个体内进行。小核分裂数次，其中有两个配子核融合成合核，其余退化。合核分裂形成新的大、小核。假配与接合生殖一样，要求两个个体接触，但没有配子核的交换，每个个体完成自体受精过程后各自分开。在草履虫中曾发现过这两种特殊的核现象。
寄生原生动物的生活史比较复杂。大多数孢子生活史包括3个时期：
裂体生殖期、配子生殖期和孢子生殖期。有明显的无性世代与有性世代的交替。
孢子生殖期是由合子产生的
孢子母细胞形成孢子后，再进一步形成子孢子。子孢子一般包有外壳，能抵抗不良环境，有利于传布。
生态
影响原生动物的环境因子有以下几个方面：
①水分，原生动物不论怎样小也要求有最低限度的水分。
②温度，原生动物可生活在地球的两极和冰雪之中，也可生活在温度较高的温泉中，如中国的西藏自治区67℃的温泉中，就生活着
鳐颌砂壳虫。在实验室内可用冰冻方法保存原生动物，在-95℃时
梨形四膜虫能生存 4个月，寄生的牛胚毛滴虫能生存5年半。天然条件下 5～35℃对大多数原生动物是适宜的。
③溶解氧，大部分原生动物需要氧气以维持生命活动。但在深水湖的湖底、污水厌氧发酵池中生活的鞭毛虫、纤毛虫是厌氧的，大多数寄生原生动物也是厌氧的。
④溶解的
二氧化碳，大多数原生动物能耐受低浓度的CO2。对植物性鞭毛虫来说，CO2是重要的碳源。⑤PH，在 PH值是 2.2～9.2的范围内都可能生存。
⑥盐度，原生动物能分布在淡水、咸淡水、海水、盐水中。大多数种类只能生存在一定的盐度范围内，有的种类是广盐性的，利用伸缩泡调节体内的渗透压以适应环境盐度的变化。
⑦光，光是植物性鞭毛虫进行光合作用的能量来源。在强光下，团藻虫和眼虫能躲避。在西藏雪山上看到的衣滴虫能产生抵抗强光的保护色素——红色素，致使积雪呈红色。
⑧底质、水流、风浪等，放射虫身体中的空泡能扩大和缩小，以调节自身在水中的深度，不致受风浪的吹逐。有一种生活在潮间带水潭内的眼急游虫，其生活习性能符合潮汐的节奏。退潮时水潭露出，眼急游虫游到水面取食、分裂和繁殖。在潮水来到之前，它就到水潭的底部形成包囊。包囊粘于底部，以免被潮水带走。
⑨食物和营养，营养方式有植物式、动物式和腐生式3种。大部分寄生原生动物是腐生式营养，近来发现有几种孢子虫能用一种特别的胞口吞食宿主红细胞的细胞质而形成食物泡。此外，原生动物还需要某些生长因子如
维生素B1、B12、H等。寄生原生动物是从自由生活的原生动物演化来的，在长期适应过程中形态和生理发生了变化，如失去了摄食胞器，增设了固着胞器（吸盘、极丝、柄等），提高了繁殖能力和完善了转移新宿主的途径（从单一宿主发展为中间宿主和储存宿主）。此外，原生动物也可被其他生物寄生或与其他生物共生，例如，有孔虫中有寄生的小变形虫，簇虫体内有寄生的
微孢子虫，
双小核草履虫体内的Kappa粒也是细菌，在许多纤毛虫体内都发现有共生绿藻。
变异与遗传
基因变异的潜力在双倍体和多倍体的原生动物种群中比单倍体的大，在有性生殖过程中又比
无性生殖过程中大。在衣滴虫的不同性和纤毛虫中不同交配型之间进行交叉受精，就能扩大新基因组合的范围。纤毛虫进行
接合生殖必须具备两个条件：
①两个体必须属于适当的交配型。
②其交配型纯系必须是成熟的龄期。在一个种内有数个遗传上相分离的基因群，每个基因群有相同的基因库，但有几个不同的交配型。在同一基因群内的交配型互相接合的几率可达95%。已知
双小核草履虫有14个基因群，各有两个交配型，绿草履虫有6个基因群，各基因群内有2～3个交配型。在原生动物中下毛目是进化比较高等的一类，其皮层上有许多按一定格局分布的复杂的纤毛和非纤毛结构。
这些结构的遗传是自主性的。纤毛虫纤毛模式的形成和决定很难完全归结为基因对表型的控制作用或是某个基因产物的作用。在皮层和毛基体内至今还没有找到遗传信息的载体
DNA分子。因此有人认为遗传性不是核酸分子所能独揽的。
系统发育
一般认为原生动物的祖先是一些古老的“植物-动物”性的类群，称为古代的植鞭毛虫。从古代植鞭毛虫分为几个不同的根株，每个根株上升到现代原生动物的祖先。这是一种多系统的理论。有人认为从古代植鞭毛虫演化为肉足虫。孢子虫是双重起源的，一类起源于肉足虫，一类起源于动鞭毛虫。纤毛虫直接起源于鞭毛虫，只是还说不清楚大、小核的分化和
接合生殖的演化。
无论哪种观点都是从现代的原生动物中进行推测，缺乏充分的根据。经典的分类把
原生动物门分为4个纲——
鞭毛虫纲、肉足虫纲、
孢子虫纲和
纤毛虫纲。随着发现种类的增加，新技术（如电子显微镜等）的应用，分类学家对原生动物传统的分类系统进行了修正。比较一致的有：①鉴于许多鞭毛虫的生活史中有变形期，许多肉足虫的生活史中有鞭毛期，有的种类本身就兼有鞭毛和伪足，所以把两大纲合并为
肉鞭动物亚门。②传统的孢子虫纲内有些种类的生活史中并不出现孢子，应当分出来。
电子显微镜观察发现某些种类在子孢子或裂殖子时期其顶端有一个复杂的
