万历十一年（1583），擢升
监察御史。
出按辽东，上疏陈明安定边境的十条对策，又请求加速建立首功的赏赐制度。接着，陈登云
巡按山西。
回到
京城，恰好朝廷大臣正在争论立
储君的事。陈登云认为
朝议迟迟不能决定，是
郑贵妃的家人暗中捣鬼。万历十六年（1588）六月，因发生灾害上疏弹劾郑贵妃的父亲
郑承宪，说：“郑承宪包藏祸心，觊觎储君。天天与
宦官往来，商量对策，而且广泛交结
山人、
术士、
道士、
和尚之流。当初陛下重惩
科场冒名顶替之人，郑承宪的妻子每每扬言事情是自己揭发的，用来恐吓
勋贵，以巧言蛊惑朝廷人士。不但惠安遭到他们算计，即使
皇后与
太后家也谨慎避开他们的锋芒。陛下统治国家已很久了，这是惠政的结果，而郑承宪每次对人说，认为是不立太子的结果。干扰盛典，蓄谋已久，以后有什么事他干不出来呢？如果不振奋朝纲，以大义决断，否则即使日日不上朝不奏乐，穿白衣，停止刑罚，恐怕皇天也不答应，天变是不可抗拒的。”疏上，郑贵妃、郑承宪都非常生气，同仁也以为陈登云危险，但皇上把奏疏留下了。
很久以后，他又上疏弹劾
吏部尚书陆光祖、
四川提学副使
冯时可、
应天巡抚李涞、
顺天巡抚王致祥、
礼部侍郎韩世能、
礼部尚书罗万化、南京
太仆卿徐用检。朝廷大官都很怕他。当时，正好考选
科道，陈登云因而上疏说：“近来御史官，壬午以前害怕淫威，刚正的变温柔了；壬午以后拘于情面，正直的人变为谄媚。其间难道没有刚正的人吗，但不胜被攻击倾轧，没有安身的地方。二十年来，以正直提升为京官的只有一、二个人。背着皇上，培植党羽，摇尾乞怜，像所谓‘七豺’、‘八狗’，御史占了一半。
台谏是为天下主持是非的，而使人践踏到这种地步，怎能希望他不顾情面，正直地处理事情，为国除掉奸人、消灭败类呢。与其因误用而贬退，不如谨慎地考察人选。‛因而条陈数件事献给皇上。
出按
河南。那年发生大饥荒，人相互吞食。
按察副使崔应麟看见百姓吃湖中的雁屎，便包来给陈登云看，陈登云便送到朝廷。皇上立即派遣
寺丞钟化民分发库银赈恤百姓。陈登云三次巡视地方，执政严厉，按规定应当提升为
京官，屡次被宫中扣住不下发，于是他称病归家。