星孢子纲中的囊孢子虫只寄生于
无脊椎动物和比较低等的脊椎动物。其代表属为单孢子虫属，通常在寄主的消化道里，从孢子出来的小变形虫状体侵入寄主肠上皮或
结缔组织细胞里,经核分裂而形成大的原质团,原质团继续分裂为单核体，每个单核体发育成一个孢子。孢子近圆形至椭圆形，由一层坚韧的膜覆盖着，膜可延伸成为细长的尾状突起。孢子一端有孔盖，孢子里面有一单核的原质团。寄生于水生环节动物、软体动物和鱼类。
无孔纲中囊孢子虫的特点是孢子由周壁细胞和一原质团组成。孢子无孔口。发育过程一般由一小原质团的核经反复分裂,形成13个核，其中8个为泡状核(vesicularnucleus),5个为致密核。5个致密核中有1个是泛
孢子母细胞。其余的细胞质分割为4个孢子母细胞,每个孢子母细胞含有3个核──1个致密核,2个泡状核。在每一孢子母细胞里，致密核移至周边，两个泡状核中的 1个退化，而孢子母细胞延伸成纺锤形。