亚显微结构——由极环、类椎体、表膜下微管、微孔、棒状体、微丝组成的顶复体，因而将其独立为顶复动物亚门，与
微孢子虫亚门、
粘体动物亚门、
囊孢子虫亚门并列。③传统的分类中把盘蜷虫类放在肉足纲内。现已证明它的丝网并不是伪足，而是坚硬的、无生命的丝，因而独立为盘蜷动物亚门。
分类
下列的分类系统主要参照原生动物学家协会分类和进化委员会主席N.D.莱文于1980年与16位分类学家协商的一个方案。本文把该方案中7个门下降为7个亚门、亚门下降为超纲，在肉足超纲内设有纲、亚纲和总目，原生动物仍作为一个门：
肉鞭动物亚门（Sarcomastigophora）
鞭毛总纲（Mastigophora）
植鞭毛纲（Phytomastigophorea）
隐滴虫目（Cryptomonadida）
腰鞭目（Dinoflagellida）
眼虫目（Euglenida）
金滴虫目（Chrysomonadida）
异鞭目（Heterochlorida）
绿滴虫目（Chloromonadida）
定鞭目（Prymnesiida）
团藻虫目（Volvocida）
溪滴虫目（Prasinomonadida）
硅鞭目（Silicoflagellida）
动鞭毛纲（Zoomastigophorea）
颌鞭目（Choanoflagellida）
动体目（Kinetoplastida）
原滴虫目（Proteromonadida）
曲滴虫目（Retortamonadida）
双滴虫目（Diplomonadida）
锐滴虫目（Oxymonadida）
毛滴虫目（Trichomonadida）
超鞭自（Hypermastigida）
蛙片总纲（Opalinata）
蛙片纲（Opalinatea）
蛙片目（Opalinida）
肉足总纲（Sarcodida）
根足纲（Rhizopodea）
叶足亚纲（Lobosia）
裸变总目（Gymnamoebidea）
变形目（Amoebida）
裂芡目（Schizopyrenida）
泥生目（Pelobiontida）
壳叶总目（Testacealobosidea）
表壳目（Arcellinida）
毛片目（Trichosida）
微胶丝亚纲（Acarpomyxia）
细胶丝目（Leptomyxida）
坚胶丝目（Stereomyxida）
混胶丝亚纲（Acrasia）
混胶丝目（Acrasida）
真胶丝亚纲（Eumycetozoia）
原星总目（Protosteliidea）
原星目（Protosteliida）
网星总目（Dictyosteliidea）
网星目（Dictyosteliida）
胶胚总目（Myxogastridea）
棘柱目（EchinosteJiida）
无丝目（Liceida）
有丝目（Trichiida）
有钙目（Stemonitida）
无钙目（Physarida）
原质亚纲（Plasmodiophoria）
原质目（Plasmodiophorida）
丝足亚纲（Filosia）
无壳目（Aconchulinida）
网足目（Gromiida）
粒网亚纲（Granuloreticulosia）
无室目（Athalamida）
单室目（Monothalamida）
有孔虫目（Foraminiferida）
丸壳亚纲（Xenophyphoria）
无线目（Psamminida）
有线目（Stannomida）
辐足纲（Actinopodea）
等辐骨亚纲（Acantharia）
全射棘目（Holacanthida）
粘合棘目（Symphyacanthida）
松棘目（Chaunacanthida）
节棘目（Arthracanthida）
辐射目（Actineliida）
多囊亚纲（Polycystinia）
泡沫包（Spumellarida）
罩笼目（Nassellarida）
稀孔亚纲（Phaeodaria）
暗囊目（Phaeocystida）
暗球目（Phaeosphaerida）
暗瓮目（Phaeocalpida）
暗尺目（Phaeogromida）
暗贝目（Phaeoconchida）
暗树目（Phaeodendrida）
太阳亚纲（Heliozoia）
结球目（Desmothoracida）
大阳虫目（Actinophryida）
列足目（Taxopodida）
中阳目（Centrohelida）
盘蜷动物亚门（Labyrinthomorpha）
盘蜷纲（Labyrinthulea）
盘蜷目（Labyrinthulida）
顶复动物亚门（Apicomplexa）
拍琴纲（Perkinsea）
拍琴目（Perkinsida）
孢子纲（Sporozoea）
簇虫亚纲（Gregarinia）
原簇虫目（Archigrgarinida）
真簇虫目（Eugregarinida）
新簇虫目（Neogregarinida）
球虫亚纲（Coccidia）
