肉鞭动物亚门(Sarcomastigophora)是原生动物门的一个亚门，包括鞭毛虫纲和肉足虫纲。一般认为原生动物的祖先是一些古老的“植物-动物”性的类群 ，称为古代的植鞭毛虫。经典的分类把原生动物门分为4个纲——鞭毛虫纲、肉足虫纲、孢子虫纲和纤毛虫纲。鉴于许多鞭毛虫的生活史中有变形期，许多肉足虫的生活史中有鞭毛期，有的种类本身就兼有鞭毛和伪足，所以把两大纲合并为肉鞭动物亚门。

鞭毛虫纲(Flagellata) 动物是以鞭毛为运动胞器的原生动物。如眼虫、夜光虫、锥虫、利什曼原虫等。多数种类表膜坚韧，能维持一定体形。以鞭毛运动，鞭毛一到多根，一般自体前端发出。鞭毛虫纲的营养方式有3种：①自养性营养(或称植物性营养)，即体内有色素体，能行光合作用自己制造养料，如衣滴虫；②腐生性营养，体内无色素体，借体表渗透作用摄取周围环境中呈溶解状态的有机物，如锥虫； ③动物性营养，以胞口等摄取或吞噬外界固体食物。另外，如绿眼虫等，尚有混合性营养方式，即在有光条件下，可行光合作用，自制养料；在无光条件下则进行腐生性营养。无性生殖的一般为纵二分裂，也有出芽生殖的；有性生殖则为同配或异配生殖。分布极广，自由生活于淡水、海洋和潮湿的土壤中，少数营寄生生活，有些是人畜的病原体，如锥虫、利什曼原虫、毛滴虫等。

肉足虫纲结构简单，有较少的细胞器，但许多种类有复杂的“骨骼”结构，均为异养，生活史中出现带鞭毛的配子时期，所以肉足虫纲可能比鞭毛虫纲更进化。肉足虫纲许多动物体形是不固定的，体表有一层很薄的细胞膜，例如生活在池塘、小溪、淤泥表面的裸露的变形虫——大变形虫（Amoeba proteus），虫体可以不停的变换形状，虫体的任何部位可以延伸形成伪足，伪足伸出的方向代表身体临时的前端，由于可以不断地伸出新伪足，所以体形是不固定的，大变形虫的伪足粗短，末端较顿，其中包含有流动的细胞质，这种伪足称为叶型伪足（lobopodium）。在光学显微镜下，虫体可以明显的分成无色透明的外质（ectoplasm）和具有颗粒不透明的内质（endoplasm），内质中含有伸缩泡、食物泡及大小不等的颗粒物质。大变形虫的细胞核呈圆盘形，通常在身体中央的内质中。