簇虫亚纲（Gregarinia）是原生动物门（Protozoa）、顶复动物亚门（Apicomplexa）、孢子纲（Sporozoa）的1个亚纲，通称簇虫。主要寄生于无脊椎动物的体腔和消化系统，借一种握钩状结构固着在寄主细胞上。脱离固着物而自由活动的簇虫，称为散在分裂体，比较活动，没有运动小器官，但胞质通常具有由细微小管束组成的发达的肌丝。

簇虫虫体一般较大，长蠕虫状，有些种类长达10毫米，肉眼可见；有些种类只有几微米。大多数簇虫（如真簇亚目中的有头簇虫）身体分为几个主要部分，比较狭小的前部称为前节，比较宽的后部称为后节，后节有1个胞核。前节往往具有锚状的前钩或有其他的突出物，这些结构称为外节。有些种类以外节附着在寄主体腔内壁，营固着生活，而另一些种类则可以自由活动。比较原始的裂簇虫的身体结构很简单，虽有少数种类的虫体前端可具有吸盘状的结构，但没有分节或其他比较复杂的构造。还有些种类具有一种作用未明的波动膜。

簇虫的结构分内质和外质。外质通常分三层，即胞外膜、外中层和肌丝层。在肌原细胞层里，还有伸缩纤维或肌丝。外质的下面是内质，内质除具胞核外，在比较成熟的虫体中还有1个核仁。

许多簇虫的虫体是单个的，也有不少种类常有两个或更多个虫体前后连接在一起。最前的个体称为原始体，后面的个体称为随伴体。

簇虫的生活史很复杂，不同种类簇虫的生活史各有特点。如尾崎氏丝足虫的生活史（见图）。

N·D·莱文等于1980年提出分类大纲得到较多学者的认可，簇虫亚纲可按生活周期分成3个目︰

1、原簇虫目（Archigregarinida）：在有性结合和孢子形成之前，进行一种无性生殖，称为卵片发育（核分裂后随着胞质之裂）；

2、真簇虫目（Eugregarinida）：没有卵片发育；

3、新簇虫目（Neogregarinida）：在无性阶段出现卵片发育，而且每个配子母细胞产生一个孢子。

簇虫对寄主的危害研究得不多，在簇虫大量寄生的情况下，可对寄主造成危害。