拟球虫目（Agamococcidiida）
原球虫目（Protococcidiida）
真球虫目（Eucoccidiida）
焦虫亚纲（Piroplasmia）
焦虫目（Piroplasmida）
二型孢子纲（Rudimicrosporea）
异型目（Metchnikovellida）
微孢子纲（Microsporea）
小孢子目（Minisporida）
微孢子目（Microsporida）
星孢子纲（Stellatosporea）
孔盖孢子目（Balanosporida）
无孔纲（Paramyxea）
无孔目（Paramyxida）
双壳目（Bivalvulida）
多壳目（Multivalvulida）
放射孢子纲（Actinosporea）
放射孢子亚纲（Actinomyxia）
放射孢子目（Actinomyxida）
纤毛亚门（Ciliophora）
动基片纲（Kinetofragminophorea）
裸口亚纲（Gymnostomatia）
前口目（Prostomatida）
侧口目（Pleurostomatida）
裸口亚纲中位置未定的两个目：原纤目（Primociliatida）
核残迹目（Karyorelictida）
前庭亚纲（Vestibuliferia）
毛口目（Trichostomatida）
内毛目（Entodiniomorphida）
肾形目（Colpodida）
下口亚纲（Hypostomatia）
蓝口总目（Nassulidea）
合膜目（Synhymeniida）
蓝口目（Nassulida）
叶咽总目（Phyllopharyngidea）
管口目（Cyrtophorida）
漏斗目（Chonotrichida）
吻毛总目（Rhynchodea）
吻毛目（Rhynchodida）
后口总目（Apostomatidea）
后口目（Apostomatida）
吸管亚纲（Suctoria）
吸管目（Suctorida）
寡膜纲（Oligohymenophorea）
膜口亚纲（Hymenostomatia）
膜口目（Hymenostomatida）
盾纤目（Scuticociliatida）
无口目（Astomatida）
缘毛亚纲（Peritrichia）
缘毛目（Peritrichida）
多膜纲（Polymenophorea）
旋毛亚纲（Spirotrichia）
异毛目（Heterotrichida）
齿口目（Odontostomatida）
寡毛目（Oligotrichida）
下毛目（Hypotrichida）
意义
①已知有30种原生动物直接侵袭人体，至少有1/4的人类因有寄生原生动物而患病。每年有3.5亿人患疟疾，在非洲、太平洋群岛、南亚和东南亚地区，每年因患疟疾而致死的约100万人。非洲有一种锥虫引起的非洲睡眠病，
急性感染时也能致死。南美洲有700万人因感染锥虫而得卡格斯氏病，使人
心力衰竭乃至死亡。利什曼虫引起的黑热病在东南亚、南亚、非洲都有分布，也能引起人死亡。
肠道阿米巴病虽很少致死，但
阿米巴痢疾能使肝肿大，美国有1/10以上的人患此病。中国
五大寄生虫病有两类属于原生动物。90年代以来发现在土壤、水中生活的阿米巴能侵入人的中枢神经，引起原发性阿米巴脑炎。家畜、家禽等肉食动物也有由几十种原生动物引起的疾病。火鸡中的寄生球虫使美国损失几亿美元。
弓形体病是人和家禽（猪、牛、羊）中最流行的疾病之一。海洋中的红潮就是由
腰鞭毛虫大量繁殖而引起的，它分泌的毒素可杀死或积累于鱼、虾、贝类，人吃后也会引起死亡。有一种金滴虫叫小定鞭虫，能分泌溶血的毒素，在以色列有使鱼大量死亡的报道。
②土壤原生动物能促进土壤中有机物质的循环，能帮助植物碎片分解成有用的腐殖质，能改变微生物的群落结构等。
③有孔虫和放射虫都有完整的化石保存，可用以鉴定地层年龄和划带，因而成为石油、探矿中的重要指相生物。在海洋方面，它们也是很好的海流水团动力学的指示生物。
④等辐骨放射虫利用硫酸锶（SrSO4）来制造骨骼，因此可作为鉴测海洋放射物质污染的指示生物。利用原生动物群落的结构与功能参数可监测、评价和预报水质的污染程度。⑤由于原生动物具有材料易得、大小适中、繁殖期短、容易培养、便于模拟等优点，在生物学的细胞、遗传、生理、生物化学等领域中，它们常被用作实验材料。
用途
在医学领域中也常用原生动物追踪抗癌药物在机体中的作用。寄生原生动物应用组织培养以取代天然的宿主，以便准确地观察寄生虫的生活情况，提出更好的防治方法。寻找免疫血清也是研究寄生原生动物的新途径。纤毛虫纯系为防止种群衰老而用
接合生殖、自体受精等方式活化细胞核，这对研究人的衰老很有启示。在研究原生动物系统发育方面，提出用生物化学手段解决原生动物的种间关系。在纤毛虫皮层结构非基因控制的遗传现象的研究中，如果能解决机理问题，将是对遗传学的一个新贡献。