闽南佛学院，是弘扬佛法，培养佛家弟子的摇篮。闽南佛学院（以下简称“闽院”）坐落于鹭岛厦门五老峰下，枕山面海，独擅胜境，是近现代著名的佛教院校之一。闽院以南普陀寺为依托，创建于1925年。从创办培养了约4000名僧才，为推动近现代中国佛教的复兴与发展做出了重要贡献。新时代的闽院，始终高举爱国爱教的伟大旗帜，拥护中国共产党的领导，拥护社会主义制度，以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，坚持佛教中国化方向，认真落实贯彻《宗教院校管理办法》，按“政治上靠得住、宗教上有造诣、品德上能服众、关键时起作用”的标准，办好僧伽教育，将道风建设、人才培养作为重要任务常抓不懈，推动学院发展与时俱进，积极探索建设中国特色的佛教学府，努力开创汉传佛教僧伽教育与人才培养的新境界。

闽南佛学院（以下简称“闽院”）开办于1925年。可分为三个时期：从民国14年至22年为创办发展时期。此后，由一代高僧太虚亲自主持领导，革新教育、教学。严整校风，使闽南佛学院开办不久即蜚声全国，成为近代中国佛教教育的重点院校之一。第二时期为厦门沦陷时的第一次“复办”。闽院虽称“复办”由于师生不愿当沦陷区的“顺民”。无心教学，以及日本侵略者的种种限制。没有多大的建树。第三时期是1985年以来的第二次复办，得到地方党政领导部门和海内外佛教界的重视和支持，学院从规模设备、师生阵容以至教育教学质量。都达到前所未有的最高水平。

民国13年（1924年）冬。首任南普陀寺方丈会泉和转逢和尚，接受刚从安徽佛教学校毕业归来的释瑞今，释广津的建议，决意在南普陀寺创办佛学院以振兴佛教，受到厦门佛教界缁素人士的积极支持，当即聘请原在安徽办佛教学校的释常惺来厦门协助筹办。经一段时间的筹备，于民国14年（1925年）中秋正式招生开办，公推会泉，常惺为正副院长。初分专修，普通二部，后增辟小学一部，移漳州南山寺开办，称“南山学校”。

民国16年（1927年），首届专修部学僧毕业。是年会泉方丈三年任满，力荐太虚大师继任方丈兼闽院院长。是年冬。太虚内病往上海就医，少数学僧发动学潮，太虚闻讯，即派大醒、芝峰、寄尘三法师及时制止。

民国17年（1928年），修改院章。整顿校规。明确提出“以造就佛教住持僧宝，弘法利生为宗旨”的办学方针。民国18年冬，将英文成绩较好的学僧集中，另组锡兰留学团，团址设漳州南山寺，改南山学校为闽南佛学院第二院。民国19年，设立研究部，以为品学兼优应届毕业学僧继续深造之所。

民国22年（1933年），常惺继任南普陀寺方丈兼闽院院长。民国28年，常惺去任，性愿法师代理。

翌年，战云密布，局势紧张，国民革命军197师占驻南普陀寺。构诬当家瑞枝为汉奸，将其枪杀，并抢走寺院存款白银2000余元，闽南佛学院学僧大部分疏散回籍，学院因此停办。

民国27年（1938年）5月，厦门沦陷。民国29年。由日本人把持的厦门大乘佛教会发起倡议，呼吁“复办”闽南佛学院，经报请日伪当局批准后开始筹办。推派释觉斌往上海聘请释大醒重返厦门担任院长职务，同时在江苏高邮善因寺设立招生处，学院于民国30年9月正式复课。太平洋战争爆发后，局势紧张。师生无心教学。第一届学僧翌年即草草结业。大醒返回江苏高邮，由当家块然法师接任。不久。块然也离开厦门返回原籍淮阴，改由会觉继任。闽院得以继续开办。勉强维持至民国34年日本投降，即告停办。此后经历40年方才恢复。

1980年在全国佛教代表会上，有几位早年在闽南佛学院毕业的与会代表提出复办闽南佛学院的倡议，得到大会代表的热烈支持。

1981年。中国佛教协会赵朴初会长来闽视察，向福建省，厦门市党政部门有关领导提出对复办闽南佛学院的期望。受到领导的重视和支持。当年，即批准南普陀寺先行复办佛教养正院。1983年，新加坡佛教总会会长宏船老法师率团回国朝礼名山，对闽院的复办甚为关怀。在北京访问时，与赵朴初会长商谈支待闽院复办的具体问题，得到赵朴初的嘉许，并亲题学院名匾敦促其成。1984年先行挂匾招生。1985年5月举行正式复办的开学典礼。

以“爱国爱教，学修并重”为宗旨；以“学修一体化，学院生活丛林化”的办学方针；教学上坚持“八宗并重，五明兼顾”。